J 2019

High-throughput analysis revealed mutations' diverging effects on SMN1 exon 7 splicing

SOUČEK, Přemysl, Kamila RÉBLOVÁ, Michal KRAMÁREK, Lenka RADOVÁ, Tereza GRYMOVÁ et. al.

Základní údaje

Originální název

High-throughput analysis revealed mutations' diverging effects on SMN1 exon 7 splicing

Autoři

SOUČEK, Přemysl (203 Česká republika, domácí), Kamila RÉBLOVÁ (203 Česká republika, domácí), Michal KRAMÁREK (703 Slovensko), Lenka RADOVÁ (203 Česká republika, domácí), Tereza GRYMOVÁ (203 Česká republika), Pavla HUJOVÁ (203 Česká republika), Tatiana KOVÁČOVÁ (703 Slovensko, domácí), Matej LEXA (703 Slovensko, domácí), Lucie GRODECKÁ (203 Česká republika) a Tomáš FREIBERGER (203 Česká republika, domácí)

Vydání

RNA BIOLOGY, PHILADELPHIA, TAYLOR & FRANCIS INC, 2019, 1547-6286

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10608 Biochemistry and molecular biology

Stát vydavatele

Spojené státy

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

Impakt faktor

Impact factor: 5.350

Kód RIV

RIV/00216224:14740/19:00107593

Organizační jednotka

Středoevropský technologický institut

DOI

UT WoS

000472379600001

Klíčová slova anglicky

SMN1; cryptic splice sites; U1 snRNA; splicing-affecting mutation; 5 ' ss

Štítky

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 15. 10. 2024 09:10, Ing. Martina Blahová

Anotace

V originále

Splicing-affecting mutations can disrupt gene function by altering the transcript assembly. To ascertain splicing dysregulation principles, we modified a minigene assay for the parallel high-throughput evaluation of different mutations by next-generation sequencing. In our model system, all exonic and six intronic positions of the SMN1 gene's exon 7 were mutated to all possible nucleotide variants, which amounted to 180 unique single-nucleotide mutants and 470 double mutants. The mutations resulted in a wide range of splicing aberrations. Exonic splicing-affecting mutations resulted either in substantial exon skipping, supposedly driven by predicted exonic splicing silencer or cryptic donor splice site (5 ' ss) and de novo 5 ' ss strengthening and use. On the other hand, a single disruption of exonic splicing enhancer was not sufficient to cause major exon skipping, suggesting these elements can be substituted during exon recognition. While disrupting the acceptor splice site led only to exon skipping, some 5 ' ss mutations potentiated the use of three different cryptic 5 ' ss. Generally, single mutations supporting cryptic 5 ' ss use displayed better pre-mRNA/U1 snRNA duplex stability and increased splicing regulatory element strength across the original 5 ' ss. Analyzing double mutants supported the predominating splicing regulatory elements' effect, but U1 snRNA binding could contribute to the global balance of splicing isoforms. Based on these findings, we suggest that creating a new splicing enhancer across the mutated 5 ' ss can be one of the main factors driving cryptic 5 ' ss use.

Návaznosti

GA16-11619S, projekt VaV
Název: Základní vlastnosti DNA mutačních coldspotů/hotspotů v genech asociovaných s dědičnými chorobami
Investor: Grantová agentura ČR, Základní vlastnosti DNA mutačních coldspotů/hotspotů v genech asociovaných s dědičnými chorobami
MUNI/A/1298/2018, interní kód MU
Název: Vrozené a získané deficience imunitního systému (Akronym: Poruchy imunity)
Investor: Masarykova univerzita, Vrozené a získané deficience imunitního systému, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty
NV16-34414A, projekt VaV
Název: Určení genových oblastí náchylných ke vzniku mutací ovlivňujících sestřih mRNA
90091, velká výzkumná infrastruktura
Název: NCMG