J 2021

Fully Automated Ancestral Sequence Reconstruction using FireProtASR

KHAN, Rayyan Tariq, Miloš MUSIL, Jan DVORSKÝ, Jiří DAMBORSKÝ, David BEDNÁŘ et. al.

Základní údaje

Originální název

Fully Automated Ancestral Sequence Reconstruction using FireProtASR

Autoři

KHAN, Rayyan Tariq (586 Pákistán, domácí), Miloš MUSIL (203 Česká republika, domácí), Jan DVORSKÝ (203 Česká republika, domácí), Jiří DAMBORSKÝ (203 Česká republika, domácí) a David BEDNÁŘ (203 Česká republika, domácí)

Vydání

Current Protocols, Wiley, 2021, 2691-1299

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Stát vydavatele

Spojené státy

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

DOI

UT WoS

001298138100006

Klíčová slova anglicky

ancestral sequence reconstruction; automation; protein engineering; protein evolution; thermostability

Štítky

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 16. 10. 2024 11:30, Mgr. Marie Šípková, DiS.

Anotace

V originále

Protein evolution and protein engineering techniques are of great interest in basic science and industrial applications such as pharmacology, medicine, or biotechnology. Ancestral sequence reconstruction (ASR) is a powerful technique for probing evolutionary relationships and engineering robust proteins with good thermostability and broad substrate specificity. The following protocol describes the setting up and execution of an automated FireProtASR workflow using a dedicated web site. The service allows for inference of ancestral proteins automatically, from a single protein sequence. Once a protein sequence is submitted, the server will build a dataset of homology sequences, perform a multiple sequence alignment (MSA), build a phylogenetic tree, and reconstruct ancestral nodes. The protocol is also highly flexible and allows for multiple forms of input, advanced settings, and the ability to start jobs from: (i) a single sequence, (ii) a set of homologous sequences, (iii) an MSA, and (iv) a phylogenetic tree. This approach automates all necessary steps and offers a way for novices with limited exposure to ASR techniques to improve the properties of a protein of interest. The technique can even be used to introduce catalytic promiscuity into an enzyme. A web server for accessing the fully automated workflow is freely accessible at https://loschmidt.chemi.muni.cz/fireprotasr/.

Návaznosti

GJ20-15915Y, projekt VaV
Název: Studium molekulováho rozpoznávání a vývoj nových softwarových nástrojů pro identifikaci a design přístupových cest v proteinech
Investor: Grantová agentura ČR, Studium molekulováho rozpoznávání a vývoj nových softwarových nástrojů pro identifikaci a design přístupových cest v proteinech
814418, interní kód MU
Název: Synthetic biology-guided engineering of Pseudomonas putida for biofluorination (Akronym: SinFonia)
Investor: Evropská unie, Synthetic biology-guided engineering of Pseudomonas putida for biofluorination, Leadership in enabling and industrial technologies (LEIT) (Industrial Leadership)