PANG, Chao, Fleur KELPIN, David VAN ENCKEVORT, Niina EKLUND, Kaisa SILANDER, Dennis HENDRIKSEN, Mark DE HAAN, Jonathan JETTEN, Tommy DE BOER, Bart CHARBON, Petr HOLUB, Hans HILLEGE a Morris A. SWERTZ. BiobankUniverse: automatic matchmaking between datasets for biobank data discovery and integration. Bioinformatics, Oxford: Oxford University Press, 2017, roč. 33, č. 22, s. 3627-3634. ISSN 1367-4803. doi:10.1093/bioinformatics/btx478.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název BiobankUniverse: automatic matchmaking between datasets for biobank data discovery and integration
Autoři PANG, Chao, Fleur KELPIN, David VAN ENCKEVORT, Niina EKLUND, Kaisa SILANDER, Dennis HENDRIKSEN, Mark DE HAAN, Jonathan JETTEN, Tommy DE BOER, Bart CHARBON, Petr HOLUB, Hans HILLEGE a Morris A. SWERTZ.
Vydání Bioinformatics, Oxford, Oxford University Press, 2017, 1367-4803.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Obor 10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Stát vydavatele Kanada
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Impakt faktor Impact factor: 5.481
Doi http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btx478
UT WoS 000415074800015
Změnil Změnil: doc. RNDr. Petr Holub, Ph.D., učo 3248. Změněno: 9. 1. 2018 12:21.
Anotace
Biobanks are indispensable for large-scale genetic/epidemiological studies, yet it remains difficult for researchers to determine which biobanks contain data matching their research questions. To overcome this, we developed a new matching algorithm that identifies pairs of related data elements between biobanks and research variables with high precision and recall. It integrates lexical comparison, Unified Medical Language System ontology tagging and semantic query expansion. The result is BiobankUniverse, a fast matchmaking service for biobanks and researchers. Biobankers upload their data elements and researchers their desired study variables, BiobankUniverse automatically shortlists matching attributes between them. Users can quickly explore matching potential and search for biobanks/data elements matching their research. They can also curate matches and define personalized data-universes.
VytisknoutZobrazeno: 18. 2. 2020 17:40