J 2024

Integrative NGS testing reveals clonal dynamics of adverse genomic defects contributing to a natural progression in treatment-naïve CLL patients

NAVRKALOVÁ, Veronika; Karla PLEVOVÁ; Lenka RADOVÁ; Jakub Paweł PORC; Karol PÁL et al.

Základní údaje

Originální název

Integrative NGS testing reveals clonal dynamics of adverse genomic defects contributing to a natural progression in treatment-naïve CLL patients

Autoři

Vydání

British journal of haematology, Hoboken, Wiley-Blackwell, 2024, 0007-1048

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

30205 Hematology

Stát vydavatele

Spojené státy

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

Impakt faktor

Impact factor: 3.800

Označené pro přenos do RIV

Ano

Kód RIV

RIV/00216224:14740/24:00135498

Organizační jednotka

Středoevropský technologický institut

DOI

UT WoS

EID Scopus

Klíčová slova anglicky

chronic lymphocytic leukaemia; clonal evolution; genomic aberration; integrative NGS testing; prognosis

Štítky

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 3. 1. 2025 14:49, Mgr. Eva Dubská

Anotace

V originále

Large-scale next-generation sequencing (NGS) studies revealed extensive genetic heterogeneity, driving a highly variable clinical course of chronic lymphocytic leukaemia (CLL). The evolution of subclonal populations contributes to diverse therapy responses and disease refractoriness. Besides, the dynamics and impact of subpopulations before therapy initiation are not well understood. We examined changes in genomic defects in serial samples of 100 untreated CLL patients, spanning from indolent to aggressive disease. A comprehensive NGS panel LYNX, which provides targeted mutational analysis and genome-wide chromosomal defect assessment, was employed. We observed dynamic changes in the composition and/or proportion of genomic aberrations in most patients (62%). Clonal evolution of gene variants prevailed over the chromosomal alterations. Unsupervised clustering based on aberration dynamics revealed four groups of patients with different clinical behaviour. An adverse cluster was associated with fast progression and early therapy need, characterized by the expansion of TP53 defects, ATM mutations, and 18p- alongside dynamic SF3B1 mutations. Our results show that clonal evolution is active even without therapy pressure and that repeated genetic testing can be clinically relevant during long-term patient monitoring. Moreover, integrative NGS testing contributes to the consolidated evaluation of results and accurate assessment of individual patient prognosis.

Návaznosti

LX22NPO5102, projekt VaV
Název: Národní ústav pro výzkum rakoviny (Akronym: NÚVR)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Národní ústav pro výzkum rakoviny, 5.1 EXCELES
MUNI/A/1224/2022, interní kód MU
Název: Nové přístupy ve výzkumu, diagnostice a terapii hematologických malignit X
Investor: Masarykova univerzita, Nové přístupy ve výzkumu, diagnostice a terapii hematologických malignit X
NU20-08-00314, projekt VaV
Název: Single cell analýza: moderní nástroj pro studium klonální evoluce u pacientů s chronickou lymfocytární leukémií s vysokým rizikem (Akronym: Single cell analysis of CLL cells)
Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Single cell analysis: a modern tool to study clonal evolution in high-risk patients with chronic lymphocytic leukemia, Podprogram 1 - standardní
NV19-03-00091, projekt VaV
Název: Komplexní prognostický a prediktivní panel pro pacienty s chronickou lymfocytární leukémií: nástroj sekvenování nové generace vhodný pro klinickou praxi i studium genetického pozadí průběhu choroby
Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Comprehensive prognostic and predictive panel for chronic lymphocytic leukemia: a next-generation sequencing tool suitable for clinical practice and study of genetic architecture behind the disease progress
90132, velká výzkumná infrastruktura
Název: NCMG II
90133, velká výzkumná infrastruktura
Název: EATRIS-CZ III

Přiložené soubory

Integrative_NGS_testing_reveals_clonal_dynamics_of_adverse_genomic_defects_contributing_to_a_natural_progression_in_treatment-naive_CLL_patients.pdf Licence Creative Commons Verze souboru