2021
Bioinformatický nástroj pro zpracování NGS dat a uživatelské rozhraní - LYNX
REIGL, Tomáš, Jakub Paweł PORC, Karol PÁL, Jakub HYNŠT, Tomáš HRON et. al.Základní údaje
Originální název
Bioinformatický nástroj pro zpracování NGS dat a uživatelské rozhraní - LYNX
Název česky
Bioinformatický nástroj pro zpracování NGS dat a uživatelské rozhraní - LYNX
Název anglicky
Bioinformatic tool with a user interface for NGS data analysis - LYNX
Autoři
REIGL, Tomáš (203 Česká republika, garant, domácí), Jakub Paweł PORC (203 Česká republika, domácí), Karol PÁL (203 Česká republika, domácí), Jakub HYNŠT (616 Polsko, domácí), Tomáš HRON (300 Řecko), Nikos DARZENTAS (203 Česká republika), Veronika NAVRKALOVÁ (203 Česká republika, domácí) a Karla PLEVOVÁ (203 Česká republika)
Vydání
2021
Další údaje
Jazyk
čeština
Typ výsledku
Software
Obor
30401 Health-related biotechnology
Stát vydavatele
Česká republika
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Kód RIV
RIV/00216224:14740/21:00129461
Organizační jednotka
Středoevropský technologický institut
Klíčová slova česky
LYNX; NGS panel; bioinformatický nástroj; uživatelské rozhraní; hematologické malignity
Klíčová slova anglicky
LYNX; NGS panel; bioinformatic tool; user interface; haematological malignancies
Technické parametry
Software LYNX je bioinformatická pipeline s webovým rozhraním. Pipeline se skládá z volně dostupných programů a vlastního kódu zejména v programovacích jazycích Perl, Python a Snakemake. Uživatelské prostředí komunikující s výpočetní pipeline je naprogramované v jazyce JavaScript.
Změněno: 26. 10. 2022 10:42, Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D.
V originále
LYNX je webový interaktivní bioinformatický nástroj pro analýzu dat získaných cíleným sekvenováním nové generace. Výpočetní algoritmy implementované v nástroji poskytují informace o mutacích ve vybraných genech, změnách v počtu kopií DNA, translokacích a přestavbách antigenních receptorů u nejběžnějších lymfoidních malignit. Všechny tyto informace jsou prezentovány prostřednictvím interaktivních tabulek a grafů v uživatelském rozhraní.
Anglicky
LYNX is a web-based interactive bioinformatic tool for the analysis of targeted next-generation sequencing data. Computational pipelines implemented in the tool provide information about mutations in selected genes, copy number variations across the genome, translocations, and rearrangements of antigen receptors in the most common lymphoid malignancies. All this information is presented via interactive tables and graphs in a user interface.
Návaznosti
| TJ02000133, projekt VaV |
|