J 2000

TRITON: in silico construction of protein mutants and prediction of their activities

PROKOP, Martin; Jiří DAMBORSKÝ a Jaroslav KOČA

Základní údaje

Originální název

TRITON: in silico construction of protein mutants and prediction of their activities

Autoři

PROKOP, Martin; Jiří DAMBORSKÝ a Jaroslav KOČA

Vydání

Bioinformatics, 2000, 1367-4803

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10600 1.6 Biological sciences

Stát vydavatele

Velká Británie a Severní Irsko

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

Impakt faktor

Impact factor: 3.409

Kód RIV

RIV/00216224:14310/00:00002682

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

UT WoS

000165748700013

Klíčová slova anglicky

HALOALKANE DEHALOGENASE; SUBSTRATE-SPECIFICITY; CATALYTIC MECHANISM

Štítky

Změněno: 1. 4. 2009 17:57, Mgr. Martin Prokop, Ph.D.

Anotace

V originále

Motivation: One of the objectives of protein engineering is to propose and construct modified proteins with improved activity for the substrate of interest. Systematic computational investigation of many protein variants requires the preparation and handling of a large number of data files. The type of the data generated during the modelling of protein variants and the estimation of their activities offers the possibility of process automatization. Results: The graphical program TRITON has been developed for modelling protein mutants and assessment of their activities. Protein mutants are modelled from the wild type structure by homology modelling using the external program MODELLER. Chemical reactions taking place in the mutants active site are modelled using the semi-empirical quantum mechanic program MOPAC. Semi-quantitative predictions of mutants activities can be achieved by evaluating the changes in energies of the system and partial atomic charges of active site residues during the reaction. The program TRITON offers graphical tools for the preparation of the input data files, for calculation and for the analysis of the generated output data. Availability: The program TRITON can run under operating systems IRIX, Linux and NetBSD. The software is available at http://www.chemi.muni.cz/lbsd/triton.html.Contact: triton@chemi.muni.cz

Návaznosti

GA203/97/P149, projekt VaV
Název: Studium molekulárních mechanismů biodegradačních reakcí - konstrukce QSBR modelů a proteinové inženýrství dehalogenas
Investor: Grantová agentura ČR, Studium molekulárních mechanismů biodegradačních reakcí - konstrukce QSBR modelů a proteinové inženýrství dehalogenas
ME 276, projekt VaV
Název: Racionální re-design mikrobiálních enzymů podílejících se na degradaci toxických organických polutantů
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Racionální re-design mikrobiálních enzymů podílejících se na degradaci toxických organických polutantů
MSM 143100005, záměr
Název: Strukturně-funkční vztahy biomolekul a jejich role v metabolismu
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Strukturně-funkční vztahy biomolekul a jejich role v metabolismu