Worldwide Protein Data Bank validation information: usage and
trends

J 2018

Worldwide Protein Data Bank validation information: usage and trends

SMART, Oliver S., Vladimír HORSKÝ, Swanand GORE, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Veronika BENDOVÁ et. al.

Základní údaje

Originální název

Worldwide Protein Data Bank validation information: usage and trends

Autoři

SMART, Oliver S. (826 Velká Británie a Severní Irsko), Vladimír HORSKÝ (203 Česká republika, domácí), Swanand GORE (826 Velká Británie a Severní Irsko), Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ (203 Česká republika, garant, domácí), Veronika BENDOVÁ (203 Česká republika, domácí), Gerard J. KLEYWEGT (528 Nizozemské království) a Sameer VELANKAR (826 Velká Británie a Severní Irsko)

Vydání

Acta Crystallographica Section D, 2018, 2059-7983

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10608 Biochemistry and molecular biology

Stát vydavatele

Velká Británie a Severní Irsko

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

URL

Impakt faktor

Impact factor: 3.227

Kód RIV

RIV/00216224:14740/18:00102378

Organizační jednotka

Středoevropský technologický institut

DOI

http://dx.doi.org/10.1107/S2059798318003303

UT WoS

000427362000007

Klíčová slova anglicky

PDB; Protein Data Bank; three-dimensional macromolecular structure; validation; quality control; X-ray crystallography; ValTrendsDB

Štítky

rivok

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

Změněno: 25. 4. 2019 11:52, Mgr. Martin Prokop, Ph.D.

Anotace

V originále

It is shown how validation metrics can be combined to produce an overall score that allows the ranking of macromolecular structures and domains in search results. Additionally, ValTrendsDB database is presented: It provides users with a convenient way to access and analyse validation information and other properties of X-ray crystal structures in the PDB, including investigating trends in and correlations between different structure properties and validation metrics.

Návaznosti

LM2015047, projekt VaV

Název: Česká národní infrastruktura pro biologická data (Akronym: ELIXIR-CZ)

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Česká národní infrastruktura pro biologická data

MUNI/A/1204/2017, interní kód MU

Název: Matematické statistické modelování 2 (Akronym: MaStaMo2)

Investor: Masarykova univerzita, Matematické statistické modelování 2, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty

676559, interní kód MU

Název: ELIXIR-EXCELERATE: Fast-track ELIXIR implementation and drive early user exploitation across the life-sciences (Akronym: ELIXIR-EXCELERATE)

Investor: Evropská unie, ELIXIR-EXCELERATE: Fast-track ELIXIR implementation and drive early user exploitation across the life-sciences, RI Research Infrastructures (Excellent Science)

Citovat

SMART, Oliver S., Vladimír HORSKÝ, Swanand GORE, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Veronika BENDOVÁ, Gerard J. KLEYWEGT a Sameer VELANKAR. Worldwide Protein Data Bank validation information: usage and trends. Acta Crystallographica Section D. 2018, roč. 74, MAR, s. 237-244. ISSN 2059-7983. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1107/S2059798318003303.

@article{1410436,
   author = {Smart, Oliver S. and Horský, Vladimír and Gore, Swanand and Svobodová Vařeková, Radka and Bendová, Veronika and Kleywegt, Gerard J. and Velankar, Sameer},
   article_number = {MAR},
   doi = {http://dx.doi.org/10.1107/S2059798318003303},
   keywords = {PDB; Protein Data Bank; three-dimensional macromolecular structure; validation; quality control; X-ray crystallography; ValTrendsDB},
   language = {eng},
   issn = {2059-7983},
   journal = {Acta Crystallographica Section D},
   title = {Worldwide Protein Data Bank validation information: usage and trends},
   url = {https://journals.iucr.org/d/issues/2018/03/00/ba5288/index.html},
   volume = {74},
   year = {2018}
}

TY  - JOUR
ID  - 1410436
AU  - Smart, Oliver S. - Horský, Vladimír - Gore, Swanand - Svobodová Vařeková, Radka - Bendová, Veronika - Kleywegt, Gerard J. - Velankar, Sameer
PY  - 2018
TI  - Worldwide Protein Data Bank validation information: usage and trends
JF  - Acta Crystallographica Section D
VL  - 74
IS  - MAR
SP  - 237-244
EP  - 237-244
SN  - 20597983
KW  - PDB
KW  - Protein Data Bank
KW  - three-dimensional macromolecular structure
KW  - validation
KW  - quality control
KW  - X-ray crystallography
KW  - ValTrendsDB
UR  - https://journals.iucr.org/d/issues/2018/03/00/ba5288/index.html
L2  - https://journals.iucr.org/d/issues/2018/03/00/ba5288/index.html
N2  - It is shown how validation metrics can be combined to produce an overall score that allows the ranking of macromolecular structures and domains in search results. Additionally, ValTrendsDB database is presented: It provides users with a convenient way to access and analyse validation information and other properties of X-ray crystal structures in the PDB, including investigating trends in and correlations between different structure properties and validation metrics.
ER  -

SMART, Oliver S., Vladimír HORSKÝ, Swanand GORE, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Veronika BENDOVÁ, Gerard J. KLEYWEGT a Sameer VELANKAR. Worldwide Protein Data Bank validation information: usage and trends. \textit{Acta Crystallographica Section D}. 2018, roč.~74, MAR, s.~237-244. ISSN~2059-7983. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1107/S2059798318003303.

Podrobný výpis o publikaci