Příprava specifických sond pro detekci profágů seroskupin A, B a F v lyzogenních kmenech Staphylococcus aureus

DOŠKAŘ, Jiří, Petra PALLOVÁ, Roman PANTŮČEK, Stanislav ROSYPAL, Vladislava RŮŽIČKOVÁ, Pavla PANTŮČKOVÁ, Jana KAILEROVÁ, Karel KLEPÁRNÍK, Zdena MALÁ a Petr BOČEK. Příprava specifických sond pro detekci profágů seroskupin A, B a F v lyzogenních kmenech Staphylococcus aureus. In 4th Workshop of Biochemists and Molecular Biologists. Biochemistry and molecular biology on the threshold of a new century. 1. vydání, 2000. Brno: Masarykova univerzita, 2000, s. 47-48. ISBN 80-210-2266-3.

Základní údaje

• Originální název: Příprava specifických sond pro detekci profágů seroskupin A, B a F v lyzogenních kmenech Staphylococcus aureus
• Název anglicky: Preparation of specific probes detecting prophages of serogroups A, B and F in lysogenic strains of Staphylococcus aureus
• Autoři: DOŠKAŘ, Jiří, Petra PALLOVÁ, Roman PANTŮČEK, Stanislav ROSYPAL, Vladislava RŮŽIČKOVÁ, Pavla PANTŮČKOVÁ, Jana KAILEROVÁ, Karel KLEPÁRNÍK, Zdena MALÁ a Petr BOČEK.
• Vydání: 1. vydání, 2000. Brno, 4th Workshop of Biochemists and Molecular Biologists. Biochemistry and molecular biology on the threshold of a new century, s. 47-48, 2000.
• Nakladatel: Masarykova univerzita

Další údaje

• Originální jazyk: čeština
• Typ výsledku: Stať ve sborníku
• Obor: Genetika a molekulární biologie
• Stát vydavatele: Česká republika
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• Kód RIV: RIV/00216224:14310/00:00002001
• Organizační jednotka: Přírodovědecká fakulta
• ISBN: 80-210-2266-3

Anotace

Na základě kvantitativní HindIII-restrikční analýzy genomové DNA byla stanovena genetická příbuznost bakteriofágů S. aureus mezinárodní standardní řady. Fágy byly rozděleny do pěti klastrů označených A, F, Ba, Bb a Bc. Klastry A a F obsahují všechny fágy seroskupin A a F a odpovídají fágovým druhům 3A a 77 navrženým Ackermanem a DuBowen (1987). Fágy seroskupiny B byly rozděleny do tří samostatných klastrů (Ba, Bb a Bc), které se významně liší svými restrikčními spektry, což svědčí o jejich příslušnosti k více fágovým druhům. Pomocí hybridizační analýzy byly identifikovány společné HindIII-restrikční fragmenty specifické pro každou z fágových seroskupin A, B a F. Z restrikčních fragmentů fága 3A (1700 bp), fága 53 (4060 bp) a fága 77 (8300 bp) byly připraveny specifické sondy umožňující detekci profágů příslušných seroskupin v lyzogenních kmenech S. aureus. Vysoká účinnost sond byla prověřena u experimentálně připravených lyzogenních kmenů, u nichž se podařilo identifikovat až tři různé profágy. Pomocí odlišné barevné vizualizace sond lze přítomnost profágů jednotlivých seroskupin dokázat v daném lyzogenním kmeni v jediném hybridizačním experimentu. Byly sestrojeny restrikční mapy DNA fágů 3A, 53 a 77 reprezentující jednotlivé seroskupiny. Restrikční mapy fágů 3A a 77 jsou lineární, zatímco mapa fága 53 je kružnicová, s cirkulární permutací. DNA všech fágů seroskupin A a F mají kohezní konce. Velikost genomové DNA fágů mezinárodní řady stanovená pulzní gelovou elektroforézou se pohybuje v rozmezí 41.5 - 46.2 kb. Na restrikčních mapách byla stanovena místa odpovídající sekvencím sond. Příprava specifických sond značně usnadňuje stanovení přítomnosti profágů u klinických kmenů S. aureus a umožňuje využít tohoto důležitého znaku k jejich vzájemnému odlišení (typizaci).

Anotace anglicky

On the basis of quantitative HindIII-restriction analysis of genomic DNAs, the S. aureus bacteriophages of International Typing Set were divided into five clusters designated as A, F, Ba, Bb and Bc. The clusters A and F include all the phages of serogroups A and F and correspond with the species 3A and 77 proposed by Ackermann and DuBow (1987). On the other hand, the phages of serogroup B were divided into three clusters designated as Ba, Bb and Bc that differ significantly each from the other in their restriction pattern. The clusters Ba and Bb may represent two separate species, while the cluster Bc, formed at a low similarity level, may include more than one phage species. For each of the phage serogroups A, B and F, the common HindIII-restriction fragments were identified of which those of phage 3A (1700 bp), of 53 (4060 bp) and of 77 (8300 bp) were used for the preparation of probes specific to the phages of serogroups A, B and F. These probes have been shown to be very effective, it making possible to determine up to three different prophages in a given lysogenic strain at the same time. The size of intact genomic DNA of all phages estimated by the PFGE varies within the range 41.5 - 46.2 kb. Restriction maps of the phages 3A, 53 and 77 representing individual serogroups were constructed. The restriction map of phage 3A and that of phage 77 is linear, whereas that of phage 53 is circular and exhibits a circular permutation. DNAs of the phages of serogroups A and F have cohesive ends. On each restriction map, the sites corresponding to specific probes are indicated.

Návaznosti

• GA301/97/1192, projekt VaV: Název: Molekulární identifikace a diagnostika stafylokoků způsobující nozokomiální infekce

Investor: Grantová agentura ČR, Molekulární identifikace a diagnostika stafylokoků způsobující nozokomiální infekce

• MSM 143100008, záměr: Název: Genomy a jejich funkce

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Genomy a jejich funkce