JURČÍK, Adam, David BEDNÁŘ, Jan BYŠKA, Sérgio Manuel MARQUES, Katarína FURMANOVÁ, Lukáš DANIEL, Piia Pauliina KOKKONEN, Jan BREZOVSKÝ, Ondřej STRNAD, Jan ŠTOURAČ, Antonín PAVELKA, Martin MANAK, Jiří DAMBORSKÝ a Barbora KOZLÍKOVÁ. CAVER Analyst 2.0: Analysis and Visualization of Channels and Tunnels in Protein Structures and Molecular Dynamics Trajectories. Bioinformatics. 2018, roč. 34, č. 20, s. 3586-3588. ISSN 1367-4803. doi:10.1093/bioinformatics/bty386.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název CAVER Analyst 2.0: Analysis and Visualization of Channels and Tunnels in Protein Structures and Molecular Dynamics Trajectories
Autoři JURČÍK, Adam (203 Česká republika, domácí), David BEDNÁŘ (203 Česká republika, domácí), Jan BYŠKA (203 Česká republika), Sérgio Manuel MARQUES (620 Portugalsko, domácí), Katarína FURMANOVÁ (703 Slovensko, domácí), Lukáš DANIEL (203 Česká republika, domácí), Piia Pauliina KOKKONEN (246 Finsko, domácí), Jan BREZOVSKÝ (203 Česká republika, domácí), Ondřej STRNAD (203 Česká republika, domácí), Jan ŠTOURAČ (203 Česká republika, domácí), Antonín PAVELKA (203 Česká republika, domácí), Martin MANAK (203 Česká republika), Jiří DAMBORSKÝ (203 Česká republika, domácí) a Barbora KOZLÍKOVÁ (203 Česká republika, garant, domácí).
Vydání Bioinformatics, 2018, 1367-4803.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Obor 10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Stát vydavatele Velká Británie a Severní Irsko
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
WWW URL
Impakt faktor Impact factor: 4.531
Kód RIV RIV/00216224:14330/18:00100952
Organizační jednotka Fakulta informatiky
Doi http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/bty386
UT WoS 000448782100024
Klíčová slova anglicky protein;tunnel;software;visualization
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 31. 5. 2022 17:34.
Anotace
Motivation: Studying the transport paths of ligands, solvents, or ions in transmembrane proteins and proteins with buried binding sites is fundamental to the understanding of their biological function. A detailed analysis of the structural features influencing the transport paths is also important for engineering proteins for biomedical and biotechnological applications. Results: CAVER Analyst 2.0 is a software tool for quantitative analysis and real-time visualization of tunnels and channels in static and dynamic structures. This version provides the users with many new functions, including advanced techniques for intuitive visual inspection of the spatiotemporal behavior of tunnels and channels. Novel integrated algorithms allow an efficient analysis and data reduction in large protein structures and molecular dynamic simulations. Availability and implementation: CAVER Analyst 2.0 is a multi-platform standalone Java-based application. Binaries and documentation are freely available at www.caver.cz.
Návaznosti
GA16-06096S, projekt VaVNázev: Objasnění významu dynamických tunelů pro enzymatickou katalýzu: simulace a fluorescenční experimenty
Investor: Grantová agentura ČR, Objasnění významu dynamických tunelů pro enzymatickou katalýzu: simulace a fluorescenční experimenty
GA17-07690S, projekt VaVNázev: Metody identifikace a vizualizace tunelů pro flexibilní ligandy v dynamických proteinech (Akronym: FLigComp)
Investor: Grantová agentura ČR, Methods of Identification and Visualization of Tunnels for Flexible Ligands in Dynamic Proteins
LM2015047, projekt VaVNázev: Česká národní infrastruktura pro biologická data (Akronym: ELIXIR-CZ)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Česká národní infrastruktura pro biologická data
LM2015055, projekt VaVNázev: Centrum pro systémovou biologii (Akronym: C4SYS)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, The national infrastructure C4SYS - Centre for Systems Biology
LO1214, projekt VaVNázev: Centrum pro výzkum toxických látek v prostředí (Akronym: RECETOX)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Centrum pro výzkum toxických látek v prostředí
VytisknoutZobrazeno: 19. 3. 2024 10:42