CAVER Analyst 2.0: Analysis and Visualization of Channels and
Tunnels in Protein Structures and Molecular Dynamics
Trajectories

J 2018

CAVER Analyst 2.0: Analysis and Visualization of Channels and Tunnels in Protein Structures and Molecular Dynamics Trajectories

JURČÍK, Adam; David BEDNÁŘ; Jan BYŠKA; Sérgio Manuel MARQUES; Katarína FURMANOVÁ et al.

Základní údaje

Originální název

CAVER Analyst 2.0: Analysis and Visualization of Channels and Tunnels in Protein Structures and Molecular Dynamics Trajectories

Autoři

Vydání

Bioinformatics, 2018, 1367-4803

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Stát vydavatele

Velká Británie a Severní Irsko

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

URL

Impakt faktor

Impact factor: 4.531

Označené pro přenos do RIV

Ano

Kód RIV

RIV/00216224:14330/18:00100952

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

Klíčová slova anglicky

protein;tunnel;software;visualization

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

Změněno: 31. 5. 2022 17:34, RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D.

Anotace

V originále

Motivation: Studying the transport paths of ligands, solvents, or ions in transmembrane proteins and proteins with buried binding sites is fundamental to the understanding of their biological function. A detailed analysis of the structural features influencing the transport paths is also important for engineering proteins for biomedical and biotechnological applications. Results: CAVER Analyst 2.0 is a software tool for quantitative analysis and real-time visualization of tunnels and channels in static and dynamic structures. This version provides the users with many new functions, including advanced techniques for intuitive visual inspection of the spatiotemporal behavior of tunnels and channels. Novel integrated algorithms allow an efficient analysis and data reduction in large protein structures and molecular dynamic simulations. Availability and implementation: CAVER Analyst 2.0 is a multi-platform standalone Java-based application. Binaries and documentation are freely available at www.caver.cz.

Návaznosti

GA16-06096S, projekt VaV

Název: Objasnění významu dynamických tunelů pro enzymatickou katalýzu: simulace a fluorescenční experimenty

Investor: Grantová agentura ČR, Objasnění významu dynamických tunelů pro enzymatickou katalýzu: simulace a fluorescenční experimenty

GA17-07690S, projekt VaV

Název: Metody identifikace a vizualizace tunelů pro flexibilní ligandy v dynamických proteinech (Akronym: FLigComp)

Investor: Grantová agentura ČR, Methods of Identification and Visualization of Tunnels for Flexible Ligands in Dynamic Proteins

LM2015047, projekt VaV

Název: Česká národní infrastruktura pro biologická data (Akronym: ELIXIR-CZ)

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Česká národní infrastruktura pro biologická data

LM2015055, projekt VaV

Název: Centrum pro systémovou biologii (Akronym: C4SYS)

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, The national infrastructure C4SYS - Centre for Systems Biology

LO1214, projekt VaV

Název: Centrum pro výzkum toxických látek v prostředí (Akronym: RECETOX)

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Centrum pro výzkum toxických látek v prostředí

Citovat

JURČÍK, Adam; David BEDNÁŘ; Jan BYŠKA; Sérgio Manuel MARQUES; Katarína FURMANOVÁ; Lukáš DANIEL; Piia Pauliina KOKKONEN; Jan BREZOVSKÝ; Ondřej STRNAD; Jan ŠTOURAČ; Antonín PAVELKA; Martin MANAK; Jiří DAMBORSKÝ a Barbora KOZLÍKOVÁ. CAVER Analyst 2.0: Analysis and Visualization of Channels and Tunnels in Protein Structures and Molecular Dynamics Trajectories. Bioinformatics. 2018, roč. 34, č. 20, s. 3586-3588. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty386.

@article{1418320,
   author = {Jurčík, Adam and Bednář, David and Byška, Jan and Marques, Sérgio Manuel and Furmanová, Katarína and Daniel, Lukáš and Kokkonen, Piia Pauliina and Brezovský, Jan and Strnad, Ondřej and Štourač, Jan and Pavelka, Antonín and Manak, Martin and Damborský, Jiří and Kozlíková, Barbora},
   article_number = {20},
   doi = {https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty386},
   keywords = {protein;tunnel;software;visualization},
   language = {eng},
   issn = {1367-4803},
   journal = {Bioinformatics},
   title = {CAVER Analyst 2.0: Analysis and Visualization of Channels and Tunnels in Protein Structures and Molecular Dynamics Trajectories},
   url = {http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/bty386},
   volume = {34},
   year = {2018}
}

TY  - JOUR
ID  - 1418320
AU  - Jurčík, Adam - Bednář, David - Byška, Jan - Marques, Sérgio Manuel - Furmanová, Katarína - Daniel, Lukáš - Kokkonen, Piia Pauliina - Brezovský, Jan - Strnad, Ondřej - Štourač, Jan - Pavelka, Antonín - Manak, Martin - Damborský, Jiří - Kozlíková, Barbora
PY  - 2018
TI  - CAVER Analyst 2.0: Analysis and Visualization of Channels and Tunnels in Protein Structures and Molecular Dynamics Trajectories
JF  - Bioinformatics
VL  - 34
IS  - 20
SP  - 3586-3588
EP  - 3586-3588
SN  - 13674803
KW  - protein;tunnel;software;visualization
UR  - http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/bty386
N2  - Motivation: Studying the transport paths of ligands, solvents, or ions in transmembrane proteins and proteins with buried binding sites is fundamental to the understanding of their biological function. A detailed analysis of the structural features influencing the transport paths is also important for engineering proteins for biomedical and biotechnological applications. Results: CAVER Analyst 2.0 is a software tool for quantitative analysis and real-time visualization of tunnels and channels in static and dynamic structures. This version provides the users with many new functions, including advanced techniques for intuitive visual inspection of the spatiotemporal behavior of tunnels and channels. Novel integrated algorithms allow an efficient analysis and data reduction in large protein structures and molecular dynamic simulations. Availability and implementation: CAVER Analyst 2.0 is a multi-platform standalone Java-based application. Binaries and documentation are freely available at www.caver.cz.
ER  -

JURČÍK, Adam; David BEDNÁŘ; Jan BYŠKA; Sérgio Manuel MARQUES; Katarína FURMANOVÁ; Lukáš DANIEL; Piia Pauliina KOKKONEN; Jan BREZOVSKÝ; Ondřej STRNAD; Jan ŠTOURAČ; Antonín PAVELKA; Martin MANAK; Jiří DAMBORSKÝ a Barbora KOZLÍKOVÁ. CAVER Analyst 2.0: Analysis and Visualization of Channels and Tunnels in Protein Structures and Molecular Dynamics Trajectories. \textit{Bioinformatics}. 2018, roč.~34, č.~20, s.~3586-3588. ISSN~1367-4803. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty386.

Přehled o publikaci