The effect of cultivation conditions on protein composition of membrane of Paracoccus denitrificans

BOUCHAL, Pavel a Igor KUČERA. The effect of cultivation conditions on protein composition of membrane of Paracoccus denitrificans. In VI. Pracovní setkání biochemiků a molekulárních biologů. Sborník příspěvků. Brno: Masarykova univerzita, 2002, s. 67. ISBN 80-210-2777-0.

Základní údaje

Originální název

The effect of cultivation conditions on protein composition of membrane of Paracoccus denitrificans

Název česky

Vliv kultivačních podmínek na proteinové složení membránové frakce Paracoccus denitrificans

Autoři

BOUCHAL, Pavel a Igor KUČERA

Vydání

Brno, VI. Pracovní setkání biochemiků a molekulárních biologů. Sborník příspěvků. s. 67-67, 2002

Nakladatel

Masarykova univerzita

---

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Stať ve sborníku

Obor

10600 1.6 Biological sciences

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Kód RIV

RIV/00216224:14310/02:00019686

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

ISBN

80-210-2777-0

Klíčová slova anglicky

Paracoccus denitrificans; membrane proteins; proteome; 2-D electrophoresis

Štítky

2-D electrophoresis, membrane proteins, Paracoccus denitrificans, proteome

---

Anotace

V originále

New method using two-dimensional gel electrophoresis was optimised for Paracoccus denitrificans cell envelope study. This approach consist of sample preparation especially optimised for Paracoccus denitrificans membrane proteins, carrier-ampholyte isoelectric focusation in the first dimension (CA-IEF) and sodium dodecyl sulphate polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE) in the second dimension. Acquired 2-D gels were compared using image analysis and PDQUEST software. Various conditions of initial solubilisation using various detergents were tested. Sodium dodecyl sulphate (SDS), 3-[(3-cholamidopropyl)dimethylammonio]-1-propanesulfo-nate (CHAPS), dodecyl-â-D-maltoside and 6-aminocaproic acid were used for this purpose. Sample buffer and IEF gel composition effects on 2-D gels resolution were also tested. Extraction using free detergent was compared with extraction using diluted detergent in mixture with sample buffer. Dilution ratio between presolubilised extract and sample buffer was optimised. Focusation algorithm was also optimised for this purpose.

Česky

Byla optimalizována nová metoda k analýze membránové frakce bakterie Paracoccus denitrificans za použití isoelektrické fokusace s nosnými amfolyty a dodecylsulfátové polyakrylamidové elektroforézy. Při optimalizaci byly testovány různé postupy přípravy vzorku za použití různých detergentů. 2-D gely byly vyhodnocovány pomocí software PDQUEST.

---

Návaznosti

GA203/01/1589, projekt VaV	Název: Mechanizmy regulace respiračních systémů denitrifikačních bakterií faktory prostředí Investor: Grantová agentura ČR, Mechanizmy regulace respiračních systémů denitrifikačních bakterií faktory prostředí
MSM 143100005, záměr	Název: Strukturně-funkční vztahy biomolekul a jejich role v metabolismu Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Strukturně-funkční vztahy biomolekul a jejich role v metabolismu