Bio-Volumentations

HRADECKÁ, Lucia; Filip LUX; Samuel ŠUĽAN a Petr MATULA. Bio-Volumentations. 2025.

Základní údaje

Originální název

Bio-Volumentations

Autoři

HRADECKÁ, Lucia; Filip LUX; Samuel ŠUĽAN a Petr MATULA

Vydání

2025

---

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Software

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

Článek, Domovská stránka, GitLab repozitář

Označené pro přenos do RIV

Ano

Kód RIV

RIV/00216224:14330/25:00142429

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

Klíčová slova anglicky

Image augmentation; Image preprocessing; Volumetric images; Image sequences; Biomedical image data; Python

Technické parametry

Veřejně dostupný open-source software vydaný pod MIT License

Štítky

cbia-web

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

---

Anotace

V originále

Bio-Volumentations is an image augmentation and preprocessing package for 3D (volumetric), 4D (time-lapse volumetric or multi-channel volumetric), and 5D (time-lapse multi-channel volumetric) biomedical images and their annotations. It is a handy tool for image manipulation in machine learning applications. The library can transform 3D to 5D images with image-based and point-based annotations, gives you fine-grained control over the transformation pipelines, and can be used with any major Python deep learning library (including PyTorch, PyTorch Lightning, TensorFlow, and Keras) in a wide range of applications including classification, object detection, semantic & instance segmentation, and object tracking.

---

Návaznosti

GA21-20374S, projekt VaV	Název: Segmentace a sledování buněk se složitým tvarem Investor: Grantová agentura ČR, Segmentace a sledování buněk se složitým tvarem
LM2023050, projekt VaV	Název: Národní infrastruktura pro biologické a medicínské zobrazování Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Czech BioImaging: Národní výzkumná infrastruktura pro biologické a medicínské zobrazování
MUNI/A/1600/2024, interní kód MU	Název: Modelování, analýza a verifikace (2025) Investor: Masarykova univerzita, Modelování, analýza a verifikace (2025)