2004
Identification of bacteriophage types and their carriage in Staphylococcus aureus
PANTŮČEK, Roman; Jiří DOŠKAŘ; Vladislava RŮŽIČKOVÁ; Petr KAŠPÁREK; Eva ORÁČOVÁ et al.Základní údaje
Originální název
Identification of bacteriophage types and their carriage in Staphylococcus aureus
Název česky
Identifikace typů bakteriofágů a profágů u Staphylococcus aureus
Autoři
PANTŮČEK, Roman; Jiří DOŠKAŘ; Vladislava RŮŽIČKOVÁ; Petr KAŠPÁREK; Eva ORÁČOVÁ; Veronika KVARDOVÁ a Stanislav ROSYPAL
Vydání
Archives of Virology, Wien, Springer-Verlag, 2004, 0304-8608
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Článek v odborném periodiku
Obor
Genetika a molekulární biologie
Stát vydavatele
Rakousko
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Odkazy
Impakt faktor
Impact factor: 1.841
Označené pro přenos do RIV
Ano
Kód RIV
RIV/00216224:14310/04:00010234
Organizační jednotka
Přírodovědecká fakulta
UT WoS
Klíčová slova anglicky
Staphylococcus aureus bacteriophages; lysogeny; prophage detection; multiplex PCR; bacteriophage genomics
Štítky
Příznaky
Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 1. 7. 2009 18:38, prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
V originále
Conserved genomic sequences distinctive of Staphylococcus aureus phage species 3A, 11, 77, 187 and Twort, representative of phage serogroups A, B, F, L and D, were identified and characterized. PCR primers designed for the above sequences were used for development of a multiplex PCR assay which enabled us not only to classify all phages of the International Typing Set plus 16 additional phages to species, but also to detect prophages in S. aureus genomes. One to four different prophages were unambiguously detected in experimentally lysogenized S. aureus strains, and substantial variation in prophage content was found in 176 S. aureus clinical strains of different provenance. In addition, by using a comparative genomics approach, all the prophages in the S. aureus genomes sequenced to date could be revealed and classified to phage species
Česky
Z konzervativních sekvencí genomů Staphylococcus aureus bakteriofágových druhů 3A, P11-M15, 77, 187 a Twort reprezentujících fágové seroskupiny A, B, F, L a D bylo navrženo 5 párů primerů, jeden pro každý fágový druh. Pro fágový druh 77 reprezentovaný fágy phi13 a phi77 byly navrženy další dva páry primerů umožňující diferenciaci dvou odlišných fágových kmenů serologické skupiny F integrovaných současně v genomu. Byla zavedena metoda multiplex-PCR a uzpůsobena tak, aby umožnila identifikaci fágů těchto druhů a detekci profágů v genomech S. aureus v reakci v jedné zkumavce. U experimentálně lyzogenizovaných kmenů S. aureus 8325-4 fágy phi11, phi47, phi53, phi84, phi85, phi77 a S. aureus 8325 fágem phi77 se touto metodou podařilo detekovat současně jednoho až čtyři odlišné profágy. Metoda umožňuje přiřadit k fágovému druhu a současně k serologické skupině 23 fágů Mezinárodní standardní řady pro fagotypizaci. Také všechny profágy odhalené v sekvencovaných genomech S. aurues (8325, Mu50, N315, MW2, COL, MRSA 252 a MSSA 476) jsou na základě sekvenční homologie typizovatelné. Podstatné rozdíly v obsahu profágů byly zjištěny jak metodou multiplex PCR, tak selektivní hybridizací u modelového souboru MRSA kmenů, vykazujících nízkou variabilitu v makrorestrikčních spektrech stanovených PFGE. Rozdíly v obsahu profágů lze proto doporučit pro epidemiologické účely a k přesné typizaci MRSA kmenů. Detekce profágů pomocí multiplex PCR je snadnější a rychlejší než standardní metody UV- indukce a mitomycinem C a také než detekce hybridizací pomocí sond a navíc je její výhodou to, že poskytuje údaj nejen o přítomnosti profága, ale umožňuje i jeho zařazení do fágového druhu.
Návaznosti
| GA203/03/0515, projekt VaV |
| ||
| GA301/02/1505, projekt VaV |
| ||
| MSM 143100008, záměr |
|