Fully Automated Attractor Analysis of Cyanobacteria Models

D 2018

Fully Automated Attractor Analysis of Cyanobacteria Models

BENEŠ, Nikola; Luboš BRIM; Jan ČERVENÝ; Samuel PASTVA; David ŠAFRÁNEK et al.

Základní údaje

Originální název

Fully Automated Attractor Analysis of Cyanobacteria Models

Název česky

Plne Automatizovaná Analýza Atraktorů Modelů Cyanobaktérií

Autoři

BENEŠ, Nikola; Luboš BRIM; Jan ČERVENÝ; Samuel PASTVA ; David ŠAFRÁNEK; Jakub ŠALAGOVIČ a Matej TROJÁK

Vydání

Neuveden, 22nd International Conference on System Theory, Control and Computing, od s. 354-359, 6 s. 2018

Nakladatel

IEEE

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Stať ve sborníku

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Forma vydání

tištěná verze "print"

Odkazy

URL

Označené pro přenos do RIV

Ano

Kód RIV

RIV/00216224:14330/18:00101265

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

ISBN

978-1-5386-4444-7

Klíčová slova česky

atraktory; parametrizovaný graf; koncové silne souvislé komponenty; cyanobaktérie

Klíčová slova anglicky

attractors; parametrised graph; terminal strongly connected components; cyanobacteria

Štítky

firank_B

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

Změněno: 13. 5. 2020 19:34, RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D.

Anotace

V originále

Complex dynamics arising in biological systems can be characterised by various kinds of attractors. To that end, the task of determining attractors becomes important in modern systems analysis. Biological systems are typically formalised as highly parametrised continuous-time ODE models. Such models can be abstracted in the form of parametrised graphs. In such abstractions, attractors are observed in the form of terminal strongly connected components (tSCCs). In this paper, we demon- strate a novel method for detecting tSCCs in parametrised graphs on several models of cyanobacteria taken from the domain- specific online platform e-cyanobacterium.org.

Návaznosti

GA18-00178S, projekt VaV

Název: Diskrétní bifurkační analýza reaktivních systémů

Investor: Grantová agentura ČR, Diskrétní bifurkační analýza reaktivních systémů

LM2015055, projekt VaV

Název: Centrum pro systémovou biologii (Akronym: C4SYS)

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, The national infrastructure C4SYS - Centre for Systems Biology

MUNI/A/0854/2017, interní kód MU

Název: Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace VII.

Investor: Masarykova univerzita, Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace VII., DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty

Citovat

BENEŠ, Nikola; Luboš BRIM; Jan ČERVENÝ; Samuel PASTVA; David ŠAFRÁNEK; Jakub ŠALAGOVIČ a Matej TROJÁK. Fully Automated Attractor Analysis of Cyanobacteria Models. In Marian Barbu, Răzvan Şolea, Adrian Filipescu. 22nd International Conference on System Theory, Control and Computing. Neuveden: IEEE, 2018, s. 354-359. ISBN 978-1-5386-4444-7. Dostupné z: https://doi.org/10.1109/ICSTCC.2018.8540762.

@inproceedings{1450516,
   author = {Beneš, Nikola and Brim, Luboš and Červený, Jan and Pastva, Samuel and Šafránek, David and Šalagovič, Jakub and Troják, Matej},
   address = {Neuveden},
   booktitle = {22nd International Conference on System Theory, Control and Computing},
   doi = {https://doi.org/10.1109/ICSTCC.2018.8540762},
   editor = {Marian Barbu, Răzvan Şolea, Adrian Filipescu},
   keywords = {attractors; parametrised graph; terminal strongly connected components; cyanobacteria},
   howpublished = {tištěná verze "print"},
   language = {eng},
   location = {Neuveden},
   isbn = {978-1-5386-4444-7},
   pages = {354-359},
   publisher = {IEEE},
   title = {Fully Automated Attractor Analysis of Cyanobacteria Models},
   url = {https://ieeexplore.ieee.org/document/8540762},
   year = {2018}
}

TY  - CONF
ID  - 1450516
AU  - Beneš, Nikola - Brim, Luboš - Červený, Jan - Pastva, Samuel - Šafránek, David - Šalagovič, Jakub - Troják, Matej
PY  - 2018
TI  - Fully Automated Attractor Analysis of Cyanobacteria Models
PB  - IEEE
CY  - Neuveden
SN  - 9781538644447
KW  - attractors
KW  - parametrised graph
KW  - terminal strongly connected components
KW  - cyanobacteria
UR  - https://ieeexplore.ieee.org/document/8540762
N2  - Complex dynamics arising in biological systems can be characterised by various kinds of attractors. To that end, the task of determining attractors becomes important in modern systems analysis. Biological systems are typically formalised as highly parametrised continuous-time ODE models. Such models can be abstracted in the form of parametrised graphs. In such abstractions, attractors are observed in the form of terminal strongly connected components (tSCCs). In this paper, we demon- strate a novel method for detecting tSCCs in parametrised graphs on several models of cyanobacteria taken from the domain- specific online platform e-cyanobacterium.org.
ER  -

BENEŠ, Nikola; Luboš BRIM; Jan ČERVENÝ; Samuel PASTVA; David ŠAFRÁNEK; Jakub ŠALAGOVIČ a Matej TROJÁK. Fully Automated Attractor Analysis of Cyanobacteria Models. In Marian Barbu, R\u azvan \c Solea, Adrian Filipescu. \textit{22nd International Conference on System Theory, Control and Computing}. Neuveden: IEEE, 2018, s.~354-359. ISBN~978-1-5386-4444-7. Dostupné z: https://doi.org/10.1109/ICSTCC.2018.8540762.

Přehled o publikaci