Proteotypová klasifikace renálního karcinomu

p 2023

Proteotypová klasifikace renálního karcinomu

BOUCHAL, Pavel; Jan ŠIMONÍK; Richard ŠTEFANÍK; Pavla BOUCHALOVÁ; Petr LAPČÍK et al.

Základní údaje

Originální název

Proteotypová klasifikace renálního karcinomu

Název anglicky

Proteotype classification of renal cell carcinoma

Autoři

BOUCHAL, Pavel; Jan ŠIMONÍK; Richard ŠTEFANÍK; Pavla BOUCHALOVÁ; Petr LAPČÍK; David POTĚŠIL; Ján PODHOREC; Milan HORA; Alexandr POPRACH a Ondřej FIALA

Vydání

Sborník abstrakt (Klinická onkologie, ročník 36, Supplementum I), XLVII. Brněnské onkologické dny, Brno, CZ, 1.-3.11.2023, XXXI/81, 2023

Další údaje

Jazyk

čeština

Typ výsledku

Vyžádané přednášky

Obor

10608 Biochemistry and molecular biology

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

URL

Označené pro přenos do RIV

Ano

Kód RIV

RIV/00216224:14310/23:00132864

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

Klíčová slova česky

lokalizovaný a metastatický renální karcinom; tyrosin kinázové inhibitory; odpověď na léčbu; relaps; prognóza

Klíčová slova anglicky

localized and metastatic renal cell carcinoma; tyrosine kinase inhibitors; response to treatment; relapse; prognosis

Změněno: 22. 12. 2025 12:50, Mgr. Petra Trembecká, Ph.D.

Anotace

ORIG EN

V originále

Renální karcinom (RCC) představuje závažné onkologické onemocnění s celosvětově druhou nejvyšší incidencí v České republice. Molekulární prognostické a prediktivní biomarkery pro RCC jsou většinově nedostupné, především pak na proteinové úrovni. Pro kvantifikaci co největšího množství proteinů spojených s tumorigenezí RCC jsme vytvořili RCC-specifickou spektrální knihovnu cílených proteomických “assays“ pro 7960 proteinových skupin (FDR=1 %). Následně jsme použili hmotnostní spektrometrii s datově nezávislým sběrem dat (DIA-MS) na LC-MS systému QExactive HF-X pro analýzu velmi dobře charakterizovaného souboru metastatických RCC tumorů (tréninkový soubor n=53, validační soubor n=22) a přilehlých nenádorových tkání (n=17), z nichž část odpovídala a část neodpovídala na léčbu tyrosinkinázovými inhibitory (TKI). Identifikovali a validovali jsme proteinový biomarker specificky spojený se špatnou odpovědí na léčbu TKI, související rovněž s časem do dosažení nejlepší léčebné odpovědi a nesouvisející s nádorovým grade a dalšími klinickopatologickými parametry. Funkční analýzy s využitím CRISPR/Cas9 knockoutu potvrdily jeho souvislost s buněčnou migrací a invazivitou ve 2D a 3D prostředí. Podobná studie byla provedena také pro identifikaci proteinů souvisejících s relapsem lokalizovaného RCC a rovněž vedla k relevantním výsledkům. Lze shrnout, že proteomika nové generace založená na DIA-MS je vysoce výkonným nástrojem pro klasifikaci tkání RCC, umožňující identifikaci prognostických biomarkerů a alternativních terapeutických cílů. Podpořeno Ministerstvem zdravotnictví ČR, projekt č. NV19-08-00250, všechna práva vyhrazena. Podpořeno projektem Národní ústav pro výzkum rakoviny (Program EXCELES, ID Projekt č. LX22NPO5102) - Financováno Evropskou unií - Next Generation EU.

Anglicky

Renal cell carcinoma (RCC) is a serious cancer with the second highest incidence worldwide in the Czech Republic. Molecular prognostic and predictive biomarkers for RCC are mostly unavailable, especially at the protein level.

Návaznosti

NV19-08-00250, projekt VaV

Název: Proteotypová klasifikace renálního karcinomu ve vztahu k prognóze a terapeutické odpovědi

Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Proteotypová klasifikace renálního karcinomu ve vztahu k prognóze a terapeutické odpovědi

Citovat

BOUCHAL, Pavel; Jan ŠIMONÍK; Richard ŠTEFANÍK; Pavla BOUCHALOVÁ; Petr LAPČÍK; David POTĚŠIL; Ján PODHOREC; Milan HORA; Alexandr POPRACH a Ondřej FIALA. Proteotypová klasifikace renálního karcinomu. In Sborník abstrakt (Klinická onkologie, ročník 36, Supplementum I), XLVII. Brněnské onkologické dny, Brno, CZ, 1.-3.11.2023, XXXI/81. 2023.

@misc{2358237,
   author = {Bouchal, Pavel and Šimoník, Jan and Štefaník, Richard and Bouchalová, Pavla and Lapčík, Petr and Potěšil, David and Podhorec, Ján and Hora, Milan and Poprach, Alexandr and Fiala, Ondřej},
   booktitle = {Sborník abstrakt (Klinická onkologie, ročník 36, Supplementum I), XLVII. Brněnské onkologické dny, Brno, CZ, 1.-3.11.2023, XXXI/81},
   keywords = {localized and metastatic renal cell carcinoma; tyrosine kinase inhibitors; response to treatment; relapse; prognosis},
   language = {cze},
   title = {Proteotypová klasifikace renálního karcinomu},
   url = {http://www.onkologickedny.cz},
   year = {2023}
}

TY  - SLIDE
ID  - 2358237
AU  - Bouchal, Pavel - Šimoník, Jan - Štefaník, Richard - Bouchalová, Pavla - Lapčík, Petr - Potěšil, David - Podhorec, Ján - Hora, Milan - Poprach, Alexandr - Fiala, Ondřej
PY  - 2023
TI  - Proteotypová klasifikace renálního karcinomu
KW  - localized and metastatic renal cell carcinoma
KW  - tyrosine kinase inhibitors
KW  - response to treatment
KW  - relapse
KW  - prognosis
UR  - http://www.onkologickedny.cz
N2  - Renální karcinom (RCC) představuje závažné onkologické onemocnění s celosvětově druhou nejvyšší incidencí v České republice. Molekulární prognostické a prediktivní biomarkery pro RCC jsou většinově nedostupné, především pak na proteinové úrovni. Pro kvantifikaci co největšího množství proteinů spojených s tumorigenezí RCC jsme vytvořili RCC-specifickou spektrální knihovnu cílených proteomických “assays“ pro 7960 proteinových skupin (FDR=1 %). Následně jsme použili hmotnostní spektrometrii s datově nezávislým sběrem dat (DIA-MS) na LC-MS systému QExactive HF-X pro analýzu velmi dobře charakterizovaného souboru metastatických RCC tumorů (tréninkový soubor n=53, validační soubor n=22) a přilehlých nenádorových tkání (n=17), z nichž část odpovídala a část neodpovídala na léčbu tyrosinkinázovými inhibitory (TKI). Identifikovali a validovali jsme proteinový biomarker specificky spojený se špatnou odpovědí na léčbu TKI, související rovněž s časem do dosažení nejlepší léčebné odpovědi a nesouvisející s nádorovým grade a dalšími klinickopatologickými parametry. Funkční analýzy s využitím CRISPR/Cas9 knockoutu potvrdily jeho souvislost s buněčnou migrací a invazivitou ve 2D a 3D prostředí. Podobná studie byla provedena také pro identifikaci proteinů souvisejících s relapsem lokalizovaného RCC a rovněž vedla k relevantním výsledkům. Lze shrnout, že proteomika nové generace založená na DIA-MS je vysoce výkonným nástrojem pro klasifikaci tkání RCC, umožňující identifikaci prognostických biomarkerů a alternativních terapeutických cílů. Podpořeno Ministerstvem zdravotnictví ČR, projekt č. NV19-08-00250, všechna práva vyhrazena. Podpořeno projektem Národní ústav pro výzkum rakoviny (Program EXCELES, ID Projekt č. LX22NPO5102) - Financováno Evropskou unií - Next Generation EU.
ER  -

BOUCHAL, Pavel; Jan ŠIMONÍK; Richard ŠTEFANÍK; Pavla BOUCHALOVÁ; Petr LAPČÍK; David POTĚŠIL; Ján PODHOREC; Milan HORA; Alexandr POPRACH a Ondřej FIALA. Proteotypová klasifikace renálního karcinomu. In \textit{Sborník abstrakt (Klinická onkologie, ročník 36, Supplementum I), XLVII. Brněnské onkologické dny, Brno, CZ, 1.-3.11.2023, XXXI/81}. 2023.

Přehled o publikaci