Gromacs MetaDump: a tool for extracting GROMACS simulation
metadata

J 2025

Gromacs MetaDump: a tool for extracting GROMACS simulation metadata

ROŠINEC, Adrián; Terézia SLANINÁKOVÁ; Tomáš PAVLÍK; Róbert RANDIAK; Tomáš SVOBODA et al.

Základní údaje

Originální název

Gromacs MetaDump: a tool for extracting GROMACS simulation metadata

Autoři

Vydání

Journal of Cheminformatics, BMC, 2025, 1758-2946

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Stát vydavatele

Spojené státy

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

URL

Impakt faktor

Impact factor: 5.700 v roce 2024

Označené pro přenos do RIV

Ano

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

Klíčová slova anglicky

GROMACS; Molecular dynamics; Metadata extraction; FAIR; GROMACS MetaDump; Simulation annotations

Štítky

143160, CF BioData, rivok

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

Změněno: 13. 11. 2025 15:17, Mgr. Marie Novosadová Šípková, DiS.

Anotace

V originále

The volume of molecular dynamics (MD) simulation data shared via public repositories is rapidly increasing; however, fragmentation across multiple independent repositories, each employing distinct dataset identifiers and metadata schemas, hinders the efficient exploration and reuse of these data. In this study, we present GROMACS MetaDump, a tool for automatic annotation of output files from GROMACS MD simulations producing human- and machine-readable metadata leveraging the native GROMACS metadata (gmx dump) output. The tool takes the run input simulation file (.tpr) as the basis for the metadata output, optionally extending it with annotations from topology and structure files (.top, .gro). The tool is available as a web application (https://gmd.ceitec.cz/), API service, and a command-line utility. By automating the metadata extraction process, GROMACS MetaDump aims to simplify and standardise the extraction of rich, structured metadata from GROMACS MD simulations, making it easier to share, discover, and reuse simulation data within the research community.

Návaznosti

EH23_015/0008210, projekt VaV

Název: ELIXIR CZ: Capacity extension

LM2023055, projekt VaV

Název: Česká národní infrastruktura pro biologická data

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, ELIXIR-CZ: Česká národní infrastruktura pro biologická data

90254, velká výzkumná infrastruktura

Název: e-INFRA CZ II

Citovat

ROŠINEC, Adrián; Terézia SLANINÁKOVÁ; Tomáš PAVLÍK; Róbert RANDIAK; Tomáš SVOBODA; Tomáš RAČEK; Gabriela BUČEKOVÁ; Ondřej SCHINDLER; Matej ANTOL; Aleš KŘENEK; Karel BERKA a Radka SVOBODOVÁ. Gromacs MetaDump: a tool for extracting GROMACS simulation metadata. Journal of Cheminformatics. BMC, 2025, roč. 17, č. 1, s. 160-169. ISSN 1758-2946. Dostupné z: https://doi.org/10.1186/s13321-025-01082-5.

@article{2528045,
   author = {Rošinec, Adrián and Slanináková, Terézia and Pavlík, Tomáš and Randiak, Róbert and Svoboda, Tomáš and Raček, Tomáš and Bučeková, Gabriela and Schindler, Ondřej and Antol, Matej and Křenek, Aleš and Berka, Karel and Svobodová, Radka},
   article_number = {1},
   doi = {https://doi.org/10.1186/s13321-025-01082-5},
   keywords = {GROMACS; Molecular dynamics; Metadata extraction; FAIR; GROMACS MetaDump; Simulation annotations},
   language = {eng},
   issn = {1758-2946},
   journal = {Journal of Cheminformatics},
   title = {Gromacs MetaDump: a tool for extracting GROMACS simulation metadata},
   url = {https://doi.org/10.1186/s13321-025-01082-5},
   volume = {17},
   year = {2025}
}

TY  - JOUR
ID  - 2528045
AU  - Rošinec, Adrián - Slanináková, Terézia - Pavlík, Tomáš - Randiak, Róbert - Svoboda, Tomáš - Raček, Tomáš - Bučeková, Gabriela - Schindler, Ondřej - Antol, Matej - Křenek, Aleš - Berka, Karel - Svobodová, Radka
PY  - 2025
TI  - Gromacs MetaDump: a tool for extracting GROMACS simulation metadata
JF  - Journal of Cheminformatics
VL  - 17
IS  - 1
SP  - 160
EP  - 160
PB  - BMC
SN  - 17582946
KW  - GROMACS
KW  - Molecular dynamics
KW  - Metadata extraction
KW  - FAIR
KW  - GROMACS MetaDump
KW  - Simulation annotations
UR  - https://doi.org/10.1186/s13321-025-01082-5
N2  - The volume of molecular dynamics (MD) simulation data shared via public repositories is rapidly increasing; however, fragmentation across multiple independent repositories, each employing distinct dataset identifiers and metadata schemas, hinders the efficient exploration and reuse of these data. In this study, we present GROMACS MetaDump, a tool for automatic annotation of output files from GROMACS MD simulations producing human- and machine-readable metadata leveraging the native GROMACS metadata (gmx dump) output. The tool takes the run input simulation file (.tpr) as the basis for the metadata output, optionally extending it with annotations from topology and structure files (.top, .gro). The tool is available as a web application (https://gmd.ceitec.cz/), API service, and a command-line utility. By automating the metadata extraction process, GROMACS MetaDump aims to simplify and standardise the extraction of rich, structured metadata from GROMACS MD simulations, making it easier to share, discover, and reuse simulation data within the research community.
ER  -

ROŠINEC, Adrián; Terézia SLANINÁKOVÁ; Tomáš PAVLÍK; Róbert RANDIAK; Tomáš SVOBODA; Tomáš RAČEK; Gabriela BUČEKOVÁ; Ondřej SCHINDLER; Matej ANTOL; Aleš KŘENEK; Karel BERKA a Radka SVOBODOVÁ. Gromacs MetaDump: a tool for extracting GROMACS simulation metadata. \textit{Journal of Cheminformatics}. BMC, 2025, roč.~17, č.~1, s.~160-169. ISSN~1758-2946. Dostupné z: https://doi.org/10.1186/s13321-025-01082-5.

Přehled o publikaci