A web-based bioinformatic tool LYNX for targeted LYmphoid NeXt- generation sequencing data analysis and visualization for hematooncology.

REIGL, Tomáš; Jakub Paweł PORC; Veronika NAVRKALOVÁ; Jakub HYNŠT; Karol PÁL; Kamila STRÁNSKÁ; Jana KOTAŠKOVÁ; Šárka POSPÍŠILOVÁ a Karla PLEVOVÁ. A web-based bioinformatic tool LYNX for targeted LYmphoid NeXt- generation sequencing data analysis and visualization for hematooncology. In ESHG Conference 2023, Glasgow, Skotsko. 2023.

Základní údaje

Originální název

A web-based bioinformatic tool LYNX for targeted LYmphoid NeXt- generation sequencing data analysis and visualization for hematooncology.

Autoři

REIGL, Tomáš; Jakub Paweł PORC ORCID; Veronika NAVRKALOVÁ; Jakub HYNŠT; Karol PÁL; Kamila STRÁNSKÁ; Jana KOTAŠKOVÁ; Šárka POSPÍŠILOVÁ a Karla PLEVOVÁ

Vydání

ESHG Conference 2023, Glasgow, Skotsko, 2023

---

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Konferenční abstrakt

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Stát vydavatele

Velká Británie a Severní Irsko

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

URL

Označené pro přenos do RIV

Ano

Kód RIV

RIV/00216224:14740/23:00132843

Organizační jednotka

Středoevropský technologický institut

Klíčová slova anglicky

Next-generation sequencing; genetic markers; lymphoid malignancies; LYNX

Štítky

NÚVR_CEITEC, rivok

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

---

Anotace

V originále

Next-generation sequencing (NGS) is one of the most rapidly expanding technologies in laboratory medicine. In routine diagnostics, a single NGS experiment can replace several laboratory tests and provide more information about the disease being tested. Commonly, the assistance of a qualified bioinformatician or a dedicated tool is necessary for the data analysis. Our team has created an integrative, targeted NGS panel that detects genetic markers common for most abundant lymphoid malignancies (PMID: 34082072). For this panel, we have developed a bioinformatic tool, LYNX, with a user interface (UI) that allows diagnosticians to easily analyze the data and interactively visualize the results. This facilitates data interpretation and speeds up diagnostic procedures.

---

Návaznosti

LM2018140, projekt VaV	Název: e-Infrastruktura CZ (Akronym: e-INFRA CZ) Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, e-Infrastruktura CZ
NU20-08-00314, projekt VaV	Název: Single cell analýza: moderní nástroj pro studium klonální evoluce u pacientů s chronickou lymfocytární leukémií s vysokým rizikem (Akronym: Single cell analysis of CLL cells) Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Single cell analysis: a modern tool to study clonal evolution in high-risk patients with chronic lymphocytic leukemia, Podprogram 1 - standardní
NU21-08-00237, projekt VaV	Název: Pokročilé sekvenační metody pro analýzu strukturních přestaveb nádorového genomu Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Pokročilé sekvenační metody pro analýzu strukturních přestaveb nádorového genomu, Podprogram 1 - standardní
NU22-08-00227, projekt VaV	Název: Pokročilé molekulární analýzy pro komplexní diagnostiku a monitorování pacientů s difúzním velkobuněčným B-lymfomem: využití profilování genové exprese, tekutých biopsií a sekvenování třetí generace Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Pokročilé molekulární analýzy pro komplexní diagnostiku a monitorování pacientů s difúzním velkobuněčným B-lymfomem: využití profilování genové exprese, tekutých biopsií a sekvenování třetí generace, Podprogram 1 - standardní