Genetické určení barvy očí u jedinců z pohřebiště Znojmo-Hradiště

MATĚJÍČKOVÁ, Petra; Kristýna BRZOBOHATÁ; Eva DROZDOVÁ a Bohuslav KLÍMA. Genetické určení barvy očí u jedinců z pohřebiště Znojmo-Hradiště. ČESKÁ ANTROPOLOGIE - ČASOPIS ČESKÉ SPOLEČNOSTI ANTROPOLOGICKÉ. Olomouc, 2018, 68/1–2, s. 4-6, 34 s. ISSN 1804-1876.

Základní údaje

Originální název

Genetické určení barvy očí u jedinců z pohřebiště Znojmo-Hradiště

Autoři

MATĚJÍČKOVÁ, Petra; Kristýna BRZOBOHATÁ; Eva DROZDOVÁ a Bohuslav KLÍMA

Vydání

ČESKÁ ANTROPOLOGIE - ČASOPIS ČESKÉ SPOLEČNOSTI ANTROPOLOGICKÉ, Olomouc, 2018, 1804-1876

---

Další údaje

Jazyk

čeština

Typ výsledku

Publikace v odborném periodiku – kromě recenzovaných typů article, review a letter

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

URL

Označené pro přenos do RIV

Ne

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

Klíčová slova česky

starobylá DNA; real-time PCR; HERC2; rs129113832; DNA fenotypování

Klíčová slova anglicky

ancient DNA; real-time PCR; HERC2; rs129113832; DNA phenotyping

---

Anotace

V originále

Identifikace individuálních fenotypových charakteristik, nejčastěji barvy vlasů, očí a kůže, se uplatňuje jak ve forenzní praxi, tak ve výzkumu starověké DNA. Existuje několik typů přístupů a protokolů, které lze použít v závislosti na cílech a povaze DNA, která má být vyšetřena na výzkumném vzorku.Hlavním cílem bylo zavedení metody pro detekci polymorfismu rs12913832 genu HERC2, který je považován za nejsilnější marker pro predikci barvy očí. Byla použita real-time PCR s cílovou specifickou sondou TaqMan®, protože se jedná o nejvhodnější metodu pro detekci polymorfismu. Tato předem navržená sonda se vyznačuje velmi krátkou délkou sekvence, což ji činí ideální pro výzkum starověké DNA. Sekvence DNA jsou často velmi krátké kvůli degradaci a fragmentaci. Pro detekci genotypu byla zvolena alelická diskriminace.Pro analýzu byl použit materiál kostry z pohřebiště Znojmo-Hradiště (velkomoravské období). Z celkového souboru 20 vzorků bylo 19 úspěšně analyzováno a genotypováno. Žádný z detekovaných genotypů nebyl identifikován jako homozygotní TT, který je charakteristický pro velmi tmavé odstíny očí. Naproti tomu u většiny vzorků byla detekována heterozygotní sestava. Genotyp TC, který je běžný u jedinců s hnědýma nebo oříškovýma očima, byl stanoven u 15 vzorků. Světlý odstín a odpovídající genotyp CC byly poté stanoveny u 4 jedinců.

Anglicky

The identification of the individual phenotypic characteristics, most often the color of hair, eyes, and skin, applies both in forensic practice and in the research of ancient DNA. There are several types of approaches and protocols that can be applied according to the objectives and nature of the DNA to be investigated on the research sample. The main aim was the introduction of a method for the detection of rs12913832 polymorphism of the HERC2 gene, which is considered to be the strongest marker of the prediction of the eye color. Real-time PCR using a target-specific TaqMan® probe was used as it is the most suitable method for detecting polymorphism. This predesigned probe is characterized by a very short length of the sequence, making it ideal for research in ancient DNA. DNA sequences are often very short because of degradation and fragmentation. Allelic discrimination was chosen to detect the genotype. For the analysis, the skeleton material from the burial site Znojmo-Hradiště (Great Moravia Age) was used. From the whole set of 20 samples, 19 of them were successfully analyzed and genotyped. None of the detected genotypes was identified as the homozygous TT, which is characteristic for very dark shades of eyes. In contrast, the heterozygous assembly was detected in most samples. A genotype of TC, which is common in individuals with brown or hazel eyes, was determined in 15 samples. The light shade and the corresponding CC genotype were then determined in 4 individuals.