Využití informačních zdrojů na internetu v praktických
cvičeních z bioinformatiky (URL:
http://orion.sci.muni.cz/kgmb/bioinformat/) na Přírodovědecké
fakultě MU v Brně

D 2004

Využití informačních zdrojů na internetu v praktických cvičeních z bioinformatiky (URL: http://orion.sci.muni.cz/kgmb/bioinformat/) na Přírodovědecké fakultě MU v Brně

PANTŮČEK, Roman

Základní údaje

Originální název

Využití informačních zdrojů na internetu v praktických cvičeních z bioinformatiky (URL: http://orion.sci.muni.cz/kgmb/bioinformat/) na Přírodovědecké fakultě MU v Brně

Název anglicky

Practical course of bioinformatics (URL: http://orion.sci.muni.cz/kgmb/bioinformat/) at Faculty of Science, Masaryk university in Brno

Autoři

PANTŮČEK, Roman (203 Česká republika, garant)

Vydání

První vydání. České Budějovice, Pedagogický software, od s. 551-554, 4 s. 2004

Nakladatel

Scientific Pedagogical Publishing

Další údaje

Jazyk

čeština

Typ výsledku

Stať ve sborníku

Obor

Genetika a molekulární biologie

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Kód RIV

RIV/00216224:14310/04:00010118

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

ISBN

80-85645-49-1

Klíčová slova anglicky

bioinformatics; genomics; proteomics; education

Štítky

bioinformatics, Education, genomics, proteomics

Změněno: 10. 6. 2004 11:16, prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.

Anotace

ORIG EN

V originále

Bioinformatika je nová disciplína na rozhraní počítačových věd, informačních technologií, matematiky a biologie. Termín bioinformatika se objevil poprvé až v roce 1991 a představuje spojení technologií z oblasti molekulární biologie a oblasti informačních technologií u nichž došlo v posledních letech k explozivnímu růstu nových poznatků. Zahrnuje studium a praktické uchovávání, vyhledávání, zobrazování, manipulaci a modelování biologických dat (Tabulka 1). Neodmyslitelnou součástí infrastruktury bioinformatiky je komunikační prostředek umožňující rychlý přenos obrovského množství dat a současně poskytovanou všeobecnou dostupnost k těmto datům pro tisíce lidí. V závěru dvacátého století se tímto prostředkem stal internet a obecně používaným rozhraním je webový prohlížeč, umožňující pracovat s hypertextovými a hypergrafickými prezentacemi včetně výpočetních nástrojů, podstatně přispívajících ke stanovení vztahů, struktury a funkce informačních biomakromolekul a jejich role v biologických procesech. Na internetu existuje řada kolekcí shromažďujících odkazy na volně dostupné analytické nástroje bioinformatiky. V tomto příspěvku je uvedena výuková stránka pro cvičení k předmětu Úvod do bioinformatiky, který je zařazen do povinné výuky pro magisterský studijní obor molekulární biologie a genetika na Přírodovědecké fakultě Masarykovy univerzity v Brně. Cílem kurzu je zvládnutí běžných aplikací bioinformatiky potřebných pro zpracování diplomové práce z molekulární biologie, a především seznámení posluchačů s dostupnými informačními službami pro molekulární biologii. Stránka je umístěna na URL adrese http://orion.sci.muni.cz/kgmb/bioinformat/ a je členěná do 11 samostatných témat: Literární informační zdroje pro biomedicínské obory; Databázové zdroje pro molekulární biologii, textové vyhledávání v databázích; Metody používané při sekvencování genomů a analytické nástroje; Restrikční analýza a návrh PCR-primerů a oligonukleotidů; Hledání v databázích sekvencí nukleových kyselin: nástroje pro lokální seřazení sekvencí; Nástroje mnohonásobné a globální seřazení sekvencí DNA a proteinů; Fylogenetická analýza založená na srovnávání konzervativních genů; Počítačové vyhledávání genů a jiných funkčních oblastí genomu; Analýza sekundární struktury RNA; Klasifikace proteinů a identifikace jejich funkcí.

Anglicky

neuvedena

Návaznosti

LB98226, projekt VaV

Název: Vybudování informačního centra pro biochemický a molekulárně biologický výzkum

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Vybudování informačního centra pro biochemický a molekulárně biologický výzkum

Citovat

PANTŮČEK, Roman. Využití informačních zdrojů na internetu v praktických cvičeních z bioinformatiky (URL: http://orion.sci.muni.cz/kgmb/bioinformat/) na Přírodovědecké fakultě MU v Brně. In ŘEHOUT, V. Pedagogický software. První vydání. České Budějovice: Scientific Pedagogical Publishing, 2004, s. 551-554. ISBN 80-85645-49-1.

@inproceedings{555633,
   author = {Pantůček, Roman and Řehout, V.},
   address = {České Budějovice},
   booktitle = {Pedagogický software},
   edition = {První vydání},
   keywords = {bioinformatics; genomics; proteomics; education},
   language = {cze},
   location = {České Budějovice},
   isbn = {80-85645-49-1},
   pages = {551-554},
   publisher = {Scientific Pedagogical Publishing},
   title = {Využití informačních zdrojů na internetu v praktických cvičeních z bioinformatiky (URL: http://orion.sci.muni.cz/kgmb/bioinformat/) na Přírodovědecké fakultě MU v Brně},
   year = {2004}
}

TY  - JOUR
ID  - 555633
AU  - Pantůček, Roman - Řehout, V.
PY  - 2004
TI  - Využití informačních zdrojů na internetu v praktických cvičeních z bioinformatiky (URL: http://orion.sci.muni.cz/kgmb/bioinformat/) na Přírodovědecké fakultě MU v Brně
PB  - Scientific Pedagogical Publishing
CY  - České Budějovice
SN  - 8085645491
KW  - bioinformatics
KW  - genomics
KW  - proteomics
KW  - education
N2  - Bioinformatika je nová disciplína na rozhraní počítačových věd, informačních technologií, matematiky a biologie. Termín bioinformatika se objevil poprvé až v roce 1991 a představuje spojení technologií z oblasti molekulární biologie a oblasti informačních technologií u nichž došlo v posledních letech k explozivnímu růstu nových poznatků. Zahrnuje studium a praktické uchovávání, vyhledávání, zobrazování, manipulaci a modelování biologických dat (Tabulka 1). Neodmyslitelnou součástí infrastruktury bioinformatiky je komunikační prostředek umožňující rychlý přenos obrovského množství dat a současně poskytovanou všeobecnou dostupnost k těmto datům pro tisíce lidí. V závěru dvacátého století se tímto prostředkem stal internet a obecně používaným rozhraním je webový prohlížeč, umožňující pracovat s hypertextovými a hypergrafickými prezentacemi včetně výpočetních nástrojů, podstatně přispívajících ke stanovení vztahů, struktury a funkce informačních biomakromolekul a jejich role v biologických procesech. Na internetu existuje řada kolekcí shromažďujících odkazy na volně dostupné analytické nástroje bioinformatiky. V tomto příspěvku je uvedena výuková stránka pro cvičení k předmětu Úvod do bioinformatiky, který je zařazen do povinné výuky pro magisterský studijní obor molekulární biologie a genetika na Přírodovědecké fakultě Masarykovy univerzity v Brně. Cílem kurzu je zvládnutí běžných aplikací bioinformatiky potřebných pro zpracování diplomové práce z molekulární biologie, a především seznámení posluchačů s dostupnými informačními službami pro molekulární biologii. Stránka je umístěna na URL adrese http://orion.sci.muni.cz/kgmb/bioinformat/ a je členěná do 11 samostatných témat: Literární informační zdroje pro biomedicínské obory; Databázové zdroje pro molekulární biologii, textové vyhledávání v databázích; Metody používané při sekvencování genomů a analytické nástroje; Restrikční analýza a návrh PCR-primerů a oligonukleotidů; Hledání v databázích sekvencí nukleových kyselin: nástroje pro lokální seřazení sekvencí; Nástroje mnohonásobné a globální seřazení sekvencí DNA a proteinů; Fylogenetická analýza založená na srovnávání konzervativních genů; Počítačové vyhledávání genů a jiných funkčních oblastí genomu; Analýza sekundární struktury RNA; Klasifikace proteinů a identifikace jejich funkcí.
ER  -

PANTŮČEK, Roman. Využití informačních zdrojů na internetu v praktických cvičeních z bioinformatiky (URL: http://orion.sci.muni.cz/kgmb/bioinformat/) na Přírodovědecké fakultě MU v Brně. In ŘEHOUT, V. \textit{Pedagogický software}. První vydání. České Budějovice: Scientific Pedagogical Publishing, 2004, s.~551-554. ISBN~80-85645-49-1.

Podrobný výpis o publikaci