J 2020

DockVis: Visual Analysis of Molecular Docking Trajectories

FURMANOVÁ, Katarína, Ondřej VÁVRA, Barbora KOZLÍKOVÁ, Jiří DAMBORSKÝ, Vojtěch VONÁSEK et. al.

Základní údaje

Originální název

DockVis: Visual Analysis of Molecular Docking Trajectories

Autoři

FURMANOVÁ, Katarína (703 Slovensko, domácí), Ondřej VÁVRA (203 Česká republika, domácí), Barbora KOZLÍKOVÁ (203 Česká republika, domácí), Jiří DAMBORSKÝ (203 Česká republika, domácí), Vojtěch VONÁSEK (203 Česká republika), David BEDNÁŘ (203 Česká republika, domácí) a Jan BYŠKA (203 Česká republika, garant, domácí)

Vydání

Computer Graphics Forum, Wiley-Blackwell, 2020, 0167-7055

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10200 1.2 Computer and information sciences

Stát vydavatele

Švýcarsko

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

Impakt faktor

Impact factor: 2.078

Kód RIV

RIV/00216224:14330/20:00114201

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

DOI

UT WoS

000544268900001

Klíčová slova anglicky

visual analysis; molecular docking; trajectory; ligand

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 17. 2. 2023 20:54, Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D.

Anotace

V originále

Computation of trajectories for ligand binding and unbinding via protein tunnels and channels is important for predicting possible protein-ligand interactions. These highly complex processes can be simulated by several software tools, which provide biochemists with valuable information for drug design or protein engineering applications. This paper focuses on aiding this exploration process by introducing the DockVis visual analysis tool. DockVis operates with the multivariate output data from one of the latest available tools for the prediction of ligand transport, CaverDock. DockVis provides the users with several linked views, combining the 2D abstracted depictions of ligands and their surroundings and properties with the 3D view. In this way,we enable the users to perceive the spatial configurations of ligand passing through the protein tunnel. The users are initially visually directed to the most relevant parts of ligand trajectories, which can be then explored in higher detail by the follow-up analyses. DockVis was designed in tight collaboration with protein engineers developing the CaverDock tool. However, the concept of DockVis can be extended to any other tool predicting ligand pathways by the molecular docking. DockVis will be made available to the wide user community as part of the Caver Analyst 3.0 software package (www.caver.cz).

Návaznosti

GC18-18647J, projekt VaV
Název: Vizuální analýza interakcí proteinů a ligandů (Akronym: PROLINT)
Investor: Grantová agentura ČR, Visual Analysis of Protein-Ligand Interactions
LM2015047, projekt VaV
Název: Česká národní infrastruktura pro biologická data (Akronym: ELIXIR-CZ)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Česká národní infrastruktura pro biologická data