R 2025

gorder: Everything you will ever need for lipid order calculations

BARTOŠ, Ladislav; Peter PAJTINKA a Robert VÁCHA

Základní údaje

Originální název

gorder: Everything you will ever need for lipid order calculations

Autoři

Vydání

2025

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Software

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

Označené pro přenos do RIV

Ano

Organizační jednotka

Středoevropský technologický institut

Klíčová slova anglicky

GORDER;Lipid order parameters;Molecular dynamics;GPU acceleration;Membrane biophysics

Technické parametry

Software GORDER je nástroj pro výpočet lipidových řádových parametrů z molekulárně-dynamických trajektorií. Byl navržen pro vysoce výkonné GPU akcelerované výpočty a je optimalizován pro paralelní zpracování rozsáhlých datových souborů. GORDER umožňuje výpočet deuteria order parametrů (S_CD) z běžně používaných formátů výstupů (např. GROMACS), včetně možnosti výběru atomových párů a časového okna analýzy. Výsledky lze ověřit porovnáním s referenčními simulacemi nebo publikovanými daty. Software je zveřejněn jako open-source (na GitHubu pod licencí MIT), což umožňuje volné použití, šíření i úpravy. K datu vyplnění nebyla uzavřena žádná smlouva o licenčním či jiném komerčním využití výsledku.

Štítky

Změněno: 2. 3. 2026 21:39, Mgr. Eva Dubská

Anotace

V originále

Lipid order parameters are an important metric for quantifying the molecular structure of biological membranes. They can be derived from both molecular simulations and experimental measurements, enabling robust comparisons between the two. Although methods for calculating lipid order parameters from molecular dynamics simulations of membrane systems at various resolutions are well established, a comprehensive and user-friendly package for these calculations is lacking, which has even led some researchers to use tools that are known to perform the calculations incorrectly. To address this, we have developed gorder, an analysis tool capable of calculating lipid order parameters in atomistic, united-atom, and coarse-grained systems, compatible with any force field, and applicable to both planar and curved membrane geometries. gorder is designed to be fast and versatile, providing a unified solution for lipid order calculations.

Návaznosti

GF25-19982L, projekt VaV
Název: Jak asymetrie lipidů ovlivňuje funkci proteinů
Investor: Grantová agentura ČR, Jak asymetrie lipidů ovlivňuje funkci proteinů, Partnerská agentura
LX22NPO5103, projekt VaV
Název: Národní institut virologie a bakteriologie (Akronym: NIVB)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Národní institut virologie a bakteriologie, 5.1 EXCELES
90254, velká výzkumná infrastruktura
Název: e-INFRA CZ II