Srovnání fylogeneze bělozubek (Eulipotyphla: Crocidurinae) subsaharské Afriky založené na mitochondriálních a jaderných markerech

CHALUPOVÁ, Veronika; Vendula MIKEŠOVÁ; Josef BRYJA; Violaine NICOLAS a Adam KONEČNÝ. Srovnání fylogeneze bělozubek (Eulipotyphla: Crocidurinae) subsaharské Afriky založené na mitochondriálních a jaderných markerech. In Zoologické dny Brno 2025. 2025.

Základní údaje

Originální název

Srovnání fylogeneze bělozubek (Eulipotyphla: Crocidurinae) subsaharské Afriky založené na mitochondriálních a jaderných markerech

Název anglicky

A Comparison of the Phylogeny of White-Toothed Shrews (Eulipotyphla: Crocidurinae) in Sub-Saharan Africa Based on Mitochondrial and Nuclear Markers

Autoři

CHALUPOVÁ, Veronika; Vendula MIKEŠOVÁ; Josef BRYJA; Violaine NICOLAS a Adam KONEČNÝ

Vydání

Zoologické dny Brno 2025, 2025

---

Další údaje

Jazyk

čeština

Typ výsledku

Konferenční abstrakt

Obor

10613 Zoology

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Označené pro přenos do RIV

Ne

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

Klíčová slova česky

Bělozubky; fylogeneze; subsaharská Afrika; UCE

Klíčová slova anglicky

White-toothed shrews; sub-Saharan Africa; phylogeny; UCE

Příznaky

Mezinárodní význam

---

Anotace

V originále

Pochopení fylogenetických vztahů mezi druhy je jedním z hlavních předpokladů pro kompletní poznání biodiverzity na naší planetě. Přestože v posledních desetiletích průběžně dochází k výraznému nárůstu dostupných genetických dat, evoluční historie některých živočišných skupin zůstává stále nevyřešena. Jedním z takových případů jsou bělozubky (Soricidae: Crocidurinae) v subsaharské Africe. Tato podčeleď v současném pojetí zahrnuje šest rodů (Crocidura, Paracrocidura, Ruwenzorisorex, Scutisorex, Suncus a Sylvisorex) a 136 druhů. Většinu druhů bělozubek lze jen velmi obtížně morfologicky odlišit, což zapříčinilo významný taxonomický chaos s řadou nerozlišených taxonů a stále platných synonym; a je tedy vhodné využít genetických metod. Nejčastěji používaným genetickým markerem pro druhovou identifikaci drobných savců je mitochondriální cytochrom b (cytB). Z dostupných 4671 sekvencí jsme sestavili fylogenetický strom a z hlavních linií vybrali jedince pro sekvenování markerů UCE (Ultraconserved Elements) napříč genomem. Cílem bylo zahrnout co největší část mezi- i vnitrodruhové mitochondriální diverzity bělozubek subsaharské Afriky. Na základě UCE se podařilo rekonstruovat téměř kompletně vyřešený fylogenomický strom. Druhy rodů Suncus a Sylvisorex jsou vzájemně promíchány, což bude vyžadovat detailnější taxonomické revidování. Obdobně je rod Paracrocidura jednoznačně vnitřní linií rodu Crocidura. Jaderná fylogeneze uvnitř rodu Crocidura ukazuje při srovnání s cytB téměř shodnou, avšak plně vyřešenou topologii na úrovni druhových komplexů. Významným rozdílem mezi porovnávanými stromy je pozice komplexu C. maurisca. Rozdílné topologie v rámci jednotlivých komplexů ukazují, které skupiny potřebují taxonomickou revizi za použití morfologických a geografických dat. Vyřešení komplikované taxonomie afrotropických bělozubek umožní lépe kvantifikovat biodiverzitu v subsaharské Africe a nalézt prioritní místa pro její ochranu.

Anglicky

Understanding phylogenetic relationships among species is one of the key prerequisites for a comprehensive understanding of biodiversity on our planet. Although recent decades have seen a significant increase in available genetic data, the evolutionary history of some animal groups remains unresolved. One such case involves the white-toothed shrews (Soricidae: Crocidurinae) in sub-Saharan Africa. In its current classification, this subfamily includes six genera (Crocidura, Paracrocidura, Ruwenzorisorex, Scutisorex, Suncus, and Sylvisorex) and 136 species. Most white-toothed shrew species are extremely difficult to distinguish morphologically, which has resulted in considerable taxonomic confusion, including numerous cryptic taxa and still-valid synonyms—making genetic methods particularly appropriate. The most commonly used genetic marker for species identification in small mammals is the mitochondrial cytochrome b (cytB) gene. Using 4,671 available sequences, we constructed a phylogenetic tree and selected representatives from the major lineages for sequencing of UCE (Ultraconserved Elements) markers across the genome. The goal was to capture as much inter- and intraspecific mitochondrial diversity as possible for white-toothed shrews in sub-Saharan Africa. Using UCE data, we were able to reconstruct an almost fully resolved phylogenomic tree. Species from the genera Suncus and Sylvisorex are intermixed, indicating the need for more detailed taxonomic revision. Similarly, Paracrocidura is clearly nested within the genus Crocidura. Nuclear phylogenies within Crocidura show a nearly identical but fully resolved topology at the species complex level when compared to cytB. A notable difference between the trees lies in the placement of the C. maurisca complex. Topological differences within individual complexes highlight the groups that require taxonomic revision using morphological and geographic data. Resolving the complex taxonomy of Afrotropical white-toothed shrews will enable a more accurate quantification of biodiversity in sub-Saharan Africa and help identify priority areas for its conservation.