Algorithms and data representation in the FISH 3.0 image processing system

MEJZLÍK, Petr, Petr MATULA a Pavel MATULA. Algorithms and data representation in the FISH 3.0 image processing system. Online. In Biophysics of the genome and its interactions. Brno: Masaryk University, 2002. s. 80-81. ISBN 80-210-2853-X. [citováno 2024-04-24]

Základní údaje

• Originální název: Algorithms and data representation in the FISH 3.0 image processing system
• Autoři: MEJZLÍK, Petr (203 Česká republika), Petr MATULA (203 Česká republika, garant) a Pavel MATULA (203 Česká republika)
• Vydání: Brno, Biophysics of the genome and its interactions, s. 80-81, 2002.
• Nakladatel: Masaryk University

Další údaje

• Originální jazyk: angličtina
• Typ výsledku: Stať ve sborníku
• Obor: 20200 2.2 Electrical engineering, Electronic engineering, Information engineering
• Stát vydavatele: Česká republika
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• Kód RIV: RIV/00216224:14330/02:00006219
• Organizační jednotka: Fakulta informatiky
• ISBN: 80-210-2853-X
• Klíčová slova anglicky: image processing; automated microscopy
• Štítky: automated microscopy, image processing
• Příznaky: Mezinárodní význam

Anotace

FISH 3.0 is a new client-server software system developed in the Laboratory of Optical Microscopy at the Faculty of Informatics, Masaryk University. From the technical point of view it differs from its predecessor, FISH 2.0, in the possibility to store data and analyze images on a remote server or cluster. Therefore its performance is not limited by the user's hardware and massive transfers of the 3D image data are not required. FISH 3.0 contains tools for true 3D representation of cell compounds and specific algorithms for 3D image processing. Besides that, every acquired image or a result of analysis stored in the FISH 3.0 system is linked to a dataset with all information necessary to repeat the acquisition or analysis. This contribution mainly concerns the concept of image and cell model representation used in FISH 3.0 and newly implemented algorithms for image analysis. It presents the top-level schema of data representation, FISH 3.0 data formats for 3D images, boundaries and signals, available algorithms, and practical issues concerning data management in FISH 3.0.

Návaznosti

• IBS5004010, projekt VaV: Název: Vývoj nových diagnostických technik pro onkologii

Investor: Akademie věd ČR, Vývoj nových diagnostických technik pro onkologii

• MSM 143300002, záměr: Název: Využití počítačové analýzy obrazu v optické mikroskopii

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Využití počítačové analýzy obrazu v optické mikroskopii