2004
Analýza proteomu polyvalentního bakteriofága 812
EYER, Luděk; Hana KONEČNÁ; Zbyněk ZDRÁHAL; Jan PREISLER; Roman PANTŮČEK et al.Základní údaje
Originální název
Analýza proteomu polyvalentního bakteriofága 812
Název anglicky
Proteome analysis of the polyvalent bacteriophage 812
Autoři
Vydání
1. vydání. Brno, VIII. Pracovní setkání biochemiků a molekulárních biologů. Sborník abstraktů, od s. 45-46, 2 s. 2004
Nakladatel
Masarykova univerzita v Brně
Další údaje
Jazyk
čeština
Typ výsledku
Stať ve sborníku
Obor
Genetika a molekulární biologie
Stát vydavatele
Česká republika
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Odkazy
Označené pro přenos do RIV
Ano
Kód RIV
RIV/00216224:14310/04:00009921
Organizační jednotka
Přírodovědecká fakulta
ISBN
80-210-3321-5
Klíčová slova anglicky
bacteriophage proteomics; MALDI-TOF; therapeutic bacteriphage; Staphylococcus bacteriophage
Změněno: 11. 2. 2005 10:29, prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
V originále
Bakteriofág 812 je polyvalentní stafylokokový fág, lyzující široké spektrum druhů rodu Staphylococcus, převážně pak kmeny druhu S. aureus. Pro své lytické vlastnosti je vhodným kandidátem pro fágovou terapii, při níž jsou bakteriofágy využívány pro léčbu stafylokokových infekcí, převážně těch, které jsou vyvolány kmeny rezistentními k antibiotikům. V této práci se zaměřujeme na analýzu fágového proteomu, a to především na strukturní a lytické proteiny, které mají vztah k rozmezí hostitele. Fág 812 byl pomnožen na kmeni S. aureus SA812, purifikován ultracentrifugací v gradientu CsCl a dialyzován proti vodě. DNA uvolněná z fágových částic byla odstraněna DNázou I. Fágové proteiny byly denaturovány krátkodobým povařením s pufrem obsahujícím SDS a DTT a analyzovány jednorozměrnou elektroforézou na polyakrylamidovém gelu. Po obarvení gelu pomocí Coomassie brilliant blue a stříbra jsme nalezli 6 výrazných pruhů, které jsme vyřízli z gelu, podrobili štěpení trypsinem na specifické peptidy a dále analyzovali hmotnostní spektrometrií. Naměřené údaje byly porovnávány s aminokyselinovou sekvencí, kterou jsme získali přepisem známých sekvencí DNA fága 812. Technikou MALDI (Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionisation) jsme prozatím identifikovali dva strukturní proteiny - hlavní kapsidový a hlavní bičíkový protein. Snažíme se dále nalézt rozdíly v proteomu příbuzných fágů SK311 a U16 a zjistit, jak tyto rozdíly souvisejí s jejich odlišným hostitelským rozmezím.
Anglicky
Virulent and polyvalent staphylophage 812, a member of Myoviridae family, exhibits strong lytic activity on a broad host range of Staphylococcus species, thus being a suitable candidate for treatment of staphylococcal infections. Genome of this phage is represented by linear 145 kb dsDNA. Our study was focused on genome and proteome comparison of 812 wild-type phage, its host-range mutants and related phages U16, 131 and SK311 with the aim to explain molecular basis of differences in their host-range. Comparison of the phage genomes revealed several rearrangements of DNA sequences as well as single nucleotide substitutions in different parts of the genomes. Nucleotide insertions and deletions of various size (~1 to 3 kb) were most frequently found in non-coding terminal genomic regions in phages with different host range. We tried to find possible correlations between mutational changes on DNA and proteome composition of the phages. After SDS-PAGE separation of phage virions digests 15 protein bands with the mass ranging from 15 to 80 kDa were identified. Twelve bands were excised for further analysis by in-gel digestion with consecutive MALDI-TOF MS.
Návaznosti
| GA203/03/0515, projekt VaV |
| ||
| MSM 143100008, záměr |
|