2025
GROMACS MetaDump
ROŠINEC, Adrián; Terézia SLANINÁKOVÁ; Tomáš PAVLÍK; Róbert RANDIAK; Tomáš SVOBODA et al.Základní údaje
Originální název
GROMACS MetaDump
Autoři
ROŠINEC, Adrián ORCID; Terézia SLANINÁKOVÁ; Tomáš PAVLÍK; Róbert RANDIAK; Tomáš SVOBODA ORCID; Tomáš RAČEK; Gabriela BUČEKOVÁ ORCID; Ondřej SCHINDLER; Matej ANTOL ORCID; Aleš KŘENEK; Karel BERKA a Radka SVOBODOVÁ
Vydání
2025
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Software
Obor
10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Stát vydavatele
Česká republika
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Odkazy
Označené pro přenos do RIV
Ano
Kód RIV
RIV/00216224:14740/25:00142405
Organizační jednotka
Středoevropský technologický institut
Klíčová slova česky
metadata; biomolekulární simulace; GROMACS; TPR soubor; automatická anotace; správa dat; vědecká data; Python; Docker; FAIR data
Klíčová slova anglicky
FAIR data; metadata; biomolecular simulations; GROMACS; TPR file; automatic annotation; data management; scientific data; Python; Docker
Technické parametry
Software Gromacs MetaDump je open-source nástroj pro analýzu dat z molekulárních dynamických simulací (GROMACS). Implementován v Pythonu, ověřitelný na základě veřejně dostupného zdrojového kódu a dokumentace (https://gmd.ceitec.cz/). Není uzavřena žádná licenční smlouva; využití autorského práva dle zákona č. 121/2000 Sb. Odpovědná osoba: Tomáš Svoboda, svoboda@ics.muni.cz.
Štítky
Změněno: 25. 3. 2026 15:12, Mgr. Eva Špillingová
V originále
Gromacs MetaDump is a tool for automatically creating FAIR metadata for biomolecular simulation datasets generated by GROMACS. It enables information extraction from TPR files, as well as validation, editing, and export of metadata in JSON or YAML format. The tool is freely available without registration through a web interface (https://gmd.ceitec.cz/), an API, or a Python script running in a Docker container.
Česky
Software Gromacs MetaDump slouží k automatickému vytváření FAIR metadat pro biomolekulární simulační data získaná programem GROMACS. Umožňuje extrakci informací z TPR souborů, jejich validaci, úpravu a export metadat ve formátu JSON nebo YAML. Nástroj je volně dostupný bez nutnosti registrace prostřednictvím webového rozhraní (https://gmd.ceitec.cz/), API nebo Python skriptu v Docker kontejneru.
Návaznosti
| LM2023055, projekt VaV |
|