BYŠKA, Jan, Adam JURČÍK, Katarína FURMANOVÁ, Barbora KOZLÍKOVÁ a Jan PALEČEK. Visual Analysis of Protein–Protein Interaction Docking Models Using COZOID Tool. In Stefan Canzar, Francisca Rojas Ringeling. Protein-Protein Interaction Networks. 1. vyd. New York, NY: Humana Press Inc, 2020. s. 81-94. Methods in Molecular Biology, vol. 2074. ISBN 978-1-4939-9872-2. doi:10.1007/978-1-4939-9873-9_7.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Visual Analysis of Protein–Protein Interaction Docking Models Using COZOID Tool
Autoři BYŠKA, Jan (203 Česká republika, domácí), Adam JURČÍK (203 Česká republika, domácí), Katarína FURMANOVÁ (703 Slovensko, domácí), Barbora KOZLÍKOVÁ (203 Česká republika, domácí) a Jan PALEČEK (203 Česká republika, garant, domácí).
Vydání 1. vyd. New York, NY, Protein-Protein Interaction Networks, od s. 81-94, 14 s. Methods in Molecular Biology, vol. 2074, 2020.
Nakladatel Humana Press Inc
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Kapitola resp. kapitoly v odborné knize
Obor 10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Stát vydavatele Spojené státy
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Forma vydání tištěná verze "print"
WWW URL
Kód RIV RIV/00216224:14330/20:00115070
Organizační jednotka Fakulta informatiky
ISBN 978-1-4939-9872-2
Doi http://dx.doi.org/10.1007/978-1-4939-9873-9_7
UT WoS 000558678200008
Klíčová slova anglicky Protein–protein interactions;Contact zone;Contact residue;Multiple sequence alignment;Conservation rate;Protein docking;COZOID tool;Visual selection
Štítky rivok
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 15. 12. 2020 08:44.
Anotace
Networks of protein–protein interactions (PPI) constitute either stable or transient complexes in every cell. Most of the cellular complexes keep their function, and therefore stay similar, during evolution. The evolutionary constraints preserve most cellular functions via preservation of protein structures and interactions. The evolutionary conservation information is utilized in template-based approaches, like protein structure modeling or docking. Here we use the combination of the template-free docking method with conservation-based selection of the best docking model using our newly developed COZOID tool. We describe a step-by-step protocol for visual selection of docking models, based on their similarity to the original protein complex structure. Using the COZOID tool, we first analyze contact zones of the original complex structure and select contact amino acids for docking restraints. Then we model and dock the homologous proteins. Finally, we utilize different analytical modes of our COZOID tool to select the docking models most similar to the original complex structure.
Návaznosti
LQ1601, projekt VaVNázev: CEITEC 2020 (Akronym: CEITEC2020)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, CEITEC 2020
MUNI/M/0822/2015, interní kód MUNázev: Expressive Visualization of Protein Complexes
Investor: Masarykova univerzita, Expressive Visualization of Protein Complexes, INTERDISCIPLINARY - Mezioborové výzkumné projekty
VytisknoutZobrazeno: 19. 3. 2024 11:50