Contribution of PCR Denaturing Gradient Gel Electrophoresis
Combined with Mixed Chromatogram Software Separation for
Complex Urinary Sample Analysis

J 2017

Contribution of PCR Denaturing Gradient Gel Electrophoresis Combined with Mixed Chromatogram Software Separation for Complex Urinary Sample Analysis

KOTÁSKOVÁ, Iva; Barbora MALIŠOVÁ; Hana OBRUČOVÁ; Veronika HOLÁ; Tereza PEROUTKOVÁ et. al.

Základní údaje

Originální název

Contribution of PCR Denaturing Gradient Gel Electrophoresis Combined with Mixed Chromatogram Software Separation for Complex Urinary Sample Analysis

Autoři

KOTÁSKOVÁ, Iva; Barbora MALIŠOVÁ; Hana OBRUČOVÁ; Veronika HOLÁ ; Tereza PEROUTKOVÁ; Filip RŮŽIČKA a Tomáš FREIBERGER

Vydání

Journal of Molecular Microbiology and Biotechnology, Basel, Karger, 2017, 1464-1801

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10606 Microbiology

Stát vydavatele

Švýcarsko

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Impakt faktor

Impact factor: 1.462

Kód RIV

RIV/00216224:14110/17:00095700

Organizační jednotka

Lékařská fakulta

DOI

https://doi.org/10.1159/000484524

UT WoS

000426010400003

EID Scopus

2-s2.0-85038619897

Klíčová slova anglicky

Catheter; Complex sample; Mixed chromatogram; PCR denaturing gradient gel electrophoresis; RipSeq Mixed

Štítky

EL OK

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

Změněno: 20. 3. 2018 19:07, Soňa Böhmová

Anotace

V originále

Complex samples are a challenge for sequencing-based broad-range diagnostics. We analysed 19 urinary catheter, ureteral Double-J catheter, and urine samples using 3 methodological approaches. Out of the total 84 operational taxonomic units, 37, 61, and 88% were identified by culture, PCR-DGGE-SS (PCR denaturing gradient gel electrophoresis followed by Sanger sequencing), and PCR-DGGE-RM (PCR- DGGE combined with software chromatogram separation by RipSeq Mixed tool), respectively. The latter approach was shown to be an efficient tool to complement culture in complex sample assessment.

Návaznosti

MUNI/A/1183/2015, interní kód MU

Název: Patogeneze a léčba humorální imunodeficiencí

Investor: Masarykova univerzita, Patogeneze a léčba humorální imunodeficiencí, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty

NT13242, projekt VaV

Název: Polymikrobiální biofilm jako příčina chronických močových infekcí a selhávání terapie: kultivační a PCR-DGGE diagnostika, význam a možnosti řešení

Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Polymikrobiální biofilm jako příčina chronických močových infekcí a selhávání terapie: kultivační a PCR-DGGE diagnostika, význam a možnosti řešení

NV16-31593A, projekt VaV

Název: Polymikrobiální biofilm jako komplexní mikrobiom v rámci léčby nozokomiálních infekcí

Citovat

KOTÁSKOVÁ, Iva; Barbora MALIŠOVÁ; Hana OBRUČOVÁ; Veronika HOLÁ; Tereza PEROUTKOVÁ; Filip RŮŽIČKA a Tomáš FREIBERGER. Contribution of PCR Denaturing Gradient Gel Electrophoresis Combined with Mixed Chromatogram Software Separation for Complex Urinary Sample Analysis. Journal of Molecular Microbiology and Biotechnology. Basel: Karger, 2017, roč. 27, č. 6, s. 350-355. ISSN 1464-1801. Dostupné z: https://doi.org/10.1159/000484524.

@article{1404252,
   author = {Kotásková, Iva and Mališová, Barbora and Obručová, Hana and Holá, Veronika and Peroutková, Tereza and Růžička, Filip and Freiberger, Tomáš},
   article_location = {Basel},
   article_number = {6},
   doi = {https://doi.org/10.1159/000484524},
   keywords = {Catheter; Complex sample; Mixed chromatogram; PCR denaturing gradient gel electrophoresis; RipSeq Mixed},
   language = {eng},
   issn = {1464-1801},
   journal = {Journal of Molecular Microbiology and Biotechnology},
   title = {Contribution of PCR Denaturing Gradient Gel Electrophoresis Combined with Mixed Chromatogram Software Separation for Complex Urinary Sample Analysis},
   volume = {27},
   year = {2017}
}

TY  - JOUR
ID  - 1404252
AU  - Kotásková, Iva - Mališová, Barbora - Obručová, Hana - Holá, Veronika - Peroutková, Tereza - Růžička, Filip - Freiberger, Tomáš
PY  - 2017
TI  - Contribution of PCR Denaturing Gradient Gel Electrophoresis Combined with Mixed Chromatogram Software Separation for Complex Urinary Sample Analysis
JF  - Journal of Molecular Microbiology and Biotechnology
VL  - 27
IS  - 6
SP  - 350-355
EP  - 350-355
PB  - Karger
SN  - 14641801
KW  - Catheter
KW  - Complex sample
KW  - Mixed chromatogram
KW  - PCR denaturing gradient gel electrophoresis
KW  - RipSeq Mixed
N2  - Complex samples are a challenge for sequencing-based broad-range diagnostics. We analysed 19 urinary catheter, ureteral Double-J catheter, and urine samples using 3 methodological approaches. Out of the total 84 operational taxonomic units, 37, 61, and 88% were identified by culture, PCR-DGGE-SS (PCR denaturing gradient gel electrophoresis followed by Sanger sequencing), and PCR-DGGE-RM (PCR- DGGE combined with software chromatogram separation by RipSeq Mixed tool), respectively. The latter approach was shown to be an efficient tool to complement culture in complex sample assessment.
ER  -

KOTÁSKOVÁ, Iva; Barbora MALIŠOVÁ; Hana OBRUČOVÁ; Veronika HOLÁ; Tereza PEROUTKOVÁ; Filip RŮŽIČKA a Tomáš FREIBERGER. Contribution of PCR Denaturing Gradient Gel Electrophoresis Combined with Mixed Chromatogram Software Separation for Complex Urinary Sample Analysis. \textit{Journal of Molecular Microbiology and Biotechnology}. Basel: Karger, 2017, roč.~27, č.~6, s.~350-355. ISSN~1464-1801. Dostupné z: https://doi.org/10.1159/000484524.

Přehled o publikaci