J 2018

Implementing efficient concerted rotations using Mathematica and C code

TUBIANA, L.; Miroslav JURÁSEK a I. COLUZZA

Základní údaje

Originální název

Implementing efficient concerted rotations using Mathematica and C code

Autoři

TUBIANA, L.; Miroslav JURÁSEK a I. COLUZZA

Vydání

EUROPEAN PHYSICAL JOURNAL E, NEW YORK, SPRINGER, 2018, 1292-8941

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

20501 Materials engineering

Stát vydavatele

Spojené státy

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Impakt faktor

Impact factor: 1.686

Označené pro přenos do RIV

Ano

Kód RIV

RIV/00216224:14740/18:00101714

Organizační jednotka

Středoevropský technologický institut

DOI

UT WoS

EID Scopus

Klíčová slova anglicky

INTRINSICALLY UNSTRUCTURED PROTEINS; MONTE-CARLO SIMULATIONS; COARSE-GRAINED MODELS; MOLECULAR-DYNAMICS; SYSTEMS; ALGORITHM

Štítky

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 13. 3. 2019 13:30, Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D.

Anotace

V originále

In this article we demonstrate a general and efficient metaprogramming implementation of concerted rotations using Mathematica. Concerted rotations allow the movement of a fixed portion of a polymer backbone with fixed bending angles, like a protein, while maintaining the correct geometry of the backbone and the initial and final points of the portion fixed. Our implementation uses Mathematica to generate a C code which is then wrapped in a library by a Python script. The user can modify the Mathematica notebook to generate a set of concerted rotations suited for a particular backbone geometry, without having to write the C code himself. The resulting code is highly optimized, performing on the order of thousands of operations per second.

Návaznosti

GA17-11571S, projekt VaV
Název: Amfifilní peptidy na fosfolipidových membránách
Investor: Grantová agentura ČR, Amphiphilic Peptides at Phospholipid Membranes
LM2015085, projekt VaV
Název: CERIT Scientific Cloud (Akronym: CERIT-SC)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, CERIT Scientific Cloud
LQ1601, projekt VaV
Název: CEITEC 2020 (Akronym: CEITEC2020)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, CEITEC 2020
692068, interní kód MU
Název: BISON - Bridging Structural Biology with Biological Synthesis and Self Assembly to Reveal Key Processes in Living Systems (Akronym: BISON)
Investor: Evropská unie, BISON - Bridging Structural Biology with Biological Synthesis and Self Assembly to Reveal Key Processes in Living Systems, Spreading excellence and widening participation

Přiložené soubory

Tubiana2018_Article_ImplementingEfficientConcerted.pdf Verze souboru