Role of Inosine-Uracil Base Pairs in the Canonical RNA Duplexes

ŠPAČKOVÁ, Naděžda a Kamila RÉBLOVÁ. Role of Inosine-Uracil Base Pairs in the Canonical RNA Duplexes. GENES. BASEL: MDPI AG, roč. 9, č. 7, s. 324-337. ISSN 2073-4425. doi:10.3390/genes9070324. 2018.

Základní údaje

• Originální název: Role of Inosine-Uracil Base Pairs in the Canonical RNA Duplexes
• Autoři: ŠPAČKOVÁ, Naděžda (203 Česká republika, domácí) a Kamila RÉBLOVÁ (203 Česká republika, garant, domácí).
• Vydání: GENES, BASEL, MDPI AG, 2018, 2073-4425.

Další údaje

• Originální jazyk: angličtina
• Typ výsledku: Článek v odborném periodiku
• Obor: 30101 Human genetics
• Stát vydavatele: Švýcarsko
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• WWW: URL
• Impakt faktor: Impact factor: 3.331
• Kód RIV: RIV/00216224:14740/18:00101215
• Organizační jednotka: Středoevropský technologický institut
• Doi: http://dx.doi.org/10.3390/genes9070324
• UT WoS: 000445149700011
• Klíčová slova anglicky: adenosine to inosine editing; dsRNA; molecular dynamics simulations; I-U base pairs
• Štítky: rivok
• Příznaky: Mezinárodní význam, Recenzováno

Anotace

Adenosine to inosine (A-I) editing is the most common modification of double-stranded RNA (dsRNA). This change is mediated by adenosine deaminases acting on RNA (ADARs) enzymes with a preference of U>A>C>G for 5' neighbor and G>C=A>U or G>C>U=A for 3' neighbor. A-I editing occurs most frequently in the non-coding regions containing repetitive elements such as ALUs. It leads to disruption of RNA duplex structure, which prevents induction of innate immune response. We employed standard and biased molecular dynamics (MD) simulations to analyze the behavior of RNA duplexes with single and tandem inosine-uracil (I-U) base pairs in different sequence context. Our analysis showed that the I-U pairs induce changes in base pair and base pair step parameters and have different dynamics when compared with standard canonical base pairs. In particular, the first I-U pair from tandem I-U/I-U systems exhibited increased dynamics depending on its neighboring 5' base. We discovered that UII sequence, which is frequently edited, has lower flexibility compared with other sequences (AII, GII, CII), hence it only modestly disrupts dsRNA. This might indicate that the UAA motifs in ALUs do not have to be sufficiently effective in preventing immune signaling.

Návaznosti

• GA16-11619S, projekt VaV: Název: Základní vlastnosti DNA mutačních coldspotů/hotspotů v genech asociovaných s dědičnými chorobami

Investor: Grantová agentura ČR, Základní vlastnosti DNA mutačních coldspotů/hotspotů v genech asociovaných s dědičnými chorobami

• LM2015085, projekt VaV: Název: CERIT Scientific Cloud (Akronym: CERIT-SC)

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, CERIT Scientific Cloud

• LQ1601, projekt VaV: Název: CEITEC 2020 (Akronym: CEITEC2020)

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, CEITEC 2020