Fast Response Proteomics by Accelerated In-gel Digestion of Proteins

HAVLIŠ, Jan, Henrik THOMAS, Marek ŠEBELA a Andrej SHEVCHENKO. Fast Response Proteomics by Accelerated In-gel Digestion of Proteins. Analytical Chemistry. Washington, D.C., USA: American Chemical Society, 2003, roč. 75, č. 6, s. 1300-1306, 6 s. ISSN 0003-2700.

Základní údaje

• Originální název: Fast Response Proteomics by Accelerated In-gel Digestion of Proteins
• Autoři: HAVLIŠ, Jan, Henrik THOMAS, Marek ŠEBELA a Andrej SHEVCHENKO.
• Vydání: Analytical Chemistry, Washington, D.C., USA, American Chemical Society, 2003, 0003-2700.

Další údaje

• Originální jazyk: angličtina
• Typ výsledku: Článek v odborném periodiku
• Obor: 10406 Analytical chemistry
• Stát vydavatele: Spojené státy
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• Impakt faktor: Impact factor: 5.250
• Organizační jednotka: Přírodovědecká fakulta
• UT WoS: 000181675900011
• Klíčová slova anglicky: in-gel digestion; quantitative analysis; mass spectrometry
• Štítky: in-gel digestion, mass spectrometry, Quantitative Analysis
• Příznaky: Mezinárodní význam, Recenzováno

Anotace

Kinetics of in-gel digestion of proteins by modified and native trypsins was studied by MALDI TOF mass spectrometry using 18O-labelled peptides as internal standards. The effect of the temperature, enzyme concentration, digestion time and surface area of gel pieces on the yield of digestion products was characterised. Based on the kinetic data we developed a protocol that enabled the identification of gel separated proteins with 30 min digestion time without compromising the peptide yield and the sensitivity compared to conventional protocols that typically rely upon overnight enzymatic cleavage. The accelerated digestion protocol was tested in identification of more than 120 proteins from budding and fission yeast on the low picomole level.