CalFitter: a web server for analysis of protein thermal
denaturation data

J 2018

CalFitter: a web server for analysis of protein thermal denaturation data

MAZURENKO, Stanislav; Jan ŠTOURAČ; Antonín KUNKA; S. NEDELJKOVIC; David BEDNÁŘ et al.

Základní údaje

Originální název

CalFitter: a web server for analysis of protein thermal denaturation data

Autoři

MAZURENKO, Stanislav; Jan ŠTOURAČ; Antonín KUNKA; S. NEDELJKOVIC; David BEDNÁŘ; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ

Vydání

Nucleic Acids Research, Oxford, Oxford University Press, 2018, 0305-1048

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10102 Applied mathematics

Stát vydavatele

Spojené státy

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

URL

Impakt faktor

Impact factor: 11.147

Označené pro přenos do RIV

Ano

Kód RIV

RIV/00216224:14310/18:00101753

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

Klíčová slova anglicky

DIFFERENTIAL SCANNING CALORIMETRY; THEORETICAL-ANALYSIS; STABILITY; STATE; TEMPERATURE; 3-STATE; ENZYME; RATES

Štítky

H21

Změněno: 23. 4. 2024 14:21, Mgr. Michal Petr

Anotace

V originále

Despite significant advances in the understanding of protein structure-function relationships, revealing protein folding pathways still poses a challenge due to a limited number of relevant experimental tools. Widely-used experimental techniques, such as calorimetry or spectroscopy, critically depend on a proper data analysis. Currently, there are only separate data analysis tools available for each type of experiment with a limited model selection. To address this problem, we have developed the CalFitter web server to be a unified platform for comprehensive data fitting and analysis of protein thermal denaturation data. The server allows simultaneous global data fitting using any combination of input data types and offers 12 protein unfolding pathway models for selection, including irreversible transitions often missing from other tools. The data fitting produces optimal parameter values, their confidence intervals, and statistical information to define unfolding pathways. The server provides an interactive and easy-to-use interface that allows users to directly analyse input datasets and simulate modelled output based on the model parameters.

Návaznosti

GA16-07965S, projekt VaV

Název: Řízená evoluce dynamických elementů v enzymech s využitím mikrofluidních čipů

Investor: Grantová agentura ČR, Řízená evoluce dynamických elementů v enzymech s využitím mikrofluidních čipů

LM2015047, projekt VaV

Název: Česká národní infrastruktura pro biologická data (Akronym: ELIXIR-CZ)

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Česká národní infrastruktura pro biologická data

LM2015051, projekt VaV

Název: Centrum pro výzkum toxických látek v prostředí (Akronym: RECETOX RI)

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Výzkumná infrastruktura RECETOX

LM2015055, projekt VaV

Název: Centrum pro systémovou biologii (Akronym: C4SYS)

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, The national infrastructure C4SYS - Centre for Systems Biology

LO1214, projekt VaV

Název: Centrum pro výzkum toxických látek v prostředí (Akronym: RECETOX)

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Centrum pro výzkum toxických látek v prostředí

Citovat

MAZURENKO, Stanislav; Jan ŠTOURAČ; Antonín KUNKA; S. NEDELJKOVIC; David BEDNÁŘ; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. CalFitter: a web server for analysis of protein thermal denaturation data. Nucleic Acids Research. Oxford: Oxford University Press, 2018, roč. 46, W1, s. "W344"-"W349", 6 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/nar/gky358.

@article{1503349,
   author = {Mazurenko, Stanislav and Štourač, Jan and Kunka, Antonín and Nedeljkovic, S. and Bednář, David and Prokop, Zbyněk and Damborský, Jiří},
   article_location = {Oxford},
   article_number = {W1},
   doi = {https://doi.org/10.1093/nar/gky358},
   keywords = {DIFFERENTIAL SCANNING CALORIMETRY; THEORETICAL-ANALYSIS; STABILITY; STATE; TEMPERATURE; 3-STATE; ENZYME; RATES},
   language = {eng},
   issn = {0305-1048},
   journal = {Nucleic Acids Research},
   title = {CalFitter: a web server for analysis of protein thermal denaturation data},
   url = {https://loschmidt.chemi.muni.cz/peg/category/publications/#2018},
   volume = {46},
   year = {2018}
}

TY  - JOUR
ID  - 1503349
AU  - Mazurenko, Stanislav - Štourač, Jan - Kunka, Antonín - Nedeljkovic, S. - Bednář, David - Prokop, Zbyněk - Damborský, Jiří
PY  - 2018
TI  - CalFitter: a web server for analysis of protein thermal denaturation data
JF  - Nucleic Acids Research
VL  - 46
IS  - W1
SP  - "W344"-"W349"
EP  - "W344"-"W349"
PB  - Oxford University Press
SN  - 03051048
KW  - DIFFERENTIAL SCANNING CALORIMETRY
KW  - THEORETICAL-ANALYSIS
KW  - STABILITY
KW  - STATE
KW  - TEMPERATURE
KW  - 3-STATE
KW  - ENZYME
KW  - RATES
UR  - https://loschmidt.chemi.muni.cz/peg/category/publications/#2018
N2  - Despite significant advances in the understanding of protein structure-function relationships, revealing protein folding pathways still poses a challenge due to a limited number of relevant experimental tools. Widely-used experimental techniques, such as calorimetry or spectroscopy, critically depend on a proper data analysis. Currently, there are only separate data analysis tools available for each type of experiment with a limited model selection. To address this problem, we have developed the CalFitter web server to be a unified platform for comprehensive data fitting and analysis of protein thermal denaturation data. The server allows simultaneous global data fitting using any combination of input data types and offers 12 protein unfolding pathway models for selection, including irreversible transitions often missing from other tools. The data fitting produces optimal parameter values, their confidence intervals, and statistical information to define unfolding pathways. The server provides an interactive and easy-to-use interface that allows users to directly analyse input datasets and simulate modelled output based on the model parameters.
ER  -

MAZURENKO, Stanislav; Jan ŠTOURAČ; Antonín KUNKA; S. NEDELJKOVIC; David BEDNÁŘ; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. CalFitter: a web server for analysis of protein thermal denaturation data. \textit{Nucleic Acids Research}. Oxford: Oxford University Press, 2018, roč.~46, W1, s.~''W344''-''W349'', 6 s. ISSN~0305-1048. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/nar/gky358.

Přehled o publikaci