LABUDOVÁ, Dominika, Jiří HON a Matej LEXA. pqsfinder web: G-quadruplex prediction using optimized pqsfinder algorithm. Bioinformatics. Oxford: Oxford University Press, 2020, roč. 36, č. 8, s. 2584-2586. ISSN 1367-4803. doi:10.1093/bioinformatics/btz928.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název pqsfinder web: G-quadruplex prediction using optimized pqsfinder algorithm
Autoři LABUDOVÁ, Dominika (703 Slovensko), Jiří HON (203 Česká republika, garant) a Matej LEXA (703 Slovensko, domácí).
Vydání Bioinformatics, Oxford, Oxford University Press, 2020, 1367-4803.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Obor 10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Stát vydavatele Velká Británie
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
WWW URL
Impakt faktor Impact factor: 5.610 v roce 2019
Kód RIV RIV/00216224:14330/20:00114129
Organizační jednotka Fakulta informatiky
Doi http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btz928
UT WoS 000537473400037
Klíčová slova anglicky g4; g-quadruplex; software; R/Bioconductor; sequence analysis
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 29. 4. 2021 07:57.
Anotace
Motivation: G-quadruplex is a DNA or RNA form in which four guanine-rich regions are held together by base pairing between guanine nucleotides in coordination with potassium ions. G-quadruplexes are increasingly seen as a biologically important component of genomes. Their detection in vivo is problematic; however, sequencing and spectrometric techniques exist for their in vitro detection. We previously devised the pqsfinder algorithm for PQS identification, implemented it in C++ and published as an R/Bioconductor package. We looked for ways to optimize pqsfinder for faster and user-friendly sequence analysis. Results: We identified two weak points where pqsfinder could be optimized. We modified the internals of the recursive algorithm to avoid matching and scoring many sub-optimal PQS conformations that are later discarded. To accommodate the needs of a broader range of users, we created a website for submission of sequence analysis jobs that does not require knowledge of R to use pqsfinder.
Návaznosti
GA18-00258S, projekt VaVNázev: Úloha transposonů v dynamice rostlinných genomů (Akronym: TRANSPOSONY_DRG)
Investor: Grantová agentura ČR, Standardní projekty
VytisknoutZobrazeno: 22. 6. 2021 05:02