PROCHÁZKA, David, Terézia SLANINÁKOVÁ, Jaroslav OĽHA, Adrián ROŠINEC, Katarína GREŠOVÁ, Miriama JÁNOŠOVÁ, Jakub ČILLÍK, Jana PORUBSKÁ, Radka SVOBODOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. AlphaFind: Discover structure similarity across the entire known proteome. bioRxiv, 2024.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název AlphaFind: Discover structure similarity across the entire known proteome
Autoři PROCHÁZKA, David, Terézia SLANINÁKOVÁ, Jaroslav OĽHA, Adrián ROŠINEC, Katarína GREŠOVÁ, Miriama JÁNOŠOVÁ, Jakub ČILLÍK, Jana PORUBSKÁ, Radka SVOBODOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL.
Vydání 2024.
Nakladatel bioRxiv
Další údaje
Typ výsledku Výzkumná zpráva
Stát vydavatele Česká republika
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
WWW AlphaFind web application Pre-print
Organizační jednotka Fakulta informatiky
Klíčová slova anglicky Protein structure similarity;Learned metric index;Learned indexing;Protein structure search;AlphaFold DB
Štítky DISA, learned indexing, LMI, protein structures
Příznaky Mezinárodní význam
Změnil Změnila: RNDr. Terézia Slanináková, učo 445526. Změněno: 19. 2. 2024 10:17.
Anotace
AlphaFind is a web-based search engine that provides fast structure-based retrieval in the entire set of AlphaFold DB structures. Unlike other protein processing tools, AlphaFind is focused entirely on tertiary structure, automatically extracting the main 3D features of each protein chain and using a machine learning model to find the most similar structures. This indexing approach and the 3D feature extraction method used by AlphaFind have both demonstrated remarkable scalability to large datasets as well as to large protein structures. The web application itself has been designed with a focus on clarity and ease of use. The searcher accepts any valid Uniprot ID, PDB ID or gene symbol as input, and returns a set of similar protein chains from AlphaFold DB, including various similarity metrics between the query and each of the retrieved results. In addition to the main search functionality, the application provides 3D visualizations of protein structure superpositions in order to allow researchers to instantly analyze the structural similarity of the retrieved results. The AlphaFind web application is available online for free and without any registration at https://alphafind.fi.muni.cz.
Návaznosti
GF23-07040K, projekt VaVNázev: Naučené indexy pro podobností hledání
Investor: Grantová agentura ČR, Naučené indexy pro podobností hledání, Lead agentura
LM2023055, projekt VaVNázev: Česká národní infrastruktura pro biologická data
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, ELIXIR-CZ: Česká národní infrastruktura pro biologická data
721/2023, interní kód MUNázev: Prohledávání velkých sad proteinů na základě podobnosti jejich struktur postaveno na učeném metrickém indexu
Investor: CESNET, Prohledávání velkých sad proteinů na základě podobnosti jejich struktur postaveno na učeném metrickém indexu
90254, velká výzkumná infrastrukturaNázev: e-INFRA CZ II
VytisknoutZobrazeno: 21. 6. 2024 03:37