Visualization and Analysis of Protein Structures with LiteMol Suite

SEHNAL, David, Radka SVOBODOVÁ, K. BERKA, Lukáš PRAVDA, Adam MIDLIK a Jaroslav KOČA. Visualization and Analysis of Protein Structures with LiteMol Suite. Online. In STRUCTURAL BIOINFORMATICS: METHODS AND PROTOCOLS. TOTOWA: HUMANA PRESS INC, 2020, s. 1-13. 2112. ISBN 978-1-0716-0270-6. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-1-0716-0270-6_1.

Základní údaje

• Originální název: Visualization and Analysis of Protein Structures with LiteMol Suite
• Autoři: SEHNAL, David (203 Česká republika, domácí), Radka SVOBODOVÁ (203 Česká republika, garant, domácí), K. BERKA, Lukáš PRAVDA (203 Česká republika, domácí), Adam MIDLIK (703 Slovensko, domácí) a Jaroslav KOČA (203 Česká republika, domácí).
• Vydání: TOTOWA, STRUCTURAL BIOINFORMATICS: METHODS AND PROTOCOLS, od s. 1-13, 13 s. 2112, 2020.
• Nakladatel: HUMANA PRESS INC

Další údaje

• Originální jazyk: angličtina
• Typ výsledku: Kapitola resp. kapitoly v odborné knize
• Obor: 10608 Biochemistry and molecular biology
• Stát vydavatele: Spojené státy
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• Forma vydání: elektronická verze "online"
• WWW: URL
• Kód RIV: RIV/00216224:14740/20:00122562
• Organizační jednotka: Středoevropský technologický institut
• ISBN: 978-1-0716-0270-6
• Doi: http://dx.doi.org/10.1007/978-1-0716-0270-6_1
• UT WoS: 000680164300002
• Klíčová slova anglicky: Protein visualization; Atom selection; Validation report; Ligand representation; Electron density
• Štítky: rivok
• Příznaky: Mezinárodní význam, Recenzováno

Anotace

LiteMol suite is an innovative solution that enables near-instant delivery of model and experimental biomacromolecular structural data, providing users with an interactive and responsive experience in all modern web browsers and mobile devices. LiteMol suite is a combination of data delivery services (CoordinateServer and DensityServer), compression format (BinaryCIF), and a molecular viewer (LiteMol Viewer). The LiteMol suite is integrated into Protein Data Bank in Europe (PDBe) and other life science web applications (e.g., UniProt, Ensemble, SIB, and CNRS services), it is freely available at https://litemol.org, and its source code is available via GitHub. LiteMol suite provides advanced functionality (annotations and their visualization, powerful selection features), and this chapter will describe their use for visual inspection of protein structures.

Návaznosti

• ATCZ40, interní kód MU: Název: Creating synergies between research infrastructures to stimulate innovation in the cross-border region (Akronym: RIAT-CZ)

Investor: Ministerstvo pro místní rozvoj ČR, Creating synergies between research infrastructures to stimulate innovation in the cross-border region

• EF16_013/0001777, projekt VaV: Název: ELIXIR-CZ: Budování kapacit
• LM2015047, projekt VaV: Název: Česká národní infrastruktura pro biologická data (Akronym: ELIXIR-CZ)

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Česká národní infrastruktura pro biologická data

• 676559, interní kód MU: Název: ELIXIR-EXCELERATE: Fast-track ELIXIR implementation and drive early user exploitation across the life-sciences (Akronym: ELIXIR-EXCELERATE)

Investor: Evropská unie, ELIXIR-EXCELERATE: Fast-track ELIXIR implementation and drive early user exploitation across the life-sciences, RI Research Infrastructures (Excellent Science)