Detailed Information on Publication Record
2022
SeqUIa: Softwarová platforma pro zpracování sekvenování nové generace skrze grafické rozhraní
BYSTRÝ, Vojtěch, Viktor MAŠÍČEK, Nicolas MOKRIŠ and Martin DEMKOBasic information
Original name
SeqUIa: Softwarová platforma pro zpracování sekvenování nové generace skrze grafické rozhraní
Name (in English)
SeqUIa: Software platform for GUI based next generation sequencing data analysis
Authors
BYSTRÝ, Vojtěch (203 Czech Republic, guarantor, belonging to the institution), Viktor MAŠÍČEK (203 Czech Republic), Nicolas MOKRIŠ (203 Czech Republic, belonging to the institution) and Martin DEMKO (703 Slovakia)
Edition
2022
Other information
Language
Czech
Type of outcome
Software
Field of Study
10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Country of publisher
Czech Republic
Confidentiality degree
není předmětem státního či obchodního tajemství
References:
RIV identification code
RIV/00216224:14740/22:00129636
Organization unit
Central European Institute of Technology
Keywords (in Czech)
bioinformatika;sekvenování nové generace;integrace dat;stratifikace onkologických pacientů
Keywords in English
bioinformatics;next generation sequencing;patient stratification;data integration;pediatric solid tumors
Technical parameters
SeqUIa je obecný nástroj pro automatické zpracování a analýzu dat vygenerovaných pomocí Next Generation Sequencing technologie jednoduše ovládaný skrze grafické rozhraní. SW byl vyvinut ve spolupráci s partnerskou firmou Apps Dev Team s.r.o. (IČO: 24701009). V rámci projektu firma vyvíjela moduly SeqUIa-Top a SeqUIa-TRUNk a Masarykova univerzita poskytovala know-how v oblasti molekulární genetiky a vyvíjela modul BioRoots. Každý z modulů je uložen v samostatném git repositáři. O spoluvlastnictví tohoto výsledku byla uzavřena smlouva. Smluvní strany se dohodly, že výsledek projektu bude ve spoluvlastnictví v následujícím poměru (Masarykova univerzita:Apps Dev Team): 40:60.
Tags
Změněno: 17/4/2023 10:20, Ing. Daniela Tršová, Ph.D.
V originále
SeqUIa je plnohodnotný laboratorní informační systém pro molekulární diagnostiku založenou na NGS, který zahrnuje prostředky pro snadné spouštění analytických pracovních postupů. Implementovaný bioinformatický pracovní postup se skládá ze všech standardních NGS analýz (např. volání variant, transkriptomika, IG/TR klonalita, CRISPR). Díky modulární povaze SeqUIa lze moduly snadno přizpůsobit.
In English
SeqUIa is a full-fledged laboratory information system for NGS based molecular diagnostics, which includes the means to run the analytical workflows effortlessly. The implemented bioinformatics workflow consists of all standard NGS analyses (e.g. variant calling, transcriptomics, IG/TR clonality, CRISPR, single-cell). Thanks to the modular nature of SeqUIa, the modules can be easily customized.
Links
| TJ04000141, research and development project |
|