Executable Biochemical Space for Specification and Analysis of
Biochemical Systems

D 2020

Executable Biochemical Space for Specification and Analysis of Biochemical Systems

TROJÁK, Matej; David ŠAFRÁNEK; Luboš BRIM; Jakub ŠALAGOVIČ; Jan ČERVENÝ et al.

Základní údaje

Originální název

Executable Biochemical Space for Specification and Analysis of Biochemical Systems

Autoři

TROJÁK, Matej; David ŠAFRÁNEK; Luboš BRIM; Jakub ŠALAGOVIČ a Jan ČERVENÝ

Vydání

ENTCS 350. Amsterdam, 9th International Workshop on Static Analysis and Systems Biology (SASB), od s. 91-116, 26 s. 2020

Nakladatel

Elsevier

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Stať ve sborníku

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Forma vydání

elektronická verze "online"

Odkazy

URL

Kód RIV

RIV/00216224:14330/20:00114281

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

ISSN

DOI

https://doi.org/10.1016/j.entcs.2020.06.006

UT WoS

000577846300006

EID Scopus

2-s2.0-85123695855

Klíčová slova anglicky

rule-based modelling; formal specification; static analysis

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

Změněno: 15. 5. 2024 02:04, RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D.

Anotace

V originále

We present the second generation of a rule-based language called Biochemical Space Language (BCSL) that combines the advantages of different approaches and thus makes an effort to overcome several problems with existing solutions. The key aspect of the language is the level of abstraction it uses, which allows scalable and compact hierarchical specification of biochemical entities. This abstraction enables unique analysis techniques to reason about properties of models written in the language on the semantic and syntactic level.

Návaznosti

GA18-00178S, projekt VaV

Název: Diskrétní bifurkační analýza reaktivních systémů

Investor: Grantová agentura ČR, Diskrétní bifurkační analýza reaktivních systémů

MUNI/A/1050/2019, interní kód MU

Název: Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace IX (Akronym: SV-FI MAV IX)

Investor: Masarykova univerzita, Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace IX, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty

Citovat

TROJÁK, Matej; David ŠAFRÁNEK; Luboš BRIM; Jakub ŠALAGOVIČ a Jan ČERVENÝ. Executable Biochemical Space for Specification and Analysis of Biochemical Systems. Online. In Ankit Gupta, Tatjana Petrov. 9th International Workshop on Static Analysis and Systems Biology (SASB). ENTCS 350. Amsterdam: Elsevier, 2020, s. 91-116. ISSN 1571-0661. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.entcs.2020.06.006.

@inproceedings{1675380,
   author = {Troják, Matej and Šafránek, David and Brim, Luboš and Šalagovič, Jakub and Červený, Jan},
   address = {Amsterdam},
   booktitle = {9th International Workshop on Static Analysis and Systems Biology (SASB)},
   doi = {https://doi.org/10.1016/j.entcs.2020.06.006},
   edition = {ENTCS 350},
   editor = {Ankit Gupta, Tatjana Petrov},
   keywords = {rule-based modelling; formal specification; static analysis},
   howpublished = {elektronická verze "online"},
   language = {eng},
   location = {Amsterdam},
   pages = {91-116},
   publisher = {Elsevier},
   title = {Executable Biochemical Space for Specification and Analysis of Biochemical Systems},
   url = {https://doi.org/10.1016/j.entcs.2020.06.006},
   year = {2020}
}

TY  - CONF
ID  - 1675380
AU  - Troják, Matej - Šafránek, David - Brim, Luboš - Šalagovič, Jakub - Červený, Jan
PY  - 2020
TI  - Executable Biochemical Space for Specification and Analysis of Biochemical Systems
PB  - Elsevier
CY  - Amsterdam
KW  - rule-based modelling
KW  - formal specification
KW  - static analysis
UR  - https://doi.org/10.1016/j.entcs.2020.06.006
N2  - We present the second generation of a rule-based language called Biochemical Space Language (BCSL) that combines the advantages of different approaches and thus makes an effort to overcome several problems with existing solutions. The key aspect of the language is the level of abstraction it uses, which allows scalable and compact hierarchical specification of biochemical entities. This abstraction enables unique analysis techniques to reason about properties of models written in the language on the semantic and syntactic level.
ER  -

TROJÁK, Matej; David ŠAFRÁNEK; Luboš BRIM; Jakub ŠALAGOVIČ a Jan ČERVENÝ. Executable Biochemical Space for Specification and Analysis of Biochemical Systems. Online. In Ankit Gupta, Tatjana Petrov. \textit{9th International Workshop on Static Analysis and Systems Biology (SASB)}. ENTCS 350. Amsterdam: Elsevier, 2020, s.~91-116. ISSN~1571-0661. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.entcs.2020.06.006.

Přehled o publikaci