Encephalitozoon spp. u volně žijících drobných savců – identifikace pomocí nested PCR a genotypizace

BRLICOVÁ, Lenka, Jiřina MARKOVÁ, Alena ŽÁKOVSKÁ a Eva BÁRTOVÁ. Encephalitozoon spp. u volně žijících drobných savců – identifikace pomocí nested PCR a genotypizace. In Tomáškovy dny 2018. 2018. ISBN 978-80-210-8963-1.

Základní údaje

• Originální název: Encephalitozoon spp. u volně žijících drobných savců – identifikace pomocí nested PCR a genotypizace
• Název česky: Encephalitozoon spp. u volně žijících drobných savců – identifikace pomocí nested PCR a genotypizace
• Název anglicky: Encephalitozoon spp. in wild-type mammals - identification by nested PCR and genotyping
• Autoři: BRLICOVÁ, Lenka, Jiřina MARKOVÁ, Alena ŽÁKOVSKÁ a Eva BÁRTOVÁ.
• Vydání: Tomáškovy dny 2018, 2018.

Další údaje

• Originální jazyk: čeština
• Typ výsledku: Konferenční abstrakt
• Obor: 10600 1.6 Biological sciences
• Stát vydavatele: Česká republika
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• Organizační jednotka: Přírodovědecká fakulta
• ISBN: 978-80-210-8963-1
• Klíčová slova česky: Encephalitozoon spp. malí savci nested PCR genotyping
• Klíčová slova anglicky: Encephalitozoon spp. wild-type mammals nested PCR genotyping
• Příznaky: Recenzováno

Anotace

K izolaci DNA bylo použito 100 vzorků jater drobných hlodavců a hmyzožravců odchycených v oblastech CHKO Moravský kras a CHKO Poodří. V případě single PCR byly použity 2 primery specifické pro E. cuniculi, tento parazit byl detekován u jednoho jedince (1 procento). Dvě sady primerů použité v nested PCR umožňují detekci více mikrosporidiálních parazitů. Rozlišení jednotlivých rodů je CHKO Poodří (14,9 procent), z jedinců odchycených v CHKO Moravský kras bylo pozitivních 5,7 procent zvířat. Pro rozlišení jednotlivých druhů byly pozitivní vzorky zaslány na sekvenaci do laboratoří firmy Macrogen. Genotypizace byla úspěšně provedena pouze u tří vzorků, na základě porovnání získaných sekvencí s údaji uvedenými v databázi BLAST se u všech tří případů jednalo o E. cuniculi. Na základě výsledku lze říci, že nested PCR je oproti single PCR pro detekci parazitů Encephalitozoon spp. výrazně citlivější a vzhledem k velikosti výsledného PCR produktu. Parazité rodu Encephalitozoon byli detekován u 10 jedinců (10 procent). Kromě základní single PCR existuje i několik modifikací a jednou z nich je nested PCR, která spočívá ve dvou na sebe navazujících reakcích. Cílem mé práce bylo porovnat citlivost těchto dvou metod pro detekci parazitů Encephalitozoon spp. a zároveň zjistit rozšíření tohoto parazita u volně žijících drobných savců na území České republiky.

Anotace anglicky

1339/5000 In addition to basic single PCR, there are several modifications, one of which is nested PCR, which consists of two successive reactions. The aim of my work was to compare the sensitivity of these two methods for the detection of parasites Encephalitozoon spp. and at the same time to find out the spread of this parasite in wild small mammals on the territory of the Czech Republic. To isolate DNA, 100 samples of small rodents and insectivores were collected in the areas of the Protected Landscape Area of the Moravian Karst and Poodří Protected Landscape Area. In the case of single PCR, 2 primers specific for E. cuniculi were used, this parasite was detected in one individual (1 percent). Two sets of primers used in nested PCR allow detection of multiple microsporidial parasites. The distinction of individual genera is Poodří Protected Landscape Area (14.9 percent), of the individuals captured in the Moravian Karst Protected Landscape Area were positive 5.7 percent of the animals. To distinguish individual species, positive samples were sent for sequencing to Macrogen's laboratories. Genotyping was successfully performed on only three samples, based on the comparison of the obtained sequences with the data reported in the BLAST database, in all three cases it was E. cuniculi. Based on the result, the nested PCR is against single PCR for the detection of parasites Encephalitozoon spp. significantly more sensitive and due to the size of the resulting PCR product. Parasites of Encephalitozoon were detected in 10 individuals (10 percent).