Diagnostika viru SARS-CoV-2 pomocí NGS ve FN u sv. Anny v Brně

k 2022

Diagnostika viru SARS-CoV-2 pomocí NGS ve FN u sv. Anny v Brně

ZETTLOVÁ, Kateřina; Lenka ZÁMEČNÍKOVÁ; Jan VRBSKÝ; Lukáš VACEK; Milada DVOŘÁČKOVÁ et al.

Základní údaje

Originální název

Diagnostika viru SARS-CoV-2 pomocí NGS ve FN u sv. Anny v Brně

Název anglicky

Diagnosis of SARS-CoV-2 by NGS in St. Anne´s University Hospital Brno

Autoři

ZETTLOVÁ, Kateřina; Lenka ZÁMEČNÍKOVÁ; Jan VRBSKÝ; Lukáš VACEK a Milada DVOŘÁČKOVÁ

Vydání

Celostátní konference DNA diagnostiky ČLS JEP, 2022

Další údaje

Typ výsledku

Prezentace na konferencích

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

URL

Označené pro přenos do RIV

Klíčová slova česky

NGS, SARS-CoV-2, VOC, mutace

Klíčová slova anglicky

NGS, SARS-CoV-2, VOC, mutation

Změněno: 21. 2. 2023 15:50, Mgr. Milada Dvořáčková, Ph.D., MBA

Anotace

V originále

V souladu s "Národní strategií molekulárně-biologické surveillance SARS-CoV-2" bylo v dubnu 2021 zahájeno celogenomové sekvenování vzorků pozitivních na SARS-CoV-2 za účelem identifikace variant viru vyskytujících se na našem území. Covidová laboratoř Mikrobiologického ústavu FN u sv. Anny v Brně byla do sekvenační sítě zapojena v říjnu 2021. Doposud bylo námi do celosvětové databáze GISAID (www.gisaid.org) nahráno přes 2000 sekvencí. Od ledna 2022 dominovala varianta nazvaná Omicron. Zpočátku jsme detekovali její nejrozšířenější subvariantu BA.1 a její další linie. V reálném čase jsme zaznamenali rozšíření subvarianty BA.2 a jejích linií, která velmi rychle vytlačila subvariantu BA.1 a v současné době dominuje. V krátkém časovém úseku jsme zaznamenali vysoký počet změn virového genomu, včetně vzniku rekombinantní varianty. Konkrétně jsme se zaměřili na srovnání středoevropských mutací s mutacemi detekovanými ve Velké Británii, srovnali jsme stejné období a stejný počet vzorků, přičemž jsme zjišťovali výskyt unikátních mutací v naší populaci. Jako první v ČR jsme zachytili rekombinantní variantu BA.XJ jejíž nomenklatura se v mezinárodních databázích dynamicky mění.

Citovat

ZETTLOVÁ, Kateřina; Lenka ZÁMEČNÍKOVÁ; Jan VRBSKÝ; Lukáš VACEK a Milada DVOŘÁČKOVÁ. Diagnostika viru SARS-CoV-2 pomocí NGS ve FN u sv. Anny v Brně. In Celostátní konference DNA diagnostiky ČLS JEP. 2022.

@proceedings{2259017,
   author = {Zettlová, Kateřina and Zámečníková, Lenka and Vrbský, Jan and Vacek, Lukáš and Dvořáčková, Milada},
   booktitle = {Celostátní konference DNA diagnostiky ČLS JEP},
   keywords = {NGS, SARS-CoV-2, VOC, mutation},
   title = {Diagnostika viru SARS-CoV-2 pomocí NGS ve FN u sv. Anny v Brně},
   url = {https://drive.google.com/file/d/1g_WTnyR0YCweFYL8oTCYExhXz7tSSoIo/view},
   year = {2022}
}

TY  - CONF
ID  - 2259017
AU  - Zettlová, Kateřina - Zámečníková, Lenka - Vrbský, Jan - Vacek, Lukáš - Dvořáčková, Milada
PY  - 2022
TI  - Diagnostika viru SARS-CoV-2 pomocí NGS ve FN u sv. Anny v Brně
KW  - NGS, SARS-CoV-2, VOC, mutation
UR  - https://drive.google.com/file/d/1g_WTnyR0YCweFYL8oTCYExhXz7tSSoIo/view
N2  - V souladu s "Národní strategií molekulárně-biologické surveillance SARS-CoV-2" bylo v dubnu 2021 zahájeno celogenomové sekvenování vzorků pozitivních na SARS-CoV-2 za účelem identifikace variant viru vyskytujících se na našem území. Covidová laboratoř Mikrobiologického ústavu FN u sv. Anny v Brně byla do sekvenační sítě zapojena v říjnu 2021. Doposud bylo námi do celosvětové databáze GISAID (www.gisaid.org) nahráno přes 2000 sekvencí. Od ledna 2022 dominovala varianta nazvaná Omicron. Zpočátku jsme detekovali její nejrozšířenější subvariantu BA.1 a její další linie. V reálném čase jsme zaznamenali rozšíření subvarianty BA.2 a jejích linií, která velmi rychle vytlačila subvariantu BA.1 a v současné době dominuje. V krátkém časovém úseku jsme zaznamenali vysoký počet změn virového genomu, včetně vzniku rekombinantní varianty. Konkrétně jsme se zaměřili na srovnání středoevropských mutací s mutacemi detekovanými ve Velké Británii, srovnali jsme stejné období a stejný počet vzorků, přičemž jsme zjišťovali výskyt unikátních mutací v naší populaci. Jako první v ČR jsme zachytili rekombinantní variantu BA.XJ jejíž nomenklatura se v mezinárodních databázích dynamicky mění.
ER  -

ZETTLOVÁ, Kateřina; Lenka ZÁMEČNÍKOVÁ; Jan VRBSKÝ; Lukáš VACEK a Milada DVOŘÁČKOVÁ. Diagnostika viru SARS-CoV-2 pomocí NGS ve FN u sv. Anny v Brně. In \textit{Celostátní konference DNA diagnostiky ČLS JEP}. 2022.

Přehled o publikaci