Vývoj a aplikace MOL-PCR pro detekci původců bakteriálních infekcí z potravin

HUVAROVÁ, Veronika; Nikol RESLOVÁ a Petr KRÁLÍK. Vývoj a aplikace MOL-PCR pro detekci původců bakteriálních infekcí z potravin. In RANK 2018. 2018. ISBN 978-80-87436-12-7.

Základní údaje

Originální název

Vývoj a aplikace MOL-PCR pro detekci původců bakteriálních infekcí z potravin

Název anglicky

Development and application of MOL-PCR for the detection of bacterial food-borne infections

Autoři

HUVAROVÁ, Veronika; Nikol RESLOVÁ a Petr KRÁLÍK

Vydání

RANK 2018, 2018

---

Další údaje

Jazyk

čeština

Typ výsledku

Konferenční abstrakt

Obor

10608 Biochemistry and molecular biology

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Označené pro přenos do RIV

Ano

Kód RIV

RIV/00216224:14310/18:00102293

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

ISBN

978-80-87436-12-7

Klíčová slova anglicky

MOL-PCR; foodborne pathogens

---

Anotace

V originále

Multiplexní oligonukleotidová ligační PCR (multiplex oligonucleotide ligation PCR assay = MOL-PCR) je jednou z metod využitelných pro detekci mikrobiálních patogenů. Umožňuje analýzu více typů markerů, jako jsou jedinečné sekvence, inzerce, delece nebo jednonukleotidové polymorfizmy (SNP) v jedné multiplexní reakci. Pro detekci specifické cílové sekvence je navrhován pár tzv. MOLigo sond. Každý pár MOLigo sond je specifický pro určitou cílovou sekvenci, ale všechny páry obsahují stejnou sekvenci pro nasedání univerzálních primerů. MOLigo sondy se připojují k cílové sekvenci a ligují během samostatného ligačního kroku, čímž vytvoří komplexní ssDNA, která slouží jako templát pro následnou amplifikaci za použití univerzálního páru primerů (jeden je fluorescenčně značený) během PCR. Jedna z MOLigo sond obsahuje i tzv. TAG, což je unikátní sekvence pomocí které PCR produkty hybridizují ke kuličce s kovalentně navázanou anti-TAG sekvencí. Každý set kuliček tak nese odlišnou anti-TAG sekvenci, komplementární k TAG sekvenci v MOLigo sondě a zároveň má odlišitelnou spektrální adresu danou kombinací červeného a infračerveného fluoroforu, kterými jsou polystyrenové kuličky naplněny. Celá reakce i následná analýza jednotlivých setů kuliček s navázaným PCR produktem probíhá v přístroji MAGPix napojeném na počítač. MOL-PCR byla optimalizována pro detekci původců bakteriálních infekcí z potravin, kterými jsou Listeria monocytogenes, Escherichia coli, Yersinia enterocolitica, Salmonella enterica subs. enterica a Staphylococcus aureus. Všestrannost MOL-PCR byla využita při jejich simultánní detekci. Tato práce vznikla v rámci projektu Bezpečnostního výzkumu Ministerstva vnitra ČR VI 20152020044.

Anglicky

Multiplex oligonucleotide ligation PCR assay (MOL-PCR) is one method that can be used to detect microbial pathogens. It allows analysis of multiple types of markers, such as unique sequences, insertions, deletions, or single nucleotide polymorphisms (SNPs) in one multiplex reaction. For detecting a specific target sequence, a pair of MOLigo probes is proposed. Each pair of MOLigo probes is specific to a particular target sequence, but all the pairs contain the same sequence for placement of universal primers. MOLigo probes are connected to the target sequence and ligated during a separate ligation step to form a complex ssDNA that serves as a template for subsequent amplification with universal pair of primers (one fluorescently labeled) during PCR. One of the MOLigo probes also contains so-called TAG,it is a unique sequence by which the PCR products hybridize to a bead with a covalently coupled anti-TAG sequence. Each set of beads therefore carries a different anti-TAG sequence complementary to the TAG sequence in the MOLigo probe, while each set of beads has a distinct spectral address given by the combination of red and infrared fluorophores by which the polystyrene beads are filled. The whole reaction and subsequent analysis of the individual sets of beads with the PCR products is carried out in a MAGPix instrument connected to a computer. MOL-PCR has been optimized for the detection of bacterial pathogens caused alimentary infections as Listeria monocytogenes, Escherichia coli, Yersinia enterocolitica, Salmonella enterica subs. enterica and Staphylococcus aureus. The versatility of MOL-PCR was used in their simultaneous detection. This work was created within the project of Security Research of the Ministry of the Interior of the Czech Republic VI 20152020044.