JURČÍK, Adam, Katarína FURMANOVÁ, Jan BYŠKA, Vojtěch VONÁSEK, Ondřej VÁVRA, Pavol ULBRICH, Helwig HAUSER a Barbora KOZLÍKOVÁ. Visual Analysis of Ligand Trajectories in Molecular Dynamics. In IEEE Pacific Visualization Symposium 2019. Bangkok, Thailand: IEEE, 2019. s. 212-221. ISBN 978-1-5386-9226-4. doi:10.1109/PacificVis.2019.00032.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Visual Analysis of Ligand Trajectories in Molecular Dynamics
Autoři JURČÍK, Adam (203 Česká republika, domácí), Katarína FURMANOVÁ (703 Slovensko, domácí), Jan BYŠKA (203 Česká republika, domácí), Vojtěch VONÁSEK (203 Česká republika), Ondřej VÁVRA (203 Česká republika, domácí), Pavol ULBRICH (703 Slovensko, domácí), Helwig HAUSER a Barbora KOZLÍKOVÁ (203 Česká republika, garant, domácí).
Vydání Bangkok, Thailand, IEEE Pacific Visualization Symposium 2019, od s. 212-221, 10 s. 2019.
Nakladatel IEEE
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Stať ve sborníku
Obor 10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Stát vydavatele Thajsko
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Forma vydání elektronická verze "online"
Kód RIV RIV/00216224:14330/19:00107231
Organizační jednotka Fakulta informatiky
ISBN 978-1-5386-9226-4
ISSN 2165-8765
Doi http://dx.doi.org/10.1109/PacificVis.2019.00032
UT WoS 000502097000020
Klíčová slova anglicky trajectory;ligand;protein;molecular dynamics;visualization;visual analysis
Štítky firank_B
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 27. 4. 2020 22:32.
Anotace
In many cases, protein reactions with other small molecules (ligands) occur in a deeply buried active site. When studying these types of reactions, it is crucial for biochemists to examine trajectories of ligand motion. These trajectories are predicted with in-silico methods that produce large ensembles of possible trajectories. In this paper, we propose a novel approach to the interactive visual exploration and analysis of large sets of ligand trajectories, enabling the domain experts to understand protein function based on the trajectory properties. The proposed solution is composed of multiple linked 2D and 3D views, enabling the interactive exploration and filtering of trajectories in an informed way. In the workflow, we focus on the practical aspects of the interactive visual analysis specific to ligand trajectories. We adapt the small multiples principle to resolve an overly large number of trajectories into smaller chunks that are easier to analyze. We describe how drill-down techniques can be used to create and store selections of the trajectories with desired properties, enabling the comparison of multiple datasets. In appropriately designed 2D and 3D views, biochemists can either observe individual trajectories or choose to aggregate the information into a functional boxplot or density visualization. Our solution is based on a tight collaboration with the domain experts, aiming to address their needs as much as possible. The usefulness of our novel approach is demonstrated by two case studies, conducted by the collaborating protein engineers.
Návaznosti
GA17-07690S, projekt VaVNázev: Metody identifikace a vizualizace tunelů pro flexibilní ligandy v dynamických proteinech (Akronym: FLigComp)
Investor: Grantová agentura ČR, Methods of Identification and Visualization of Tunnels for Flexible Ligands in Dynamic Proteins
MUNI/A/1040/2018, interní kód MUNázev: Zapojení studentů Fakulty informatiky do mezinárodní vědecké komunity 19 (Akronym: SKOMU)
Investor: Masarykova univerzita, Zapojení studentů Fakulty informatiky do mezinárodní vědecké komunity 19, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty
VytisknoutZobrazeno: 19. 3. 2024 06:06