MIKULÁŠEK, Kamil, Hana KONEČNÁ, David POTĚŠIL, Renata HOLÁNKOVÁ, Jan HAVLIŠ a Zbyněk ZDRÁHAL. SP3 Protocol for Proteomic Plant Sample Preparation Prior LC-MS/MS. Frontiers in Plant Science. Frontiers Research Foundation, roč. 12, MAR, s. "635550", 12 s. ISSN 1664-462X. doi:10.3389/fpls.2021.635550. 2021.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název SP3 Protocol for Proteomic Plant Sample Preparation Prior LC-MS/MS
Autoři MIKULÁŠEK, Kamil (203 Česká republika, domácí), Hana KONEČNÁ (203 Česká republika, domácí), David POTĚŠIL (203 Česká republika, domácí), Renata HOLÁNKOVÁ (203 Česká republika, domácí), Jan HAVLIŠ (203 Česká republika, domácí) a Zbyněk ZDRÁHAL (203 Česká republika, garant, domácí).
Vydání Frontiers in Plant Science, Frontiers Research Foundation, 2021, 1664-462X.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Obor 10611 Plant sciences, botany
Stát vydavatele Švýcarsko
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
WWW fulltext
Impakt faktor Impact factor: 6.627
Kód RIV RIV/00216224:14740/21:00121574
Organizační jednotka Středoevropský technologický institut
Doi http://dx.doi.org/10.3389/fpls.2021.635550
UT WoS 000631851900001
Klíčová slova anglicky bottom-up; protein cleanup; Arabidopsis thaliana; sodium dodecyl sulfate removal; single-pot solid-phase-enhanced sample preparation; carboxylated magnetic beads; filter-aided sample preparation; mass spectrometry
Štítky CF PROT, rivok
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 14. 3. 2022 12:36.
Anotace
Quantitative protein extraction from biological samples, as well as contaminants removal before LC-MS/MS, is fundamental for the successful bottom-up proteomic analysis. Four sample preparation methods, including the filter-aided sample preparation (FASP), two single-pot solid-phase-enhanced sample preparations (SP3) on carboxylated or HILIC paramagnetic beads, and protein suspension trapping method (S-Trap) were evaluated for SDS removal and protein digestion from Arabidopsis thaliana (AT) lysate. Finally, the optimized carboxylated SP3 workflow was benchmarked closely against the routine FASP. Ultimately, LC-MS/MS analyses revealed that regarding the number of identifications, number of missed cleavages, proteome coverage, repeatability, reduction of handling time, and cost per assay, the SP3 on carboxylated magnetic particles proved to be the best alternative for SDS and other contaminants removal from plant sample lysate. A robust and efficient 2-h SP3 protocol for a wide range of protein input is presented, benefiting from no need to adjust the amount of beads, binding and rinsing conditions, or digestion parameters.
Návaznosti
EF16_013/0001776, projekt VaVNázev: Česká infrastruktura pro integrativní strukturní biologii pro lidské zdraví
EF16_019/0000738, projekt VaVNázev: Centrum experimentální biologie rostlin
LM2018127, projekt VaVNázev: Česká infrastruktura pro integrativní strukturní biologii (Akronym: CIISB)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Czech Infrastructure for Integrative Structural Biology
LM2018140, projekt VaVNázev: e-Infrastruktura CZ (Akronym: e-INFRA CZ)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, e-Infrastruktura CZ
VytisknoutZobrazeno: 28. 3. 2024 13:48