Identification of bacteriophage types and their carriage in Staphylococcus aureus

PANTŮČEK, Roman, Jiří DOŠKAŘ, Vladislava RŮŽIČKOVÁ, Petr KAŠPÁREK, Eva ORÁČOVÁ, Veronika KVARDOVÁ a Stanislav ROSYPAL. Identification of bacteriophage types and their carriage in Staphylococcus aureus. Archives of Virology. Wien: Springer-Verlag, 2004, roč. 149, č. 9, s. 1689-1703. ISSN 0304-8608.

Základní údaje

• Originální název: Identification of bacteriophage types and their carriage in Staphylococcus aureus
• Název česky: Identifikace typů bakteriofágů a profágů u Staphylococcus aureus
• Autoři: PANTŮČEK, Roman (203 Česká republika, garant), Jiří DOŠKAŘ (203 Česká republika), Vladislava RŮŽIČKOVÁ (203 Česká republika), Petr KAŠPÁREK (203 Česká republika), Eva ORÁČOVÁ (203 Česká republika), Veronika KVARDOVÁ (203 Česká republika) a Stanislav ROSYPAL (203 Česká republika).
• Vydání: Archives of Virology, Wien, Springer-Verlag, 2004, 0304-8608.

Další údaje

• Originální jazyk: angličtina
• Typ výsledku: Článek v odborném periodiku
• Obor: Genetika a molekulární biologie
• Stát vydavatele: Rakousko
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• WWW: [Full Text] [Abstract]
• Impakt faktor: Impact factor: 1.841
• Kód RIV: RIV/00216224:14310/04:00010234
• Organizační jednotka: Přírodovědecká fakulta
• UT WoS: 000223910100002
• Klíčová slova anglicky: Staphylococcus aureus bacteriophages; lysogeny; prophage detection; multiplex PCR; bacteriophage genomics
• Štítky: bacteriophage genomics, Lysogeny, Multiplex PCR, Prophage detection, Staphylococcus aureus bacteriophages
• Příznaky: Mezinárodní význam, Recenzováno

Anotace

Conserved genomic sequences distinctive of Staphylococcus aureus phage species 3A, 11, 77, 187 and Twort, representative of phage serogroups A, B, F, L and D, were identified and characterized. PCR primers designed for the above sequences were used for development of a multiplex PCR assay which enabled us not only to classify all phages of the International Typing Set plus 16 additional phages to species, but also to detect prophages in S. aureus genomes. One to four different prophages were unambiguously detected in experimentally lysogenized S. aureus strains, and substantial variation in prophage content was found in 176 S. aureus clinical strains of different provenance. In addition, by using a comparative genomics approach, all the prophages in the S. aureus genomes sequenced to date could be revealed and classified to phage species

Anotace česky

Z konzervativních sekvencí genomů Staphylococcus aureus bakteriofágových druhů 3A, P11-M15, 77, 187 a Twort reprezentujících fágové seroskupiny A, B, F, L a D bylo navrženo 5 párů primerů, jeden pro každý fágový druh. Pro fágový druh 77 reprezentovaný fágy phi13 a phi77 byly navrženy další dva páry primerů umožňující diferenciaci dvou odlišných fágových kmenů serologické skupiny F integrovaných současně v genomu. Byla zavedena metoda multiplex-PCR a uzpůsobena tak, aby umožnila identifikaci fágů těchto druhů a detekci profágů v genomech S. aureus v reakci v jedné zkumavce. U experimentálně lyzogenizovaných kmenů S. aureus 8325-4 fágy phi11, phi47, phi53, phi84, phi85, phi77 a S. aureus 8325 fágem phi77 se touto metodou podařilo detekovat současně jednoho až čtyři odlišné profágy. Metoda umožňuje přiřadit k fágovému druhu a současně k serologické skupině 23 fágů Mezinárodní standardní řady pro fagotypizaci. Také všechny profágy odhalené v sekvencovaných genomech S. aurues (8325, Mu50, N315, MW2, COL, MRSA 252 a MSSA 476) jsou na základě sekvenční homologie typizovatelné. Podstatné rozdíly v obsahu profágů byly zjištěny jak metodou multiplex PCR, tak selektivní hybridizací u modelového souboru MRSA kmenů, vykazujících nízkou variabilitu v makrorestrikčních spektrech stanovených PFGE. Rozdíly v obsahu profágů lze proto doporučit pro epidemiologické účely a k přesné typizaci MRSA kmenů. Detekce profágů pomocí multiplex PCR je snadnější a rychlejší než standardní metody UV- indukce a mitomycinem C a také než detekce hybridizací pomocí sond a navíc je její výhodou to, že poskytuje údaj nejen o přítomnosti profága, ale umožňuje i jeho zařazení do fágového druhu.

Návaznosti

• GA203/03/0515, projekt VaV: Název: Integrovaná analýza genomu a proteomu terapeuticky významných bakteriofágů kombinací elektroforézy a hmotnostní spektrometrie

Investor: Grantová agentura ČR, Integrovaná analýza genomu a proteomu terapeuticky významných bakteriofágů kombinací elektroforézy a hmotnostní spektrometrie

• GA301/02/1505, projekt VaV: Název: Molekulární diagnostika, epidemiologie a klasifikace klinicky významných grampozitivních koků

Investor: Grantová agentura ČR, Molekulární diagnostika, epidemiologie a klasifikace klinicky významných grampozitivních koků

• MSM 143100008, záměr: Název: Genomy a jejich funkce

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Genomy a jejich funkce