Ribotyping and biotyping of Staphylococcus sciuri species group from humans

SEDLÁČEK, Ivo, Vlastimil ŠTĚTINA, Roman PANTŮČEK, Pavel ŠVEC and Petr PETRÁŠ. Ribotyping and biotyping of Staphylococcus sciuri species group from humans. In 11th International Symposium on Staphylococci & Staphylococcal Infections. Plenary Summaries & Poster Abstracts. 2004.

Basic information

• Original name: Ribotyping and biotyping of Staphylococcus sciuri species group from humans
• Name in Czech: Ribotypizace a biotypizace kmenů druhové skupiny Staphylococcus sciuri humánního původu
• Authors: SEDLÁČEK, Ivo (203 Czech Republic, guarantor), Vlastimil ŠTĚTINA (203 Czech Republic), Roman PANTŮČEK (203 Czech Republic), Pavel ŠVEC (203 Czech Republic) and Petr PETRÁŠ (203 Czech Republic).
• Edition: 11th International Symposium on Staphylococci & Staphylococcal Infections. Plenary Summaries & Poster Abstracts, 2004.

Other information

• Original language: English
• Type of outcome: Conference abstract
• Field of Study: Genetics and molecular biology
• Country of publisher: United States of America
• Confidentiality degree: is not subject to a state or trade secret
• WWW: URL
• RIV identification code: RIV/00216224:14310/04:00011628
• Organization unit: Faculty of Science
• Keywords in English: staphylococcus; coagulase negative staphylococci; molecular epidemiology
• Tags: coagulase negative staphylococci, molecular epidemiology, Staphylococcus
• Tags: International impact, Reviewed

Abstract

Members of the Staphylococcus sciuri species group are infrequently isolated from human clinical material. In our study a collection of 72 clinical isolates originating from Czech Republic and 6 reference type strains of S. sciuri complex were characterized by ribotyping and biotyping. All strains were ribotyped using EcoRI restriction enzyme and probe complementary to 16S and 23S rRNA. The relatedness of ribotypes was evaluated by using the Dice coefficient and clustered by UPGMA method. Biotyping was performed with the API Staph and ID 32 Staph kits supplemented by conventional tests key for this bacterial group and by whole-cell protein profiles analysis (1D SDS-PAGE). Biochemical identification of isolates from S. sciuri species group based on commercial kits was often uncertain due to variations observed in some tests and required additional testing. All isolates and type strains were clearly distinguished by ribotyping according to their specific ribotypes at the species or subspecies level. The phenotypically close species S. sciuri and S. lentus were separated by ribotyping and SDS-PAGE analysis giving accurate identification of S. lentus. The isolates belonging to the S. sciuri species formed six homogeneous clusters using their EcoRI hybridization patterns in accordance with subspecies taxonomy while SDS-PAGE results indicated patterns generally applicable for strain typing only. Analysis of human isolates showed that identification kits or SDS-PAGE were less powerful for species and subspecies identification of S. sciuri species group. On the base of ribotype pattern types we proved in human clinical material S. lentus, S. sciuri subsp. sciuri, S. sciuri subsp. carnaticus and S. sciuri subsp. rodentium. Ribotyping appeared to be a good tool for differentiation among taxa of S. sciuri complex.

Abstract (in Czech)

Koaguláza negativní stafylokoky jsou běžnou součástí mikroflóry kůže i kožních žláz teplokrevných živočichů včetně člověka, ale mohou se též podílet na vzniku různých infekčních onemocnění, a to především u oslabených jedinců. Z humánního klinického materiálu jsou občas izolováni zástupci komplexu Staphylococcus sciuri, původně spojovaní pouze s výskytem u živočichů, případně v potravinách. Druh S. sciuri má význam i hlediska přítomnosti homologu genu mecA, považovaného za předchůdce genu pro rezistenci k meticilinu neseného kmeny MRSA. V naší studii jsme pomocí ribotypizace, PCR a biotypizace analyzovali 72 humánních izolátů komplexu S. sciuri spolu s 6 referenčními typovými kulturami. Ribotypizace byla prováděna restrikčním enzymem EcoRI a sondou komplementární s 16S a 23S rRNA, vyhodnocení ribotypů bylo pomocí programu GelCompar II. K biotypizaci byly použity soupravy API Staph a ID 32 Staph včetně některých klíčových konvečních testů a dále analýza profilu celobuněčných proteinů (1D SDS-PAGE). Biochemická identifikace izolátů komplexu S. sciuri založená na výsledcích komerčních souprav byla často nejednoznačná a vyžadovala provedení dodatečných testů. U všech izolátů a referenčních kmenů byla metodou PCR prokázána přítomnost genu mecA. Dva izolázy (P602 a P607) nesly dvě různé kopie genu mecA. U 55 izolátů byl gen mecA podrobně typizován metodou PCR-RFLP s restrikčním enzymem MseI. Tato analýza odhalila přítomnost 5 různých RFLP profilů, které nekorelovaly s taxonomickým zařazením kmenů. Všechny izoláty i referenční kmeny byly jednoznačně navzájem odlišitelné svými ribotypy, a to až na úroveň podruhu. Fenotypově velmi podobné druhy S. sciuri a S. lentus byly odlišeny jak ribotypizací, tak i analýzou SDS-PAGE a obě tyto metodiky umožňují spolehlivou identifikaci S. lentus. Izoláty druhu S. sciuri se na základě svých EcoRI hybridizačních profilů vyčlenily do šesti skupin taxonomicky reprezentujících jednotlivé poddruhy, zatímco výsledky SDS-PAGE u téhož souboru jsou obecně použitelné pouze pro typizaci kmenů navzájem mezi sebou. Toto studium kmenů humánního původu ukázalo nižší použitelnost komerčních identifikačních souprav či SDS-PAGE metody pro vnitrodruhovou identifikaci komplexu S. sciuri. Výsledky ribotypizace jednoznačně prokázaly výskyt taxonů S. lentus, S. sciuri subsp. sciuri, S. sciuri subsp. carnaticus a S. sciuri subsp. rodentium v humánním klinickém materiálu. Ribotypizace je tak vhodným nástrojem pro odlišení taxonů komplexu S. sciuri.

Links

• GA301/02/1505, research and development project: Name: Molekulární diagnostika, epidemiologie a klasifikace klinicky významných grampozitivních koků

Investor: Czech Science Foundation, Molecular diagnostic, epidemiology and classification of pathogenic Gram positive cocci