ČERVENÝ, Jan, Jakub ŠALAGOVIČ, František MUZIKA, David ŠAFRÁNEK a Igor SCHREIBER. Influence of circadian clocks on optimal regime of central C-N metabolism of cyanobacteria. In Mishra, A. K.; Tiwari, D.; Rai, A. N.. Cyanobacteria: From Basic Science to Applications. 1st ed. Neuveden: Academic Press, 2018. s. 193-206, 14 s. ISBN 978-0-12-814667-5. doi:10.1016/B978-0-12-814667-5.00009-X.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Influence of circadian clocks on optimal regime of central C-N metabolism of cyanobacteria
Autoři ČERVENÝ, Jan (203 Česká republika), Jakub ŠALAGOVIČ (703 Slovensko), František MUZIKA, David ŠAFRÁNEK (203 Česká republika, garant, domácí) a Igor SCHREIBER.
Vydání 1st ed. Neuveden, Cyanobacteria: From Basic Science to Applications, od s. 193-206, 14 s. 2018.
Nakladatel Academic Press
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Kapitola resp. kapitoly v odborné knize
Obor 20900 2.9 Industrial biotechnology
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Forma vydání elektronická verze "online"
Kód RIV RIV/00216224:14330/18:00104828
Organizační jednotka Fakulta informatiky
ISBN 978-0-12-814667-5
Doi http://dx.doi.org/10.1016/B978-0-12-814667-5.00009-X
Klíčová slova anglicky Computational modeling; Bioreactor; Formal methods; Industry 4.0; Microalgae; Network analysis; Optimization; Process control
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnil: RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159. Změněno: 5. 1. 2019 17:02.
Anotace
Mechanistic aspects of cyanobacteria clock and metabolism have been analyzed in considerable detail during recent decades, but only limited knowledge is available about particular link(s) between the clock and controlled metabolic processes. We describe a case study where we couple a mechanistic model of a circadian oscillator with a model of central carbon-nitrogen metabolism and apply formal methods based on temporal logic and bifurcation analysis to examine response of the metabolic part of the combined model to the autonomous clock oscillations. The analysis identified a set of parametric groups that, when applied to the in silico system, lead either to an optimal configuration of metabolic pathways for most efficient rhythmic function of the metabolism or to (oscillatory) system death. Under controlled conditions in monitored environments, such as cultivation in photobioreactors, the knowledge can be used for optimal regulation of production capacity that would reflect dynamic constraints of real world systems.
Návaznosti
LM2015055, projekt VaVNázev: Centrum pro systémovou biologii (Akronym: C4SYS)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Velké infrastruktury pro výzkum, vývoj a inovace
VytisknoutZobrazeno: 23. 1. 2020 15:00