Omics analyses and functional proteins of Eudiplozoon nipponicum (Monogenea)

VOREL, Jiří; KRYSTYNA CWIKLINSKI; Marie JANKŮJOVÁ; Jan OPPELT; Filip PARDY; David POTĚŠIL; Lucie JEDLIČKOVÁ; Pavel ROUDNICKÝ; Jana ILGOVÁ a Martin KAŠNÝ. Omics analyses and functional proteins of Eudiplozoon nipponicum (Monogenea). In Parasitic Helminths: New Perspectives in Biology and Infection. 2019.

Základní údaje

Originální název

Omics analyses and functional proteins of Eudiplozoon nipponicum (Monogenea)

Autoři

VOREL, Jiří; KRYSTYNA CWIKLINSKI; Marie JANKŮJOVÁ; Jan OPPELT; Filip PARDY ORCID; David POTĚŠIL; Lucie JEDLIČKOVÁ; Pavel ROUDNICKÝ; Jana ILGOVÁ a Martin KAŠNÝ

Vydání

Parasitic Helminths: New Perspectives in Biology and Infection, 2019

---

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Prezentace na konferencích

Obor

10600 1.6 Biological sciences

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

URL

Označené pro přenos do RIV

Ano

Kód RIV

RIV/00216224:14310/19:00107627

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

Klíčová slova anglicky

Parasites; Monogenea; Eudiplozoon; Genomics; Transcriptomics; Secretomics

Příznaky

Mezinárodní význam

---

Anotace

V originále

Ectoparasitic flatworms from the group Monogenea represent serious fish pathogens and their presence in the stocks can lead to significant losses in the fish host populations. Despite this fact information related to the biochemical and molecular nature of the physiological processes of these parasites is rather sporadic. Here we introduce novel sequential data set for selected representative E. nipponicum (parasite of common carp) for the purpose to identify functional protein molecules involved in the interaction with the fish host. We started with analyses leading to the generation of E. nipponicum genome, mitochondrial genome, transcriptome and secretome by multiple sequencing techniques (454/Roche, Illumina, Oxford Nanopore) and mass spectrometry analysis, followed by appropriate bioinformatic processing of obtained data. In the E. nipponicum transcriptome (37,062 transcripts) we identified numerous translated proteins potentially involved in the host-parasite interaction (e.g. in the digestion of the host blood), such as e.g. cathepsins B, L1, L3, anticoagulation e.g. Kunitz-type inhibitors, serpins and stefins. Using the mass spectrometry analysis and MEROPS database (BLASTp, E-value 1e-5), 501 E. nipponicum secreted proteins were identified as peptidases and next 107 as inhibitors. Additionally, we made the first bioinformatic steps leading to the second draft of assembly (improved by long Oxford Nanopore reads) and detailed annotation of E. nipponicum genome. According to our data (k-mer counting and flow cytometry), the E. nipponicum genome size was estimated for 1.5 Gb and thus could be one of the biggest within platyhelminth.

---

Návaznosti

GAP506/12/1258, projekt VaV	Název: Interakce hostitel-parazit u krevsajících diplozoidních monogeneí: Výzkum vysoce specializovaných adaptací k parazitismu Investor: Grantová agentura ČR, Interakce hostitel-parazit u krevsajících diplozoidních monogeneí: Výzkum vysoce specializovaných adaptací k parazitismu
GBP505/12/G112, projekt VaV	Název: ECIP - Evropské centrum ichtyoparazitologie Investor: Grantová agentura ČR, ECIP - Evropské centrum ichtyoparazitologie
MUNI/A/0816/2017, interní kód MU	Název: Výzkum ekologicko-evolučních vztahů bezobratlých živočichů (Akronym: EKOLINKS) Investor: Masarykova univerzita, Výzkum ekologicko-evolučních vztahů bezobratlých živočichů, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty
MUNI/A/0918/2018, interní kód MU	Název: Studium evolučních a ekologických vztahů a procesů u akvatických bezobratlých živočichů a v hostitelsko-parazitických systémech (Akronym: EvolEcolParaHydro) Investor: Masarykova univerzita, Studium evolučních a ekologických vztahů a procesů u akvatických bezobratlých živočichů a v hostitelsko-parazitických systémech, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty
MUNI/A/1325/2015, interní kód MU	Název: Analýzy diverzity biologických systémů různých úrovní a na různých škálách prostředí (Akronym: BIDA5) Investor: Masarykova univerzita, Analýzy diverzity biologických systémů různých úrovní a na různých škálách prostředí, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty
MUNI/A/1362/2016, interní kód MU	Název: Biologická diverzita – analýzy biologických systémů různých úrovní a na různých škálách prostředí Investor: Masarykova univerzita, Biologická diverzita – analýzy biologických systémů různých úrovní a na různých škálách prostředí, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty