FURMANOVÁ, Katarína, Ondřej VÁVRA, Barbora KOZLÍKOVÁ, Jiří DAMBORSKÝ, Vojtěch VONÁSEK, David BEDNÁŘ a Jan BYŠKA. DockVis: Visual Analysis of Molecular Docking Trajectories. Computer Graphics Forum. Wiley-Blackwell, 2020, roč. 39, č. 6, s. 452-464. ISSN 0167-7055. doi:10.1111/cgf.14048.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název DockVis: Visual Analysis of Molecular Docking Trajectories
Autoři FURMANOVÁ, Katarína (703 Slovensko, domácí), Ondřej VÁVRA (203 Česká republika, domácí), Barbora KOZLÍKOVÁ (203 Česká republika, domácí), Jiří DAMBORSKÝ (203 Česká republika, domácí), Vojtěch VONÁSEK (203 Česká republika), David BEDNÁŘ (203 Česká republika, domácí) a Jan BYŠKA (203 Česká republika, garant, domácí).
Vydání Computer Graphics Forum, Wiley-Blackwell, 2020, 0167-7055.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Obor 10200 1.2 Computer and information sciences
Stát vydavatele Švýcarsko
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
WWW URL
Impakt faktor Impact factor: 2.078
Kód RIV RIV/00216224:14330/20:00114201
Organizační jednotka Fakulta informatiky
Doi http://dx.doi.org/10.1111/cgf.14048
UT WoS 000544268900001
Klíčová slova anglicky visual analysis; molecular docking; trajectory; ligand
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 17. 2. 2023 20:54.
Anotace
Computation of trajectories for ligand binding and unbinding via protein tunnels and channels is important for predicting possible protein-ligand interactions. These highly complex processes can be simulated by several software tools, which provide biochemists with valuable information for drug design or protein engineering applications. This paper focuses on aiding this exploration process by introducing the DockVis visual analysis tool. DockVis operates with the multivariate output data from one of the latest available tools for the prediction of ligand transport, CaverDock. DockVis provides the users with several linked views, combining the 2D abstracted depictions of ligands and their surroundings and properties with the 3D view. In this way,we enable the users to perceive the spatial configurations of ligand passing through the protein tunnel. The users are initially visually directed to the most relevant parts of ligand trajectories, which can be then explored in higher detail by the follow-up analyses. DockVis was designed in tight collaboration with protein engineers developing the CaverDock tool. However, the concept of DockVis can be extended to any other tool predicting ligand pathways by the molecular docking. DockVis will be made available to the wide user community as part of the Caver Analyst 3.0 software package (www.caver.cz).
Návaznosti
GC18-18647J, projekt VaVNázev: Vizuální analýza interakcí proteinů a ligandů (Akronym: PROLINT)
Investor: Grantová agentura ČR, Visual Analysis of Protein-Ligand Interactions
LM2015047, projekt VaVNázev: Česká národní infrastruktura pro biologická data (Akronym: ELIXIR-CZ)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Česká národní infrastruktura pro biologická data
VytisknoutZobrazeno: 19. 3. 2024 10:28