2004
Update on the genotypic and phenotypic characteristics of Staphylococcus hominis subsp. novobiosepticus strains from Czech hospitals
PETRÁŠ, Petr; Roman PANTŮČEK; Jiří DOŠKAŘ a Ivana MACHOVÁZákladní údaje
Originální název
Update on the genotypic and phenotypic characteristics of Staphylococcus hominis subsp. novobiosepticus strains from Czech hospitals
Název česky
Aktualizace cherakteristiky fenotypu a genotypu kmenů Staphylococcus hominis subsp. novobiosepticus v českých nemocnicích
Autoři
PETRÁŠ, Petr; Roman PANTŮČEK; Jiří DOŠKAŘ a Ivana MACHOVÁ
Vydání
Charleston, South Carolina, USA, 11th International Symposium on Staphylococci & Staphylococcal Infections. Plenary Summaries & Poster Abstracts, s. 149-149, 2004
Nakladatel
Medical University of South Carolina
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Stať ve sborníku
Obor
Genetika a molekulární biologie
Stát vydavatele
Spojené státy
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Odkazy
Kód RIV
RIV/00216224:14310/04:00011627
Organizační jednotka
Přírodovědecká fakulta
Klíčová slova anglicky
staphylococcus; coagulase negative staphylococci; molecular epidemiology
Příznaky
Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 31. 10. 2008 15:02, prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
V originále
A new subspecies, Staphylococcus hominis subsp. novobiosepticus (SHN), isolated from relevant human clinical material, was described in 1998, arousing little attention in the world. We present genetic and phenotypic characteristics of SHN strains from 25 Czech cities. The aims of the present study were to determine phenotypic variability of SHN strains and to compare different molecular techniques for suitability for routine discrimination between the methicillin-resistant strains of S. hominis subsp. hominis and SHN. A total of 269 SHN strains collected in 30 Czech hospitals mainly from the blood (69%) were characterized phenotypically by both conventional tests and commercial kits and tested for resistance to 12 antibiotics. The following molecular typing methods were used to map characteristics of 90 selected SHN strains: SmaI macrorestriction analysis resolved by PFGE; amplification of rDNA intergenic spacers (ITS-PCR); AP-PCR; rep-PCR with primer ERIC2; and PCR-RFLP analysis of mecA gene using MseI restriction endonuclease. Few differences in phenotypic characters were found between our strains and the SHN type strains (D-mannose, acetoin production, lactose, melezitose, hydrolysis of aesculine). Nearly all of our SHN strains produced slime, about 75% of the strains produced delta-haemolysin, and all tested strains were multiresistant to antibiotics. PFGE allowed for unambiguous differentiation between the two subspecies and, with the database of restriction profiles, seems to be highly suitable for the study of genomic variability in S. hominis. Other DNA based techniques showed low discrimination power compared with PFGE and were not able to differentiate the two subspecies from each other. Amplification of rDNA intergenic spacers yielded an identical profile for all SHN strains which is found in 90 % of S. hominis. subsp. hominis strains. Therefore, ITS-PCR is a suitable tool for confirming identification at the species level. Highly virulent and resistant SHN strains as opportunistic pathogens certainly play an important role in hospital infections, particularly in those of the bloodstream. The subspecies of S. hominis are an example of the genetically closely related but phenotypically highly divergent strains. Apart from resistance to antibiotics and conversion of some substrates, differentiation of the two subspecies is supported by the results of DNA-DNA hybridization (Kloos et al., 1998) and sequencing of hsp60 gene (Kwok and Chow, 2003) while sequencing of 16S rRNA gene does not allow for unambiguous differentiation (Fitzgibbon et al., 2001). Nevertheless, DNA-DNA hybridization and sequencing cannot be routinely used in clinical microbiological laboratories. It can be concluded that the genetic relatedness between the two subspecies has not been characterized in detail yet and that apart from phenotypic tests, PFGE remains the only method suitable for differentiation of the two subspecies.
Česky
Problematika: Staphylococcus hominis je třetím nejčastějším koaguláza-negativním stafylokokovým druhem identifikovaným mezi humánními klinickými izoláty. Jeho k antibiotikům multirezistentní poddruh S. hominis subsp. novobiosepticus (SHN) byl popsán v nedávné době v roce 1998 jako významné nozokomiální agens infekcí krevního řečiště a nejčastěji bývá izolován právě z hemokultur. Ač jsou poddruhy S. hominis subsp. hominis a SHN silně fenotypově divergentní, SHN uniká pozornosti v mikrobiologických laboratořích na celém světě, případně je identifikován jako jiný koaguláza-negativní druh, protože k jeho odlišení od S. hominis subsp. hominis je nutné provádět některé konvenční fenotypové testy. Cílem této studie bylo provést molekulární charakterizaci izolátů SHN v ČR a vybrat vhodnou genotypizační metodu pro identifikaci a typizaci tohoto taxonu. Výsledky studie: Z 269 izolátů SHN zachycených na území ČR v období 1998-2004 bylo v této práci genotypově charakterizováno 70 kmenů. Nejvyšší diskriminační schopnost pro odlišení multirezistentních kmenů S. hominis subsp. hominis od SHN ukázala PFGE. Společně s databázovým systémem SmaI makrorestrikčních vzorů se jeví jako nejvhodnější nástroj pro studium molekulární epidemiologie SHN a umožňuje odlišení obou poddruhů na úrovni podobnosti makrorestrikčních spekter 25 %. Ostatní na DNA založené metody jako AP-PCR, PCR-ribotypizace a analýza obsahu plazmidů vykázaly nižší diskriminační schopnosti než PFGE a neumožnily odlišení obou poddruhů. Závěr: Poddruhy S. hominis jsou příkladem fenotypově odlišných, ale geneticky velmi příbuzných taxonů. Genetická příbuznost mezi oběma poddruhy však není dosud plně objasněná. Je nesporné, že vysoce virulentní a rezistentní kmeny SHN hrají důležitou roli v nemocničních infekcích, zejména u imunosuprimovaných pacientů. Pro diferenciaci poddruhů S. hominis je nejvhodnější makrorestrikční analýza prováděná prostřednictvím PFGE.
Návaznosti
| GA301/02/1505, projekt VaV |
|