SWATH-MS identifikácia calcyphosinu a stathminu-1 ako markerov
agresivity nádorov endometria s odlišnou špecifitou

a 2019

SWATH-MS identifikácia calcyphosinu a stathminu-1 ako markerov agresivity nádorov endometria s odlišnou špecifitou

JANÁČOVÁ, Lucia, Jakub FAKTOR, Lenka ČÁPKOVÁ, Anna POSPÍŠILOVÁ, Ján PODHOREC et. al.

Základní údaje

Originální název

SWATH-MS identifikácia calcyphosinu a stathminu-1 ako markerov agresivity nádorov endometria s odlišnou špecifitou

Název česky

SWATH-MS identifikace calcyphosinu a stathminu-1 jako markerů agresivity nádorů endometria s odlišnou specifitou

Název anglicky

SWATH-MS analysis identifies calcyphosin and stathmin as markers of endometrial cancer aggressiveness with a different specificity

Autoři

JANÁČOVÁ, Lucia, Jakub FAKTOR, Lenka ČÁPKOVÁ, Anna POSPÍŠILOVÁ, Ján PODHOREC, H. Alexander EBHARDT, Roman HRSTKA, Rudolf NENUTIL a Pavel BOUCHAL

Vydání

6. Neformální proteomické setkání, Olomouc, 29.11.-30.11.2019, in Book of Abstracts, p. 20. 2019

Další údaje

Jazyk

čeština

Typ výsledku

Konferenční abstrakt

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

URL

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

Změněno: 3. 12. 2019 09:52, doc. Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D.

Anotace

V originále

Nádory endometria patria k najčastejšie diagnostikovaným gynekologickým malignitám. Špeciálnym prípadom rakoviny endometria je tvorba endometriálnych nádorov u pacientiek s predchádzajúcim nádorom prsníka liečených tamoxifenom. Tieto nádory vykazujú odlišný fenotyp oproti nádorom endometria de novo, ktoré vznikli nezávisle na tomto type liečby. Cieľom štúdie bolo identifikovať proteínové markery spojené s agresivitou oboch variant nádorov endometria, ktoré by potenciálne mohli slúžiť ako špecifické terapeutické ciele u oboch fenotypov. Pre tento účel sme mali k dispozícii 15 nádorov endometria vytvorených po predchádzajúcej liečbe nádorov prsníka tamoxifenom, 21 nádorov endometria de novo a kontrolnú skupinu priľahlého zdravého tkaniva myometria od 11 pacientiek. Z nádorov bolo 20 grade 1, 8 grade 2 a 6 grade 3, 31 invadujúcich a 5 neinvadujúcich do okolného myometria, 29 prípadov bolo typu I a 7 typu II. Z archívneho tkanivového materiálu v parafínových blokoch (FFPE) boli vyextrahované proteíny, ktoré boli štiepené trypsínom. Výsledné peptidy boli analyzované pomocou 2DLC-MS pre tvorbu spektrálnej knižnice a ďalej vo SWATH-MS móde, v obidvoch prípadoch na hmotnostnom spektrometri TripleTOF 5600+. SWATH-MS dáta boli analyzované algoritmom OpenSWATH, pomocou algoritmu SWATH2Stats boli prevedené do programu mapDIA, kde boli štatisticky vyhodnotené. Z 905 konzistentne kvantifikovaných proteínov (FDR=1%) bolo vybraných 9 kandidátov pre verifikáciu pomocou imunohistochémie. Z tých boli úspešne verifikované calcyphosin (CAPS) a stathmin-1 (STMN1), dva kľúčové proteíny všeobecne spájané s agresívnym nádorovým fenotypom. Zatiaľ čo hladina CAPS bola štatisticky význame zvýšená u nádorov endometria de novo oproti nádorom endometria po liečbe tamoxifenom, trend u hladiny STMN1 bol opačný, hoci hladiny oboch proteínov boli zvýšené v nádorovom tkanive oproti kontrolnému normálnemu tkanivu. To potvrdzuje spojenie oboch proteínov s nádorovým fenotypom u endometria, avšak jasne poukazuje na ich rozdielny vzťah k fenotypu spojenému s predchádzajúcou liečbou tamoxifenom. Hladiny oboch proteínov pritom nevykazovali zmeny medzi nádormi rôzneho grade a nádormi typu I a II. Hladina CAPS bola však vyššia u nádorov invadujúcich do myometria oproti nádorom neinvadujúcim, trend u STMN1 bol opačný. V súlade s tým analýza prežitia ukázala štatisticky významne horšie celkové prežitie pacientov s vyššou hladinou CAPS voči pacientom s nízkou hladinou CAPS. To poukazuje na silnejší vzťah CAPS k agresivite nádorov endometria než u STMN1 a recipročne naznačuje vyššiu agresivitu nádorov endometria de novo, proliferácia ktorých nemusí byť riadená výhradne estrogénnou cestou, v porovnaní s nádormi po liečbe tamoxifenom. Záverom, ako prví sme použili SWATH-MS techniku pre high-throughput analýzu súboru archívnych FFPE tkanív nádorov endometria a úspešne identifikovali a verifikovali proteíny spojené s agresivitou dvoch kľúčových fenotypov, ktoré by potenciálne mohli slúžiť ako špecifické terapeutické alebo diagnostické ciele.

Návaznosti

GA17-05957S, projekt VaV

Název: Evaluace nových potenciálních cílů a inhibitorů pro blokování vývoje metastáz u luminálních A nádorů prsu

Investor: Grantová agentura ČR, Evaluace nových potenciálních cílů a inhibitorů pro blokování vývoje metastáz u luminálních A nádorů prsu

MUNI/A/1575/2018, interní kód MU

Název: Podpora biochemického výzkumu v roce 2019

Investor: Masarykova univerzita, Podpora biochemického výzkumu v roce 2019, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty

NV19-08-00250, projekt VaV

Název: Proteotypová klasifikace renálního karcinomu ve vztahu k prognóze a terapeutické odpovědi

Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Proteotypová klasifikace renálního karcinomu ve vztahu k prognóze a terapeutické odpovědi

Citovat

JANÁČOVÁ, Lucia, Jakub FAKTOR, Lenka ČÁPKOVÁ, Anna POSPÍŠILOVÁ, Ján PODHOREC, H. Alexander EBHARDT, Roman HRSTKA, Rudolf NENUTIL a Pavel BOUCHAL. SWATH-MS identifikácia calcyphosinu a stathminu-1 ako markerov agresivity nádorov endometria s odlišnou špecifitou. In 6. Neformální proteomické setkání, Olomouc, 29.11.-30.11.2019, in Book of Abstracts, p. 20. 2019.

@proceedings{1586777,
   author = {Janáčová, Lucia and Faktor, Jakub and Čápková, Lenka and Pospíšilová, Anna and Podhorec, Ján and Ebhardt, H. Alexander and Hrstka, Roman and Nenutil, Rudolf and Bouchal, Pavel},
   booktitle = {6. Neformální proteomické setkání, Olomouc, 29.11.-30.11.2019, in Book of Abstracts, p. 20.},
   language = {cze},
   title = {SWATH-MS identifikácia calcyphosinu a stathminu-1 ako markerov agresivity nádorov endometria s odlišnou špecifitou},
   url = {http://www.czproteo.cz/NPS2019/index.php},
   year = {2019}
}

TY  - CONF
ID  - 1586777
AU  - Janáčová, Lucia - Faktor, Jakub - Čápková, Lenka - Pospíšilová, Anna - Podhorec, Ján - Ebhardt, H. Alexander - Hrstka, Roman - Nenutil, Rudolf - Bouchal, Pavel
PY  - 2019
TI  - SWATH-MS identifikácia calcyphosinu a stathminu-1 ako markerov agresivity nádorov endometria s odlišnou špecifitou
UR  - http://www.czproteo.cz/NPS2019/index.php
N2  - Nádory endometria patria k najčastejšie diagnostikovaným gynekologickým malignitám. Špeciálnym prípadom rakoviny endometria je tvorba endometriálnych nádorov u pacientiek s predchádzajúcim nádorom prsníka liečených tamoxifenom. Tieto nádory vykazujú odlišný fenotyp oproti nádorom endometria de novo, ktoré vznikli nezávisle na tomto type liečby. Cieľom štúdie bolo identifikovať proteínové markery spojené s agresivitou oboch variant nádorov endometria, ktoré by potenciálne mohli slúžiť ako špecifické terapeutické ciele u oboch fenotypov. Pre tento účel sme mali k dispozícii 15 nádorov endometria vytvorených po predchádzajúcej liečbe nádorov prsníka tamoxifenom, 21 nádorov endometria de novo a kontrolnú skupinu priľahlého zdravého tkaniva myometria od 11 pacientiek. Z nádorov bolo 20 grade 1, 8 grade 2 a 6 grade 3, 31 invadujúcich a 5 neinvadujúcich do okolného myometria, 29 prípadov bolo typu I a 7 typu II. Z archívneho tkanivového materiálu v parafínových blokoch (FFPE) boli vyextrahované proteíny, ktoré boli štiepené trypsínom. Výsledné peptidy boli analyzované pomocou 2DLC-MS pre tvorbu spektrálnej knižnice a ďalej vo SWATH-MS móde, v obidvoch prípadoch na hmotnostnom spektrometri TripleTOF 5600+. SWATH-MS dáta boli analyzované algoritmom OpenSWATH, pomocou algoritmu SWATH2Stats boli prevedené do programu mapDIA, kde boli štatisticky vyhodnotené. Z 905 konzistentne kvantifikovaných proteínov (FDR=1%) bolo vybraných 9 kandidátov pre verifikáciu pomocou imunohistochémie. Z tých boli úspešne verifikované calcyphosin (CAPS) a stathmin-1 (STMN1), dva kľúčové proteíny všeobecne spájané s agresívnym nádorovým fenotypom. Zatiaľ čo hladina CAPS bola štatisticky význame zvýšená u nádorov endometria de novo oproti nádorom endometria po liečbe tamoxifenom, trend u hladiny STMN1 bol opačný, hoci hladiny oboch proteínov boli zvýšené v nádorovom tkanive oproti kontrolnému normálnemu tkanivu. To potvrdzuje spojenie oboch proteínov s nádorovým fenotypom u endometria, avšak jasne poukazuje na ich rozdielny vzťah k fenotypu spojenému s predchádzajúcou liečbou tamoxifenom. Hladiny oboch proteínov pritom nevykazovali zmeny medzi nádormi rôzneho grade a nádormi typu I a II. Hladina CAPS bola však vyššia u nádorov invadujúcich do myometria oproti nádorom neinvadujúcim, trend u STMN1 bol opačný. V súlade s tým analýza prežitia ukázala štatisticky významne horšie celkové prežitie pacientov s vyššou hladinou CAPS voči pacientom s nízkou hladinou CAPS. To poukazuje na silnejší vzťah CAPS k agresivite nádorov endometria než u STMN1 a recipročne naznačuje vyššiu agresivitu nádorov endometria de novo, proliferácia ktorých nemusí byť riadená výhradne estrogénnou cestou, v porovnaní s nádormi po liečbe tamoxifenom. Záverom, ako prví sme použili SWATH-MS techniku pre high-throughput analýzu súboru archívnych FFPE tkanív nádorov endometria a úspešne identifikovali a verifikovali proteíny spojené s agresivitou dvoch kľúčových fenotypov, ktoré by potenciálne mohli slúžiť ako špecifické terapeutické alebo diagnostické ciele.
ER  -

JANÁČOVÁ, Lucia, Jakub FAKTOR, Lenka ČÁPKOVÁ, Anna POSPÍŠILOVÁ, Ján PODHOREC, H. Alexander EBHARDT, Roman HRSTKA, Rudolf NENUTIL a Pavel BOUCHAL. SWATH-MS identifikácia calcyphosinu a stathminu-1 ako markerov agresivity nádorov endometria s odlišnou špecifitou. In \textit{6. Neformální proteomické setkání, Olomouc, 29.11.-30.11.2019, in Book of Abstracts, p. 20.}. 2019.

Podrobný výpis o publikaci