2017
Connection of saccharide database UnicarbKb with common databases of molecular structures
SUCHÁNKOVÁ, Pavla a Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁZákladní údaje
Originální název
Connection of saccharide database UnicarbKb with common databases of molecular structures
Autoři
SUCHÁNKOVÁ, Pavla (203 Česká republika, garant, domácí) a Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ (203 Česká republika, domácí)
Vydání
XVIII. setkání biochemiků a molekulárních biologů, 2017, 2017
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Konferenční abstrakt
Obor
10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Stát vydavatele
Česká republika
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Kód RIV
RIV/00216224:14740/17:00108802
Organizační jednotka
Středoevropský technologický institut
ISBN
978-80-210-8765-1
Klíčová slova anglicky
glycan; GlycoCT; InChI; InChIKey; PDB; PubChem; UnicarbKB
Štítky
Změněno: 26. 3. 2020 16:46, Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D.
Anotace
V originále
Carbohydrates are important biomolecules, which play significant role in cell-cell recognition and other key biological processes. Thanks to high-performance structure determination methods, we have nowadays available a huge amount of biomolecular structures (including saccharides). These structures are archived in UnicarbKb [1] database, where they are stored in GlycoCT format [2] which was developed for describing of saccharide molecule. An important challenge of current glycobioinformatics is a connection of UnicarbKb with common databases of molecular structures (e.g., Pubchem [3]). We focused on this topic and developed a workflow for translation of GlycoCT format to SMILES and Inchi. Based on these standard formats, we established a linkage between Unicarb and Pubchem databases. We will present the workflow and also information describing a matching between these databases.
Návaznosti
| LQ1601, projekt VaV |
|