ŠPAČKOVÁ, Naděžda, Imre BERGER a Jiří ŠPONER. Structural dynamics and cation interactions of DNA quadruplex molecules containing mixed guanine/cytosine quartets revealed by large-scale MD simulations. Journal of the American Chemical Society. Washington, D.C.: American Chemical Society, 2001, roč. 123, č. 14, s. 3295-3307. ISSN 0002-7863.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Structural dynamics and cation interactions of DNA quadruplex molecules containing mixed guanine/cytosine quartets revealed by large-scale MD simulations
Autoři ŠPAČKOVÁ, Naděžda, Imre BERGER a Jiří ŠPONER.
Vydání Journal of the American Chemical Society, Washington, D.C. American Chemical Society, 2001, 0002-7863.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Obor 10610 Biophysics
Stát vydavatele Spojené státy
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Impakt faktor Impact factor: 6.079
Kód RIV RIV/00216224:14310/01:00005554
Organizační jednotka Přírodovědecká fakulta
UT WoS 000168078500014
Klíčová slova anglicky PARTICLE-MESH-EWALD; STRANDED GUANINE TETRAPLEX; OXYTRICHA TELOMERIC DNA; BONDED G-TETRAD; CRYSTAL-STRUCTURE; NUCLEIC-ACIDS; FORCE-FIELD; ANGSTROM RESOLUTION; MINOR-GROOVE; SODIUM-IONS
Štítky ANGSTROM RESOLUTION, BONDED G-TETRAD, CRYSTAL-STRUCTURE, FORCE-FIELD, MINOR-GROOVE, NUCLEIC-ACIDS, OXYTRICHA TELOMERIC DNA, PARTICLE-MESH-EWALD, SODIUM-IONS, STRANDED GUANINE TETRAPLEX
Změnil Změnila: Mgr. Naděžda Špačková, Ph.D., učo 18512. Změněno: 13. 3. 2002 12:57.
Anotace
Large-scale molecular dynamics (MD) simulations have been utilized to study G-DNA quadruplex molecules containing mixed GCGC and all-guanine GGGG quartet layers. Incorporation of mixed GCGC quartets into G-DNA stems substantially enhances their sequence variability. The mixed quadruplexes form rigid assemblies that require integral monovalent cations for their stabilization. The interaction of cations with the all-guanine quartets is the leading contribution for the stability of the four-stranded assemblies, while the mixed quartets are rather tolerated within the structure. The simulations predict that two cations are preferred to stabilize a four-layer quadruplex stem composed of two GCGC and two all-guanine quartets. The distribution of cations in the structure is influenced by the position of the GCGC quartets within the quadruplex, the presence and arrangement of thymidine loops connecting the guanine/cytosine stretches forming the stems, and the cation type present (Na+ or K+).
Návaznosti
LN00A016, projekt VaVNázev: BIOMOLEKULÁRNÍ CENTRUM
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Biomolekulární centrum
VytisknoutZobrazeno: 5. 3. 2024 11:19