Phenotype Control of Partially Specified Boolean Networks

BENEŠ, Nikola, Luboš BRIM, Samuel PASTVA, David ŠAFRÁNEK a Eva ŠMIJÁKOVÁ. Phenotype Control of Partially Specified Boolean Networks. In Jun Pang, Joachim Niehren. Computational Methods in Systems Biology. Luxembourg City, Luxembourg: Springer Cham, 2023, s. 18-35. ISBN 978-3-031-42696-4. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-031-42697-1_2.

Základní údaje

• Originální název: Phenotype Control of Partially Specified Boolean Networks
• Autoři: BENEŠ, Nikola (203 Česká republika, domácí), Luboš BRIM (203 Česká republika, domácí), Samuel PASTVA (703 Slovensko), David ŠAFRÁNEK (203 Česká republika, domácí) a Eva ŠMIJÁKOVÁ (703 Slovensko, domácí).
• Vydání: Luxembourg City, Luxembourg, Computational Methods in Systems Biology, od s. 18-35, 18 s. 2023.
• Nakladatel: Springer Cham

Další údaje

• Originální jazyk: angličtina
• Typ výsledku: Stať ve sborníku
• Obor: 10200 1.2 Computer and information sciences
• Stát vydavatele: Lucembursko
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• Forma vydání: tištěná verze "print"
• WWW: URL
• Impakt faktor: Impact factor: 0.402 v roce 2005
• Kód RIV: RIV/00216224:14330/23:00131639
• Organizační jednotka: Fakulta informatiky
• ISBN: 978-3-031-42696-4
• ISSN: 0302-9743
• Doi: http://dx.doi.org/10.1007/978-3-031-42697-1_2
• UT WoS: 001156280600002
• Klíčová slova anglicky: Boolean networks;Partial specification;Permanent control;Phenotype;Perturbation;Symbolic algorithm
• Příznaky: Mezinárodní význam, Recenzováno

Anotace

Partially specified Boolean networks (PSBNs) represent a promising framework for the qualitative modelling of biological systems in which the logic of interactions is not completely known. Phenotype control aims to stabilise the network in states exhibiting specific traits. In this paper, we define the phenotype control problem in the context of asynchronous PSBNs and propose a novel semi-symbolic algorithm for solving this problem with permanent variable perturbations.

Návaznosti

• GA22-10845S, projekt VaV: Název: Studium role polyhydroxyalkanoátů u bakterie Schlegelella thermodepolymerans – slibného bakteriálního kandidáta pro biotechnologie nové generace (Akronym: PHAST)

Investor: Grantová agentura ČR, Studium role polyhydroxyalkanoátů u bakterie Schlegelella thermodepolymerans – slibného bakteriálního kandidáta pro biotechnologie nové generace

• MUNI/A/1081/2022, interní kód MU: Název: Modelování, analýza a verifikace (2023)

Investor: Masarykova univerzita, Modelování, analýza a verifikace (2023)

• MUNI/G/1771/2020, interní kód MU: Název: Computational reconstruction of mechanistic framework underlying receptor tyrosine kinase function in signal transduction (Akronym: FGFSIGMOD)

Investor: Masarykova univerzita, Computational reconstruction of mechanistic framework underlying receptor tyrosine kinase function in signal transduction, INTERDISCIPLINARY - Mezioborové výzkumné projekty